chaperone

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気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。

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R7(2025).2.15
rockylinux8ではcryoSPARCにて「io_uring」のWARNINGが表示される. io_uringの機能はrockylinux8のカーネルでは提供されていない.
なので対応のしようがない. rockylinux9に上げるか、ELRepoのkernelに差し替えるとかでしょうか. 後者が楽かな.
R7(2025).2.13
cephにwindowsクライアントアプリがあるのね. https://cloudbase.it/ceph-for-windows/
これでsmbを立てなくても行けるか.
R7(2025).2.12
OpenIDを作りたくなってきた.
R7(2025).2.8
cryoSPARCでデータベースが正しく起動しない件.
そのデータベースがnfs先にあるなら file lock 機構が効いてない可能性あり. vers4でmountをお勧め.
R7(2025).2.3
先週、食あたりを受けた. 今も微妙..
R7(2025).1.8
topaz v0.3.5が出てたので改定. 「3D particle-picking」ができるbranchがあったのでそれも作ってみた.
いずれはmasterに統合なのでしょうけど、触ってみたい方に.
R7(2025).1.1
謹賀新年
21世紀も四分の１かぁ. 昭和100年. 大正114年. 明治158年. 平成37年.
R6(2024).12.26
また風邪になったみたい..
R6(2024).12.24
腰痛が復活？
R6(2024).12.22
すごいなぁ. Boltz-1 https://jclinic.mit.edu/boltz-1/ githubhttps://github.com/jwohlwend/boltz
AF3の精度を有する3D予測アプリ. 学術、商用問わず利用可能のようです.
R6(2024).12.17
ジョブ管理にGrid Engineを使っているサイトでcryoSPARC. ジョブ発行時のjobIDが正しく取得できないようでソース修正.
updateのたびに修正かぁ...
R6(2024).12.15
VirtualGLでvncを動かしたら画面が真っ黒. まれにあるみたい. っでその際はディスプレイマネージャーをgdmからlightdmに変えればいいみたい.
lightdmはディスプレイサーバ Wayland に現状未対応. ディスクトップ環境はgnomeのままでもいい. Xfceは軽量だけど
R6(2024).12.13
ChimeraX 1.9リリース
R6(2024).12.5
relion-5.0.0リリースおめでとうございます.
とある理由でEMPIARのデータが必要になった. 本家ではAsperaでの利用を推奨しているが、どうも上手く行かない..v4.2より下を使っても..
なのでPDBj様でEMPIARのデータを取得. rsyncで取れるのが嬉しい.
R6(2024).12.4
とある場所でcryoSPARCのデータベースが復旧不可能になった. っでそのデータベースを破棄して新設して
既存のプロジェクトディレクトリをattach操作したら一応は復活した. まぁ最終手段でしょうけど、たまたま上手く行った事案なのかも.
R6(2024).11.30
風邪の症状が治まった. 咳はほとんど出てない. ようやく終わったのかなと思うが用心に越したことはなくほぼ事務所.
っで寝込んでいた時に気の迷いでボタンを押したteslaのカードが届いた. だが同じく注文したfanが届いていないので開けてもいない.
R6(2024).11.20
引き続き絶賛(ry. 寝込んでいてebayを見ていたら10x0時代のtesla p40(24GB)が5万ほどで買えるみたい. 悩む..
R6(2024).11.19
絶賛風邪の中. cryoSPARC v4.6.2がリリース.
R6(2024).11.18
とあるところでcryoSPARCのClass2DがGPUが落ちた.「export CRYOSPARC_NO_PAGELOCK=true」をworkerのconfig.shに入れたら改善した件
ネタはここ. でも単純に v4.6.1 で回避できたのでは？とも思う.
R6(2024).11.16
風邪ひいた..
R6(2024).11.15
cryoSPARCを動かすホストの名称は全て小文字で構成された方がいいかも. 一応大文字を含んでも /etc/hosts に
大文字を含むホスト名とipがあれば無事起動できたのだが、v4.6.1でそれがなんか効かない感じ.
R6(2024).11.14
cryoSPARC v4.6.1がリリース. 例の2DClassで落ちる現象も対処されたみたい. これ.
R6(2024).11.12
AlphaFold3がリリースされたのね. 開発元は A100(80GB), H100(80GB)をHW要件にしているけど..素で無理.
4090/3090の24GBカードでもRAMを借用すれば動かすことが可能っぽいが....取り合えず検証環境がない.
ユニファイドメモリーならmacOSも手なのだろうか？
R6(2024).11.11
ひたすらcentos7->rockylinux8,9に揚げている. PXEbootでOSを入れて細かい点はansibleが筋なのだろうが、
結局ひとつひとつOS更新を行っている. 20,30台ならPXEbootなのだろが、3,4台なら...
R6(2024).11.6
slurm-webを作ってみた. squeue で足りそうな気がする.
vmware esxiの代替先としてProxmoxを使っている. 高度な使い方はせず、単にGPUデバイスやvSwitchとか使えたのでこれでいいかな.
R6(2024).10.28
cgroups v2対応なOSは Ubuntu21.10以降(22.04LTSとか), RHEL9系以降. openPBSでhookを使うには cgroups v1 に切り替える必要あり.
openPBSのgitを眺めていると ubuntu24 に対応とかあるけど、これって python3.12 対応向けで v2 対応じゃないみたい(未確認だけど).
slurmはv1 v2とも対応済みの様子.
R6(2024).10.19
ローカルにpostfixを立ててSMTPリレーをさせてみた. office365をリレー先として考えていたが
結構ハードルが高かったので断念. 代わりに回線プロバイダのSMTPを適用した.
mobaXtermでcootが機能しない時がある. その際はmobaXtermのX serverの設定で「OpenGL acceleration」を「Hardware」にすれば回避できるかも.
R6(2024).10.16
adaptecの8シリーズでmaxviewのメール設定を検討中. 中身はJavamail 1.4.7だがTLS1.2に未対応なので
office365のSMTPは利用できない. TLS(SSL)なしの送信が許可されるサイト(SMTP)じゃないと無理っぽい.
ローカルにpostfixを立てて、そこを踏み台にoffice365へ転送とか思案中.
R6(2024).10.11
cryoSPARCのcluster運用にて. masterはジョブを発行するときだけ動けばいいよね. ジョブを流したら
masterは停止、workerはそのまま働かせる. これなら行けるっと思ったが、試験したら
「Job is unresponsive - no heartbeat received in 180 seconds. 」と言われてworkerジョブが落ちた..
workerを動かしている最中、masterも動いてないとダメらしい... どうしよう...
R6(2024).10.8
cryoSPARC v4.6.0で2Dclassの際に落ちる. これで回避できたけど、
kernelパラメータの調整が必要ってoracleかよ.
R6(2024).9.27
アテローム発生...
R6(2024).9.26
samba-ad関連の記事をupdate予定.
R6(2024).9.25
samba-adとの接続でrockylinux8ならnslcd経由で行けたのに rockylinux9ではnslcdが使えないみたい.
仕方ないので sssd経由にしたのだが、こちらユーザデータにposixAccountなobjectclassが必要なそうな..
samba-adで作ったアカウントにposixAccountは入ってなく別途組み込む必要がある. ldifエディタの出番.
R6(2024).9.21
ルータ内にWireGuardを仕込めるかテストをしているのだが....どうもうまく動かない.
firewall-cmdのexternal/trustedな仕掛けのまま使いたいのが無理なのか...iptablesは避けたいなぁ...
R6(2024).9.14
またヘルニアを痛めた模様。一応歩けるけど、前屈みすると痛む. あと若干また右脚が痺れている...
長時間椅子に座ったから？これじゃ仕事できないよぉ.. 連休は自宅静養に努めます.
esxiの後釜としてProxmoxを使いだした. esxiで作った仮想マシンをそのまま引き付けるのが嬉しい.
加えてGPUも使えて. なぜかesxiだと535までだったのがそれ以上使えてる.
R6(2024).9.11
cryoSPARC v4.6.0リリース. リリースノートを読むとこれがcentos7対応の最後みたい.
R6(2024).9.5
VirtualGLを試している. 以前よりももっと簡単に動かせれれるみたい. GPUの指定ってできないのかな..
srunでリソースを確保してdockerにVirtualGLを仕立てれば、、、そんな気がする..
R6(2024).9.1
coot公式配布を無理やりRHEL9で動かしてみた. openssl-1.0.2が追加で必要みたい. これを入れれば一応動いた.
R6(2024).8.30
気が付けば葉月も終わり. 夏は暑い外と寒い鯖室の出入りで調子が悪くるなる事が多い. まぁお仕事だから仕方なし.
cootの公式配布バイナリがRHEL8系までなのでRHEL9系向けを作ってみた. ver0.9系は出来たかも. ver1.1系はまだ.
まぁmac/winでcootが多いの需要は少ないのですが.
R6(2024).7.26
階段を下りると痺れがでる. 普段の歩行は問題ないかな.
debパッケージの作り方を勉強中.
R6(2024).7.15
Multi-Instance GPU(MIG)に興味を持ったが、TeslaのA30かA100以上のようで買えない...ebayでも60万以上..
GPUをインスタンス毎に分けて使える. virtualGLとかにも分けられるなら面白いかなと.
無理なのでp100かv100でも買おうかな.
R6(2024).7.4
右脚の痺れは残っているけど、腰痛が厳しくなってきた. 右脚をかばった動きのせいかな.
esxiでnvidia-550とか555が機能しない. 535なら大丈夫.
R6(2024).6.25
ほぼ二か月が経過. 歩行に支障はない. 痺れはあるけど無視できる. ただ俯せの姿勢になると痺れが走る.
anacondaを使われている所でminiforge/miniconda系への移行が必要となった.
R6(2024).6.12
仕事に出かけたのだが、帰りはタクシーで帰宅. 右脚の痺れは大分収まって歩けるのだが、長時間は無理っぽい.
また腰の部分に痛みが出てきた. 変な姿勢で歩いているのが原因？
GAMESSを取り扱い始めた. mopac以来かな.
R6(2024).6.5
あら cryoSPARC v4.5.3 がリリースです.
R6(2024).6.4
一か月が過ぎた. ようやく歩ける(当社比1/2). ゆっくりなら行ける. けど北海道はキャンセルです. リハビリがメインです.
cryoSPARC v4.5.2がリリース
R6(2024).5.27
3週間過ぎた. 当初痺れて10mも歩けなかったのが、リハビリとお薬でだいぶ歩けるようになった.
動きは酔歩に近いが動ける. 酔歩といえばMC...いやなんでもない.
R6(2024).5.21
理学療法士様によるリハビリを受けた. 静養しつつリハビリ運動もすることになりました.
お薬で痺れ痛みが緩和され、辛かった病院通いが随分と楽になったなぁ.
R6(2024).5.20
relion5の連携condaアプリですが、relion5の更新に合わせて連携condaアプリも更新必須だった...見落としだった..
relion5のsubtomogramでEMPIAR-10164のmrcはブラウザからとれるのだが、mdocファイルの場所が分からんかった.
ここなのね ftp.ebi.ac.uk/empiar/world_availability/10164/data/mdoc-files/
R6(2024).5.17
患って今日で２週間がたった. 今月中の外出は難しいかなぁ..
R6(2024).5.15
整形外科に行ってレントゲン撮った. 坐骨神経痛が確定っぽい. お薬飲んで安静にしてます. 外出は当面無理.
RHEL9系でcootをコンパイルできないか調査中.
手始めにRHEL7系のCentOS7でcootをコンパイルしてみているが上手く作れない..
R6(2024).5.9
外出を試みるもほんの十数メートルで断念. 1week安静したけど2,3week安静とか長期戦になりそう.
ほんと歩けない....
R6(2024).5.9
あら cryoSPARC v4.5.1 がリリースです. バグフィックスですね.
絶賛坐骨神経痛は継続中. ほんと歩けない.. 毎日安静してます.
R6(2024).5.8
cryoSPARC v4.5がリリース. https://cryosparc.com/updates 進歩早いね.
引き続き坐骨神経痛で歩けないです...
R6(2024).5.5
やばい..坐骨神経痛っぽい...歩けない..
R6(2024).4.30
風邪ひいて38度まで上がった. ようやく平熱に戻ったけど喉が痛い..
R6(2024).4.25
CentOS7で800x600しか出なかった. っでelrepoのkernelに差し替えたら正常になった.
最新cpuの内蔵videoってcentos7は未対応？
R6(2024).4.17
通院の毎日. ようやく多少座れるようになった.
R6(2024).4.10
椅子には座れるけど、長時間は無理. 通院してガーゼ交換ですが、正直切開よりも痛い. 横になっているしかない..
R6(2024).4.8
また切開手術...肩とは別の箇所.
R6(2024).4.5
cryoSPARCのキャッシュについて. クラスターで運用すると時にGPU01、時にGPU02ノードで計算と
計算ノードは固定しない. なのでキャッシュもどんどん分散されてしまう。
っで終わっても消してくれないので運用上の悩みとなる。BeeOND はその悩みを低減させてくれるかな？
R6(2024).4.4
Bioconductor 3.19はR-4.4向け. Bioconductor 3.19は5/1にリリース予定で、R-4.4は4/24リリース予定.
R6(2024).4.3
ubuntu22.04のrelionにて relion_python_* から「libcuda.so」がないと言われた. 「ldconfig -v」で存在を確認
「/etc/ld.so.conf.d/」に/usr/local/cudaも入っているのだが..OS提供品が優先された形？
仕方ないので modulefiles/relion で/usr/local/cudaを優先にLD_LIBRARY_PATHを入れて解決.
毎日通院. 切開箇所のガーゼ交換なのですが、めちゃくちゃ痛い...
R6(2024).4.1
肩の方を切開手術.
R6(2024).3.30
GPUマシンで計算が途中で止まるなら..
1.GPUのwattをdown 2.BIOSでPCIe GENを1にdown 3.kernelをup. 4.nvidia driverをup 5.BIOS fwをup. 5. 販売元へ...
kernel upで成功したらwattをup, genをupして速度を上げてみる. gen1で上手く行くと思うけど.
R6(2024).3.28
病院行って切開は様子見.
R6(2024).3.26
肩に傷ができて痛む..あと吹き出物も再発..今週中に病院かなぁ..しんどい
R6(2024).3.23
usbを刺してデータ転送をするとwaitが上がる. usbがダーティ？
linuxに刺す前にwinに刺して整合性を取ってみるのは意味がある？ robocopyが上手く動かない...
R6(2024).3.21
報告書ラッシュ. 寒の戻りなためか体が微妙.. 外出は取りやめで事務所作業へ.
relion-5.0-beta-2がリリースされていた.
R6(2024).3.15
確定申告,青色申告,消費税申告がやっと完成. 本日提出へ.
R6(2024).3.11
cephのquotaを試したのだが...制限設置に10Giと定義できるとあるのに効かない. 結局数字指定.
判明するのに半日かよ..修練が足らない.
R6(2024).3.6
CTFFIND5をコンパイル中. バイナリーは既に提供されてますが、cisTEMの一部として配布. まぁそれでもいいのですが
ctffind5を単体で用意してみたくてコンパイル中.
R6(2024).3.4
締め切りに追われてます.
cryoSPARCのホスト名ですが、大文字でホスト名を持たせるなら/etc/hostsにホスト情報の記載が必須みたい.
小文字なら/etc/hostsはそのままでもok. 小文字ホスト名の方がよさげ.
R6(2024).3.1
2月は結構きつかった. 3月も相当な感じ. cootのrhel9系向けのコンパイルは諦めました. 無理.
R6(2024).2.16
そうか. ハーゲンダッツを買う日か.
cryoSPARCにてupdateを実行しての何も動かない時はLD_LIBRARY_PATHをカラにすれば行けるかも.
R6(2024).2.14
だいぶ楽になりました.
R6(2024).2.13
nfsボリュームに対するACL(nfs4_setfacl/nfs4_getfacl)を試してみた. cephはPOSIX準拠だからsetfac/getfaclでokみたい
今週いっぱい外勤しないつもり. 今時点階段を上るときっつい..
R6(2024).2.10
PyMOL. tagのv2.5.0はRockylinuxでコンパイルできるけど、最新のgitでは無理みたい.
look_atなるコマンドでコンパイルが落ちる. glm-develを上げれば行けると判明.
R6(2024).2.9
吹き出物が再発して手術. 3,4日はあまり動けないかな. 以前も同じ症状で手術して完治まで２週間ほどだった.
椅子に座ってのディスクワークには支障がないけど、外勤は厳しいかなぁ.
R6(2024).2.8
coot使うなら rockylinux8.x だなぁ. ubuntu22.04でもcootは動くけど安牌はubuntu20.04かなぁ.
ソースコードが公開されているから作れなくはないのでしょうけど、cootにRDKitまで入って驚く. 結構ハードル高い.
nfsサーバは64GB メモリーかなぁ.
R6(2024).2.6
REHL(本家)9.3を取得した. いわゆる個人向けで使うなら16台まで使っていいよのプログラムで入手してみた.
あくまでも個人向け. 事業とかそれを使って成果を出すなら本番ライセンスを勝ってねな代物.
パッケージリポジトリが全く違っていたのに驚いて急遽議題に上げてみた.
R6(2024).2.2
ldapはfailover,ppolicy,lamの組み込み、slurmはslurmdbdとXDMoD、cephはok、wireguardは未. io500テストは今週末かな.
rootパスワは破棄かな. 管理者権限アカウントの創設とsudo. cephとsmbのaclは要調査. quotaもちょい調査.
zabbixとceph,mail連携. fail2ban. slurmにprolog/epilogを入れてお掃除対応. あと事務的なことでProxmoxの準備かなぁ.
R6(2024).2.1
nfs client側でaclを付けたいと思った. nfs4-acl-toolsのnfs4_setfacで出来るそうなのだが...使い方が分からん..
cephfsはsetfaclコマンドで定義できるのだがnfs clientでsetfaclは通用しない..
R6(2024).1.30
ldapでアカウント管理. それにautomountも管理させたくてldap+sssdで作ってみた. /etc/fstabでstaticな
運用もいいのだが、台数が増えると集中管理がいいかなと. まぁansibleで一括修正もありえるけどね.
R6(2024).1.28
LdapAdminのLinux版があった. これでldifを作らんでも楽に操作できるかも.
このLdapAdmin(linux版)、Xmingでは微妙、mobaXtermならok. Xmingは更新しようかな(要10ポンド). macOSは未検証.
R6(2024).1.22
でっかいファイルシステムを構築中. いつも間にか手に汗がにじんでる.
system diskって実はext4にしてパーティションを動かせた方がいいのかも. データ領域なdiskはxfsでいいかもだけど.
R6(2024).1.21
supermicroのMBでIPMI経由によるOS再インストールを試した. そうしたらvirtual media機構を使うのに
SFT-DCMS-Singleライセンス(有償)が必要みたい.. 以前は追加費用無しで使えてたのに....
gpartedで領域を小さくしようと思ったらxfsはダメ見たい. ext4ならokだった...
R6(2024).1.19
仕事積みすぎた..土日で片付かせたい..
R6(2024).1.10
次期リリースのphenix-1.21からMOPACが使えるとは...驚いた.
しかもMOPAC自体がオープンソースになっていてこれも驚いた.
R6(2024).1.9
cephのreef. cephfsのみだけど手順確認. backendのcluster networkも機能していることを確認.
次はcephadmの習得かな.
R6(2024).1.8
年始年末をcephの勉強に充てている. 以前Octopus(v15.x)で作って今はReef(v18.x)で再検証.
cephadmの利用を前提としたdashboardが気になりますが、一通りOSの地べたに構築するのは問題ない.
今後はcephadmベースで進むのでしょうが、docker/podmanの上での構築、細かい設定方法がまだよく見えない.
こころはドキュメントをよく読んで進むしかないかなぁ.
R6(2024).1.7
動作検証にvmware esxiを使っている. ebayでTeslaP40(GP102[GTX1080Ti相当],24GB)が2.5万円...ポチっとしそうになる..
nvidiaの仮想GPUが使えそうなのよねぇ
R6(2024).1.1
謹賀新年. 未達な課題が多くてすみません.
なんでまほよ?その前に月の裏側では.....