mrcファイルをpng/jpegに

EMAN2に付属しているe2proc2d.pyにて変換可能っぽい

[foo@c ~]$ time e2proc2d.py Falcon_2016_05_12-20_26_42.mrc Falcon_2016_05_12-20_26_42.tiff
1 images, processing 0-0 stepping by 1
1 images
 
real    0m0.567s
user    0m0.182s
sys     0m0.384s
[foo@c ~]$
[foo@c ~]$ time e2proc2d.py Falcon_2016_05_12-20_26_42.mrc Falcon_2016_05_12-20_26_42.jpeg
1 images, processing 0-0 stepping by 1
 
real    0m0.753s
user    0m0.535s
sys     0m0.217s
[foo@c ~]$
[foo@c ~]$ time e2proc2d.py Falcon_2016_05_12-20_26_42.mrc Falcon_2016_05_12-20_26_42.png
1 images, processing 0-0 stepping by 1
1 images
 
real    0m4.861s
user    0m4.747s
sys     0m0.106s
[foo@c ~]$

オプションにparallelがあった

[foo@c ~]$ time e2proc2d.py Falcon_2016_05_12-20_26_42.mrc Falcon_2016_05_12-20_26_42.png --parallel 4
 
real    0m0.125s
user    0m0.105s
sys     0m0.019s
[foo@c ~]$

ずいぶんと早くなる

TIFF/crop

電顕から得られたTIFFデータに対してサイズ調整が必要になった
画像ファイルの縮小ではなく、切り取り作業である

TIFFファイルのジオメトリは identify コマンドで確認可能で、ここでのTIFFファイルはmulti-pageなTIFFファイルで
それぞれのジオメトリが表示される

[foo@c run]$ identify Jun28_18.26.55.conv1.tif
Jun28_18.26.55.tif[0] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.tif[1] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.tif[2] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.tif[3] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
 (中略)
Jun28_18.26.55.tif[37] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.tif[38] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.tif[39] TIFF 7424x7680 7424x7680+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 550.3MB 0.000u 0:00.000
[foo@c run]$

もっと詳しくは identify -verbose で確認できる。
ここでは 7424x7680 のサイズである。このサイズを(0,0)から7420x7674分切り出すには convert -crop で可能みたい

[foo@c tiff]$ convert -crop 7420x7676+0+0 Jun28_18.26.55.tif Jun28_18.26.55.conv1.tif

っで切りだしたJun28_18.26.55.conv1.tifのサイズを確認すると

[foo@c run]$ identify Jun28_18.26.55.conv1.tif
Jun28_18.26.55.conv1.tif[0] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.009
Jun28_18.26.55.conv1.tif[1] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.009
Jun28_18.26.55.conv1.tif[2] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.009
Jun28_18.26.55.conv1.tif[3] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.009
 (中略)
Jun28_18.26.55.conv1.tif[36] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.conv1.tif[37] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.conv1.tif[38] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.000
Jun28_18.26.55.conv1.tif[39] TIFF 7420x7676 7420x7676+0+0 8-bit Grayscale DirectClass 675.6MB 0.000u 0:00.000
[foo@c run]$

となる。切り出したのにサイズが大きくなるのは?なのだが、とりあえずOK

参照先:https://www.jstage.jst.go.jp/article/itej/61/12/61_12_1725/_pdf


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Last-modified: 2017-07-07 (金) 15:07:07 (43d)