アプリケーション配置

修正中

解析用プログラムは
　/Appl
を起点として配下にOS毎のフォルダを設置。そのOSフォルダ名は コマンド(/bin/uname)の結果を利用する。
ほとんどIntel-Linuxで稼働させる場合には無用なのだろうが、MacOSXでとかSolaris(??)で仕事されたい
方もおられる。故、汎用性を持たせてのフォルダ形式としてみた
具体的には

/Appl/Linux
/Appl/Darwin

とかになるのだろう。

PATHとかの環境変数を決めるスクリプトは下記のように作成して、このファイルを各自の
.bashrcとか.cshrcとかに組み込ませる。事前に /etc/skel/.bashrc と /etc/skel/.cshrc に書いておくのもあり。
具体的には、各ユーザの.bashrcとか.cshrcの最終行に

.bashrcなら
 source /Appl/Common/Linux.bash
.cshrcなら
 source /Appl/Common/Linux.csh

を入れる。

シェル別読み込みファイル †

ユーザが使用するシェルごとにファイルを用意します。
加え
■autoSHARP
autoSHARPの環境変数を定義するとccp4iからautoSHARPが実行できるが、autoSHARPはライセンスが必要で
どの計算機でも使える訳ではない。実行可能な計算機ならその環境ファイルを読み込めばいいようにした。

Bash向け †

• /Appl/Common/bashrc

  #/bin/bash
  unset autologout
  set   nobeep
  #-----------------------------------------#
  [ -f /sbin/uname ] && system=`/sbin/uname`
  [ -f /bin/uname ]  && system=`/bin/uname`
  #-----------------------------------------#
  case "$system" in
    "Linux")
         [ -f /Appl/Common/Linux.sh ] && source /Appl/Common/Linux.sh
         ;;
    "Darwin")
         [ -f /Appl/Common/sh.Darwin] && source /Appl/Common/Darwin.sh
         ;;
     *) echo No match!!;;
  esac
  #-----------------------------------------#
  [ -f /bin/hostname ] && host=`/bin/hostname -s`
  #-----------------------------------------#
  case "$host" in
    "sharp")
         [ -f /opt/sharp/setup.sh ] && source /opt/sharp/setup.sh
         ;;
  esac
  unset system  host

csh向け †

• /Appl/Common/cshrc

  #!/bin/csh
  unset autologout
  #-----------------------------------------#
  if ( -f /bin/uname )     set system = `/bin/uname`
  if ( -f /usr/bin/uname ) set system = `/usr/bin/uname`
  #-----------------------------------------#
  switch ( $system )
         case 'Linux':
                 if ( -f /Appl/Common/Linux.csh ) source /Appl/Common/Linux.csh
                 breaksw
         case 'Darwin':
                 if ( -f /Appl/Common/Darwin.csh ) source /Appl/Common/Darwin.csh
                 breaksw
         default:
  endsw
  #-----------------------------------------#
  if ( -f /bin/hostname ) set host = `/bin/hostname -s`
  #-----------------------------------------#
  switch ( $host )
         case 'sharp':
                 if ( -f /opt/sharp/setup.csh ) source /opt/sharp/setup.csh
                 breaksw
         default:
  endsw
  unset system
  unset host 

解析アプリ設定ファイル †

各OS各shellでの環境変数をまとめたファイルも用意する。

Bash向け †

/Appl/Common/Linux.sh

#!/bin/sh
#-----------------------------------------#
#
# ccp4
source /Appl/Linux/ccp4-6.3.0/bin/ccp4.setup-sh
#
# coot
export PATH=/Appl/Linux/coot/bin:$PATH
#
# phenix
source /Appl/Linux/phenix/phenix-1.8-1069/phenix_env.sh
#
# cns [cns_solve_env.shは独自作成です]
source /Appl/Linux/cns_solve_1.3/cns_solve_env.sh
#
# pymol、Uppsalaら
export PATH=/Appl/Linux/bin:$PATH
#
# shelx
export PATH=/Appl/Linux/shelx:$PATH

csh向け †

/Appl/Common/Linux.csh

#!/bin/sh
#-----------------------------------------#
#
# ccp4
source /Appl/Linux/ccp4-6.3.0/bin/ccp4.setup-csh
#
# coot
setenv PATH /Appl/Linux/coot/bin:$PATH
#
# phenix
source /Appl/Linux/phenix/phenix-1.8-1069/phenix_env
#
# cns
source /Appl/Linux/cns_solve_1.3/cns_solve_env
#
# pymol、Uppsalaら
setenv PATH /Appl/Linux/bin:$PATH
#
# shelx
setenv PATH /Appl/Linux/shelx:$PATH

マシンごとへの対応 †

/etc/profile.dを使う