本家 http://cns-online.org/

xray/Phenixを使う方が多いようですが、たまに使われる方もおられた。ver1.3から変化はないのだが、パッケージに各プラットホームごとにバイナリを含んでいた。コンパイルせずとも使えるみたい。
以前の記事xray/cns160402

パッケージインストール

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# ls -lh cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz
-rw-r--r-- 1 root root 72M  4月  2 09:23 cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz
[root@c src]#

このパッケージを展開する場所がインストールする場所になるみたい。
*「./configure --prefix=...」に慣れていると戸惑ってしまう

[root@c src]# cd /Appl/Linux
[root@c Linux]# gzip -cd ../src/cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz | tar xf -
[root@c Linux]# chown -R root:root ./cns_solve_1.3

cns_solve_envファイルを修正

--- cns_solve_env.orig  2010-07-23 07:31:11.000000000 +0900
+++ cns_solve_env       2016-04-02 09:47:32.431765514 +0900
@@ -15,7 +15,7 @@
 #
 # CHANGE THE NEXT LINE TO POINT TO THE LOCATION OF THE CNSsolve DIRECTORY
 
-           setenv CNS_SOLVE '_CNSsolve_location_'
+           setenv CNS_SOLVE '/Appl/Linux/cns_solve_1.3'
 
 #
 # ==========================================================================

バイナリパッケージの実行ファイルを使用するならこれで完了

使用方法

cns_solve_envを読み込んで、cnsの各種コマンドを実行します。
ただし、(t)cshでcns_solve_envは書かれているので、一旦(t)cshに移る必要があります。

[illya@c ~]$ echo $SHELL
/bin/bash
 
[illya@c ~]$ csh
[illya@c ~]$ echo $0          *現在使っているSHELLの確認
csh
[illya@c ~]$
[illya@c ~]$ source /Appl/Linux/cns_solve_1.3/cns_solve_env

そして、プログラムを実行する

[illya@c ~]$ cns
          ============================================================
          |                                                          |
          |            Crystallography & NMR System (CNS)            |
          |                         CNSsolve                         |
          |                                                          |
          ============================================================
           Version: 1.3
           Status: General release
          ============================================================
           Written by: A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.DeLano,
                       P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve,J.-S.Jiang,J.M.Krahn,
                       J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read,
                       L.M.Rice, G.F.Schroeder, T.Simonson, G.L.Warren.
           Copyright (c) 1997-2010 Yale University
          ============================================================
           Running on machine: c.sybyl.local (x86_64/Linux,64-bit)
                               with  2 threads
           Program started by: illya
           Program started at: 10:01:05 on 02-Apr-2016
          ============================================================
 
 FFT3C: Using FFTPACK4.1
 
CNSsolve>stop
          ============================================================
           Maximum dynamic memory allocation:     8201488 bytes
           Maximum dynamic memory overhead:           208 bytes
           Program started at: 10:01:05 on 02-Apr-2016
           Program stopped at: 10:01:07 on 02-Apr-2016
           CPU time used:       0.0146 seconds
          ============================================================
[illya@c ~]$

*bashの場合は、こちらxray/cns/cns_solve_env.sh(無保証)を読み込んでからプログラムを実行する

CNSsolveのwebをローカルに

web画面を使ってインプットファイルを作れるが、その際、cnsのサイト(cns-online.org)にアクセスしてしまう。
これをやめさせて、内部(研究室)のwebサーバで完結させてみる。
まず、bin/www_cns_setupを実行する。主に定義するのは

  • 作る内部サイトのサイト名
  • webコンテンツのコピー先(bin/www_server_setupでコピーが実行される)
  • cgiディレクトリの名称(中間ディレクトリ名といっていいかも)

の3つ。このスクリプトの中身は、$CNS_SOLVE/doc/html/localを新規に作って、そこにローカル向けに編集されたwebコンテンツを入れている。
では実行してみる

[root@c ~]# echo $0
-bash
[root@c ~]# source /Appl/Linux/cns_solve_1.3/cns_solve_env.sh
[root@c ~]#
root@c ~]# /Appl/Linux/cns_solve_1.3/bin/www_cns_setup
name of WWW server [default: c.sybyl.local ]->
path to the start of WWW tree [default: /home/httpd/html ]-> /var/www
name of WWW CGI directory [default: cgi-bin ]-> .
full path to PERL on WWW server [default: /usr/bin/perl ]->
==============================================================
location of CNSsolve directory is: /Appl/Linux/cns_solve_1.3
version of CNSsolve is: 1.3
name of WWW server is: c.sybyl.local
path to the start of the WWW tree is: /var/www
name of the CGI directory is: .
location of the PERL program is: /usr/bin/perl
==============================================================
continue with these parameters? [y/n]-> y
proceeding with CNSsolve HTML interface installation
making directory /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local
 :
 :
Ask your WWW server administrator to run:
  /Appl/Linux/cns_solve_1.3/bin/www_server_setup
to modify your local WWW server for the CNSsolve HTML interface
[root@c ~]#

次に、www_server_setupを実行する

[root@c ~]# /Appl/Linux/cns_solve_1.3/bin/www_server_setup
location of CNSsolve directory [default: /Appl/Linux/cns_solve_1.3 ]->
path to the start of WWW tree [default: /home/httpd/html ]-> /var/www
full path to CGI directory [default: /home/httpd/cgi-bin ]-> /var/www
==============================================================
location of the CNSsolve directory is: /Appl/Linux/cns_solve_1.3
version of CNSsolve is: 1.3
path to the start of the WWW tree is: /var/www
location of the CGI directory is: /var/www
==============================================================
continue with these parameters? [y/n]-> y
proceeding with CNSsolve HTML interface installation
making directory /var/www/cns_solve_1.3
making Apache/Httpd authentication file /var/www/cns_solve_1.3/.htaccess
adding link from /Appl/Linux/cns_solve_1.3/inputs to /var/www/cns_solve_1.3/inputs
adding link from /Appl/Linux/cns_solve_1.3/modules to /var/www/cns_solve_1.3/modules
adding link from /Appl/Linux/cns_solve_1.3/libraries to /var/www/cns_solve_1.3/libraries
adding link from /Appl/Linux/cns_solve_1.3/utils to /var/www/cns_solve_1.3/utils
making directory /var/www/cns_solve_1.3/doc
making directory /var/www/cns_solve_1.3/doc/html
making Apache/Httpd authentication file /var/www/cns_solve_1.3/doc/html/.htaccess
adding link: /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/icons to /var/www/cns_solve_1.3/doc/html/icons
a CNSsolve CGI directory already exists: /var/www/cns_solve_1.3
overwrite the files in this directory? [y/n]-> y
overwriting contents of /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_default.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_form.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_info.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_inputs.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_jsedit.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_libraries.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_menu.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_modules.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_save.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_utils.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns_view.cgi to /var/www/cns_solve_1.3
copying /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html/local/cns.lib to /var/www/cns_solve_1.3
Server side of CNSsolve HTML interface installation complete
[root@c ~]#

これでコンテンツの準備は完了と思ったのだが、doc/html配下のファイルがコピーされていない。
なので、

[root@c ~]# cd /var/www/cns_solve_1.3/doc
[root@c doc]# rsync -av /Appl/Linux/cns_solve_1.3/doc/html .

としてコピーさせた。次にhttpdの設定。
上記作業でコンテンツの基点は「/var/www/cns_solve_1.3」となっている。cgi-binの場所も同じく「/var/www/cns_solve_1.3」。
*もしcgi-binのディレクトリを「.」にしなかったら、cgi-binの場所は「/var/www/cgi-bin/cns_solve_1.3」となっていた
httpdに読ませる設定ファイルは、

[root@c ~]# vi /etc/httpd/conf.d/cns.conf
Alias /cns /var/www/cns_solve_1.3/doc/html
Alias /cns_solve_1.3 /var/www/cns_solve_1.3
<Directory "/var/www/cns_solve_1.3">
    Options +ExecCGI
    AddHandler cgi-script .pl .cgi
   <RequireAny>
    Require ip 192.168.0.
    Require all denied
   </RequireAny>
</Directory>
[root@c ~]#

とした。httpdを再起動させる

[root@c ~]# systemctl restart httpd

ブラウザで「http://c.sybyl.local/cns」にアクセスして、inputファイルらを作成します。

あと、下記ファイルを削除しないと動かなかった..

[root@c ~]# mv  /var/www/cns_solve_1.3/.htaccess /var/www/cns_solve_1.3/htaccess

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Last-modified: 2016-04-02 (土) 14:37:20 (447d)