本家様 http://www.2dx.unibas.ch/

表紙には「Focus - High Throughput Electron Microscopy Image Processing Software」とある
「Screen Shots」を見ると Pipeline Pilot、KNIMEっぽいことができるのかなって期待してしまう 真偽は不明

入手

サイトにてアカウント登録を行ってrpmファイルを取得したが、依存問題を解決できなかったので github 版を使います
CentOS 7なら

[root@c src]# yum install qt5-qtbase-devel qt5-qtscript-devel
[root@c src]# export PATH=/usr/lib64/qt5/bin:/bin:/usr/bin
 
[root@c src]# git clone https://github.com/C-CINA/focus.git
[root@c src]# cd focus/
[root@c focus]# git log -1
commit abb6f5ef4031460fdd658532bfe33f5272f548e7
Author: CINA <cina@bs-zorro01.ethz.ch>
Date:   Thu Jun 8 16:11:15 2017 +0200
 
    tpos in script fixed
[root@c focus]#
[root@c focus]# mkdir 170622 && cd $_
 
[root@c 170622]# cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Appl/Focus .. -L
[root@c 170622]# make && make install

CentOS6ではgccが古いのでそのままではコンパイルできない模様.
新しいgccを導入して再度チャレンジ。ここでは GCC-4.9.4を使ってます
その場合、「-DCMAKE_CXX_COMPILER」とかでGCCの指摘が必要みたい

[root@c ~]# cd /Appl/src/focus/
[root@c focus]# mkdir 170622 && cd $_
 
[root@c 170622]# export PATH=/usr/lib64/qt5/bin:/Appl/local/gcc494/bin:/usr/local/cuda:/bin:/usr/bin
[root@c 170622]# export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/local/lib:/usr/local/cuda/lib64
 
[root@c 170622]# cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=/Appl/local/gcc494/bin/g++ \
                       -DCMAKE_C_COMPILER=/Appl/local/gcc494/bin/gcc \
                       -DFFTWD_LIB=/Appl/local/lib/libfftw3.so \
                       -DFFTWF_LIB=/Appl/local/lib/libfftw3f.so \
                       -DFFTWD_THREADS_LIB=/Appl/local/lib/libfftw3_threads.so \
                       -DFFTWF_THREADS_LIB=/Appl/local/lib/libfftw3f_threads.so \
                       -DFFTW_INCLUDE_PATH=/Appl/local/include  \
                       -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Appl/Focus   .. -L
[root@c 170622]# make && make install

これで/Appl/Focus/bin/focusでプログラムが動くのだが、

 version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /Appl/Focus/bin/../focus/focus)

というエラーが生じる場合がある。その際は

[root@c ~]# vi /Appl/Focus/bin/focus
#!/bin/bash
currentDir=$PWD
binDir=`dirname $0`
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/local/gcc494/lib64:$LD_LIBRARY_PATH:$currentDir/../lib/
export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:$currentDir/../lib/
${binDir}/../focus/focus $*
[root@c ~]#

と、LD_LIBRARY_PATHに「/Appl/local/gcc494/lib64」を追加して下さい

関連プログラム

yum install cadaver

起動

「/Appl/Focus/bin/focus」と入力するとプロジェクト名の入力が求められる。ccp4とかphenixみたい
初回なのでプロジェクトは存在しない。なので、「+Add Project」を選んで、画面下部の「Next」を押下する
2017y02m14d_010352028.png
・・・あとはよく分からぬ....


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Last-modified: 2017-06-22 (木) 16:14:33 (29d)