Phenix 本家

MacOSX版

ダウンロード

ユーザ登録してログインIDとパスワードをまずは取得する。
それを使ってダウンロードページにログインして、希望する稼動プラットホーム向けのアプリケーションを取得する。
ここでは64bit版のIntel/AMD Linux CentOS6.5 で動かしたいのだが、下記3種が提供されていた。

  • Kernel 2.6 (64-bit; Fedora 3)
  • Kernel 2.6 (64-bit; Fedora 8)
  • Kernel 2.6 (64-bit; Fedora 12)

説明にはFerora以外のOSでは、まずFedora 3で確かめてとある。他の8や12との違いは何なのか?
http://distrowatch.com/table.php?distribution=fedora
に寄れば、Fedora 3でのGCCのバージョンは3.4.2。一方Fedora 12だと4.4.2である。
GCCのバージョンが新しければ最適化もよりされて、良好なのではと思う。
っが、使うOSのglibcが違っていれば動かないのでは?とも思う。ちなみにCentOS6.xで使われているglibcは
http://distrowatch.com/table.php?distribution=centos
から 2.12 と判明。
Phenixで提供されているFedoraの各バージョンのglibcを調べてみると

OSglibcgcckernel
Fedora 32.3.33.4.22.6.9
Fedora 82.74.1.22.6.23.1
Fedora 122.114.4.22.6.31.5
Fedora 132.124.4.42.6.33.3
Fedora 142.12.904.5.12.6.35.6
CentOS 6.52.124.4.72.6.32

であるからどうやらFedora 12のバイナリ―をCentOS6で使っても大丈夫そうである。

インストール

取得したファイルをまずは展開して、--prefixでインストール先を指定する

[root@c ~]# yum install xorg-x11-font-utils
[root@c ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@c src]# tar xf ./phenix-installer-1.8.4-1496-intel-linux-2.6-x86_64-fc12.tar
[root@c src]# cd phenix-installer-1.8.4-1496
[root@c phenix-installer-1.8.4-1496]#
[root@c phenix-installer-1.8.4-1496]# ./install --help
Usage: install [options]
Options:
  --prefix=<path>        Determines PHENIX installation path, which
                         will be <path > /phenix-[version]
(中略)
[root@c phenix-installer-1.8.4-1496]# ./install --prefix=/Appl/Linux/

一応これで完了みたい。
実行するにはユーザのSHELLに応じて

(shシェルなら)
[foo@c ~]$ source /Appl/Linux/phenix-1.8.4-1496/phenix_env.sh
(cshシェルなら)
[foo@c ~]$ source /Appl/Linux/phenix-1.8.4-1496/phenix_env
[foo@c ~]$
[foo@c ~]$ phenix

で起動する。

メモ

Phenixからcootボタンを押して起動させる場合、PATH環境変数にcootが必要みたい。
alias coot='/Appl/Linux/coot/bin/coot'
と横着したら起動できなくなった.....

ソースコードからマルチコアへ対応させてみる

実際マルチコア、ジョブを並列処理できるかまだ試していないのだが、lddやら調べたらpthreadが入ったバージョンが作れた。
まずログインIDとパスワードでPhenixのダウンロードサイトに入り、ソースコードを入手します。
こちらで取得したファイルは phenix-installer-1.8.4-1496-source.tar である。
これを展開して、コンパイルする。

[root@xray ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@xray src]# tar xf phenix-installer-1.8.4-1496-source
[root@xray src]# cd phenix-installer-1.8.4-1496
[root@xray phenix-installer-1.8.4-1496]# 
[root@xray phenix-installer-1.8.4-1496]# ./install --prefix=/Appl/Linux  --openmp --force-compile

これでコンパイルとインストールが完了となり、/Appl/Linux/phenix-1.8.4-1496 を起点として配置される
*一応、ccp4-6.4に付属のphaserにはpthreadが入ってます。


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Last-modified: 2014-09-18 (木) 23:48:21 (980d)