Amber

昔amberを使って自由エネルギー計算を行った事があった。
っで、現在AmberToolという名でAmberの一部がGPLで使えるそうな。平たく言えば無料で使える。驚いた。
PMEは使えないけどMDは行える。完全版は学位授与機関、非営利、政府系なら500ドル、営利企業なら20,000ドルの対価みたい。
まあーAmberToolでいいや。

入手 †

AmberToolsの入手はhttps://ambermd.org/GetAmber.phpによれば

すでに手持ちのAmberToolsからのupdateで最新版を入手
conda経由で入手
氏名と所属機関を入力してソースコードを取得

まったくもって初めてならconda経由で取得した方がいいのかも.
amberとambertoolsの違いは？CUDA対応とmulti-CPUでのより高速化でしょうか

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condaで入手 †

ここではcrYOLOやPyEMの構築にpyenv/anaconda環境を作っているのでそれを踏襲して環境を作る
ここではanacondaを使ってますが、ライセンスの問題があるなら miniconda をお使いください

export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

その後に

[root@rockylinux ~]# conda create --name AmberTools21
[root@rockylinux ~]# source activate AmberTools21
(AmberTools21) [root@rockylinux ~]# conda install -c conda-forge ambertools=21 compilers
 
(AmberTools21) [root@rockylinux ~]# which sander
/apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/AmberTools21/bin/sander
 
(AmberTools21) [root@rockylinux ~]# conda list | grep amber
amberlite                 16.0                     pypi_0    pypi
ambertools                21.11            py39hc630cb1_0    conda-forge
amberutils                21.0                     pypi_0    pypi
pdb4amber                 20.1                     pypi_0    pypi
(AmberTools21) [root@rockylinux ~]#

これで完了

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EnvironmentModules †

「/apps/modulefiles/ambertools/21.11」

#%Module1.0
set          root       /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/AmberTools21
prepend-path PATH       $root/bin

↑

使ってみる †

基本はxleapとか使ってPDBを読み込み水素を付与して周期境界条件を作って水で埋める.
っで主鎖を固定、側鎖をテザー、付与した水素原子と水を自由にしてミニマイズ.
次に主鎖をテザー、側鎖、水分子を自由に動かしてミニマイズ.
最後に主鎖も自由にしてミニマイズ.
っでこれを初期構造としてMDを実施.
トラジェクトりーを取って観察.

周期境界にするかタンパクの表面から20Aとかの層で水分子を置くとか
クーロン力を10Aまで計算とかPMEで計算とか目的に応じていろいろ条件を検討する必要がある

入手 †

condaで入手 †

EnvironmentModules †

使ってみる †

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