本家様 http://www.ccp4.ac.uk/

MacOSXにインストール

2013.10.11に ccp4 6.4.0がリリースされた。リリースノートはこちら
Linux/MacOSXにはパッケージマネージャが提供され、それを使えば容易にインストールは可能。
*他にも従来のように個別にパッケージをダウンロードしてインストールすることも可能。こちらを参照の事
最小構成マシンに

[root@c132 ~]# yum groupinstall "X Window System" Desktop "Japanese Support" "Java Platform"
[root@c132 ~]# yum -y install firefox tcsh wget mesa-libGLU graphviz
[root@c132 ~]# vi /etc/inittab
 (中略)
id:5:initdefault:
[root@c132 ~]#
[root@c132 ~]# reboot

として彰超を作成して、ccp4iのパッケージマネージャをダウンロードします。
URL http://www.ccp4.ac.uk/download/index.php#os=linux にアクセスして、[Download Now!]リンクをクリックします。
2013y12m01d_134024152.png
ダウンロードしたファイルは、各自の[ダウンロード]ディレクトリーに置かれる。
次に[端末]を駆使して、/Appl/Linux/srcを作成して、そこでこのファイルを解凍する。

[root@c132 ~]# mkdir -p /Appl/Linux/src
[root@c132 ~]# cp ~/ダウンロード/ccp4sm-x86_64.tar.gz /Appl/Linux/src/
[root@c132 ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@c132 src]# gzip -cd ccp4sm-x86_64.tar.gz | tar xf -
[root@c132 src]# ls -l
合計 11984
-rwxrwxr-x 1  500  500 6180088 10月 10 20:47 2013 ccp4sm
-rw-r--r-- 1 root root 6090050 12月  1 13:49 2013 ccp4sm-x86_64.tar.gz
[root@c132 src]#

できたccp4smを起動させる。

[root@c132 src]# ./ccp4sm

するとCCP4 Setup Managerが起動する。[Next]ボタンをクリック
2013y12m01d_135348755.png
CCP4 6.4.0 setup, step 1 out of 5、Choose components to install」 画面でインストールしたいパッケージを選択します。すべて選択すると6.4GB必要です。ここではCCP4本体とARP/wARPをインストールします。
2013y12m01d_135936691.png
CCP4 6.4.0 setup, step 2.a out of 5、Confirm your agreement to CCP4 terms and Conditions」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、[I agree]を選択して[Next]ボタンをクリックします。
2013y12m01d_140147171.png
CCP4 6.4.0 setup, step 2.b out of 5、Confirm your agreement to GPL terms and conditions for Coot installation」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、[I agree]を選択して[Next]ボタンをクリックします。
2013y12m01d_140659251.png
CCP4 6.4.0 setup, step 2.c out of 5、Confirm ARP/wARP Licence」画面でライセンスを拝読して、同意するか、しないかを決めます。同意するのなら、氏名とメールアドレス、およびライセンスのタイプを選択して[Next]ボタンをクリックします。
2013y12m01d_140909115.png
CCP4 6.4.0 setup, step 3 out of 5、Choose Locations」画面で、CCP4(とARP/wARP)を配置する場所とダウンロードファイルを置く場所を決める。ここでは/Appl/Linuxを起点とした。[Next]ボタンでダウンロードが開始される
2013y12m01d_141331155.png
CCP4 6.4.0 setup, step 4 out of 5、Download selected components」画面でダウンロード状況が見える。
2013y12m01d_141808347.png
ダウンロード完了後、[Next]ボタンを押す。
2013y12m01d_150002596.png
CCP4 6.4.0 setup, step 5 out of 5、Install downloaded components」画面で「Ready to install」を確認して[Install]ボタンを押す。これでインストールが開始される。
2013y12m01d_150100036.png
途中、updateがあるかを調べ、あったら自動でダウンロードと適用が行われる。
2013y12m01d_150258332.png
そして、インストールは完了となる。
2013y12m01d_150421835.png

配置

/Appl/Linuxを起点にインストールすると、下記のように配置される

[root@c132 Linux]# pwd
/Appl/Linux
[root@c132 Linux]# ls -l
合計 1140
drwxr-xr-x  6 root root    4096 12月  1 15:03 2013 arp_warp_7.4
drwxr-xr-x 13 root root    4096 12月  1 15:02 2013 ccp4-6.4.0
-rw-r--r--  1 root root 1152413 12月  1 15:03 2013 install.log     *ccp4のインストールログ
drwxr-xr-x  3 root root    4096 12月  1 14:13 2013 src
[root@c132 Linux]#
[root@c132 Linux]# mv install.log  ccp4-640.install.log            *ファイル名を変更

環境変数

ccp4を使用するには各種環境変数の組み込みが必要。

  • bashなら~/.bashrcに
    source /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh
  • cshなら~/.cshrcに
    source /Appl/Linux/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-csh

を追加する。
あと、fastaも必要なので、/Appl/Linux/fasta/binをPATH環境変数に加える

不具合

Pirateを起動しようとするとエラーが発生する。rootで実行すると発生しない。
2013y12m01d_163853071.png

AutoSHARPとの連携

*USF/MAPMANはここを参照

[root@s ~]# mkdir /Appl/Linux/sharp; cd /Appl/Linux/sharp
[root@s sharp]# 
[root@s sharp]# touch .licence                              *発行元から取得する事
[root@s sharp]#
[root@s sharp]# gtar xvf ../src/GPhL_SHARP.linux.tar   sharp.linux.tar.gz   sushi.tar.gz
sharp.linux.tar.gz
sushi.tar.gz
 
[root@s sharp]#
[root@s sharp]# gzip -cd sushi.tar.gz | tar xf - bin 
[root@s sharp]# mkdir -p bin/linux_exe
[root@s sharp]# cd bin/linux_exe
[root@s linux_exe]# gzip -cd ../../sharp.linux.tar.gz | tar xf -

各自のユーザ環境設定に

[foo@s ~]$ export BDG_home=/Appl/Linux/sharp

を組み込みむ事?
ここを参照AutoSHARP

テストとして
ccp4i -t autoSHARP
を行えば宜しいのかも。

chooch

[root@s ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@s ~]# wget ftp://ftp.riken.jp/GNU/gnu/gsl/gsl-1.16.tar.gz
[root@s src]# gzip -cd gsl-1.16.tar.gz | tar xf -
[root@s src]# cd gsl-1.16
[root@s gsl-1.16]#
[root@s gsl-1.16]# ./configure --prefix=/Appl/Linux/local
[root@s gsl-1.16]# make; make check; make install
[root@s gsl-1.16]#
 
[root@s ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@s src]# gzip -cd ccp4-6.4.0-chooch-src.tar.gz | tar xf -
[root@s src]# cd chooch/cgraph-2.04
[root@s cgraph-2.04]# ./configure --prefix=/Appl/Linux/local
[root@s cgraph-2.04]# make; make install
 
[root@s ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@s src]# cd chooch/chooch-5.0.2
[root@s chooch-5.0.2]# ./configure --with-gsl-prefix=/Appl/Linux/local --with-cgraph-prefix=/Appl/Linux/local \
--prefix=/Appl/Linux/local
[root@s chooch-5.0.2]# make; make install

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Last-modified: 2014-09-15 (月) 16:00:19 (983d)