昔amberを使って自由エネルギー計算を行った事があった。
っで、現在AmberToolという名でAmberの一部がGPLで使えるそうな。平たく言えば無料で使える。驚いた。
PMEは使えないけどMDは行える。完全版は学位授与機関、非営利、政府系なら500ドル、営利企業なら20,000ドルの対価みたい。
まあーAmberToolでいいや。

入手

Amberのサイトで入手。一応氏名・所属・どこの方らが聞かれる。
ダウンロードサイズが、、、364 MBほど。

コンパイル

展開場所をamberのホームとしてます。

[root@c ~]# cd /opt
[root@c opt]# bzip2 -cd src/AmberTools18.tar.bz2 | tar xf -
[root@c opt]# cd amber14/
[root@c amber18]# export AMBERHOME=/opt/amber18
[root@c amber18]# LANG=C ./configure --skip-python gnu
 
[root@c amber18]# make install

Amber18

とある依頼でAmber18をコンパイルすることになった。
amberを展開した先がインストール先になるように展開させる。

cd /Appl
bzip2 -cd src/Amber18.tar.bz2 | tar xf -
bzip2 -cd src/AmberTools18.tar.bz2 | tar xf -
chown -R root:root amber18

と展開して、作られた amber18に移動する

du -hs ./amber18/
  2.8G    ./amber18/
cd ./amber18/

ソースとかで2.8GBですか半分以上はtestフォルダのようです。
っでコンパイル

./configure gnu

途中パッチがあればダウンロード+適用しますかと問われ、「y」を入力して進める。
次に、PythonからContinuum IO経由でamberを使いますかと問われる。「y」を入力すると
「/Appl/amber18/miniconda」にその環境が構築される。
その後に

make install
export AMBERHOME=/Appl/amber18
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/amber18/lib:$LD_LIBRARY_PATH
make test

と実行します。

その後にmpi版を作成
事前にoepmpiにパスを通します

export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib

その上で

./configure -mpi gnu
make install
(export DO_PARALLEL="mpirun -np 4")
(make test)

とします。

GPU対応を作る
(cuda-10は未対応でした. 9.2で行ったら警告がいっぱい出た...)

export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.1
./configure -cuda gnu
make install
 
cd $AMBERHOME/AmberTools/test
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2,3
make test.cuda

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Last-modified: 2019-02-01 (金) 18:40:51 (311d)