本家様 http://pymol.org/
open sourceでソースコードが提供されてます https://sourceforge.net/projects/pymol/

コンパイルせずに使えるバージョンは、本家様から入手可能で、open source版よりも機能が強化されてますが、有償です。

以前の記事PyMOL/150

コンパイル

sourceforgeから入手したファイルは pymol-v1.8.2.1.tar.bz2 です。
ファイルを解凍すると INSTALL ファイルに

Note that you must have OpenGL, glut, libpng, tcl/tk, python,
freetype2, and Pmw already installed on your system for this to work.

とある。一応、http://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install にも記載されているパッケージを事前にインストールします。

[root@client ~]# yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel \
  freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel numpy

その上で、pymolを調理します。

[root@client src]# bzip2 -cd pymol-v1.8.2.1.tar.bz2 
[root@client src]# chown -R root:root ./pymol && tar xf - && cd pymol/
 
[root@client pymol]# python setup.py build install --home=/Appl/Linux/pymol-1.8.2.1 \
 --install-lib=/Appl/Linux/pymol-1.8.2.1/modules \
 --install-scripts=/Appl/Linux/pymol-1.8.2.1
 
[root@client pymol]#
[root@client pymol]# ls -l /Appl/Linux/pymol-1.8.2.1/
合計 4
drwxr-xr-x 8 root root 115  7月 19 00:56 modules
-rwxr-xr-x 1 root root 158  7月 19 00:57 pymol
[root@client pymol]#

コンパイルが開始され、同時に所定の場所にインストールされます。
ここでは、pymol-1.8.2.1を /Appl/Linux/pymol にリンクさせ、/Appl/Linux/pymol/pymol で実行できるようにしました。

[root@client ~]# cd /Appl/Linux/
[root@client Linux]# ln -s pymol-1.8.2.1 pymol

windows版

作れなくはなさそうだが、ハードルが高い。素直に購入された方が宜しいかと...
あるいは、pre-compiledなパッケージを入手して、pythonとともにインストールが宜しいかと。


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Last-modified: 2016-07-19 (火) 13:25:50 (309d)