昔amberを使って自由エネルギー計算を行った事があった。
っで、現在AmberToolという名でAmberの一部がGPLで使えるそうな。平たく言えば無料で使える。驚いた。
PMEは使えないけどMDは行える。完全版は学位授与機関、非営利、政府系なら500ドル、営利企業なら20,000ドルの対価みたい。
まあーAmberToolでいいや。
入手 †
Amberのサイト
で入手。一応氏名・所属・どこの方らが聞かれる。
ダウンロードサイズが、、、364 MBほど。
コンパイル †
展開場所をamberのホームとしてます。
[root@c ~]# cd /opt
[root@c opt]# bzip2 -cd src/AmberTools18.tar.bz2 | tar xf -
[root@c opt]# cd amber14/
[root@c amber18]# export AMBERHOME=/opt/amber18
[root@c amber18]# LANG=C ./configure --skip-python gnu
[root@c amber18]# make install
Amber18 †
とある依頼でAmber18をコンパイルすることになった。
amberを展開した先がインストール先になるように展開させる。
cd /Appl
bzip2 -cd src/Amber18.tar.bz2 | tar xf -
bzip2 -cd src/AmberTools18.tar.bz2 | tar xf -
chown -R root:root amber18
と展開して、作られた amber18に移動する
du -hs ./amber18/
2.8G ./amber18/
cd ./amber18/
ソースとかで2.8GBですか半分以上はtestフォルダのようです。
っでコンパイル
途中パッチがあればダウンロード＋適用しますかと問われ、「y」を入力して進める。
次に、PythonからContinuum IO経由でamberを使いますかと問われる。「y」を入力すると
「/Appl/amber18/miniconda」にその環境が構築される。
その後に
make install
export AMBERHOME=/Appl/amber18
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/amber18/lib:$LD_LIBRARY_PATH
make test
と実行します。
その後にmpi版を作成
事前にoepmpiにパスを通します
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib
その上で
./configure -mpi gnu
make install
(export DO_PARALLEL="mpirun -np 4")
(make test)
とします。
GPU対応を作る
(cuda-10は未対応でした. 9.2で行ったら警告がいっぱい出た...)
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.1
./configure -cuda gnu
make install
cd $AMBERHOME/AmberTools/test
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2,3
make test.cuda
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