本家様 http://emg.nysbc.org/redmine/projects/appion/wiki/Appion_Home

ここではCentOS6にてインストールを行う

準備

以下のパッケージが必要みたい

yum install python-tools python-devel \
            subversion ImageMagick grace gnuplot python-matplotlib netpbm-progs \
            wxPython numpy scipy python-imaging \
            gcc-gfortran compat-gcc-34-g77 \
            gcc-objc fftw-devel gsl-devel \
            mysql mysql-server MySQL-python \
            httpd php php-mysql phpMyAdmin \
            gcc-c++ openmpi-1.8-devel libtiff-devel \
            xorg-x11-server-Xvfb \
            libssh2-devel

mysqlの設定

[root@c ~]# cp /usr/share/mysql/my-huge.cnf /etc/my.cnf

my.cnfを修正します。
[mysqld]セクションの最後に下記を追加します

[root@c ~]# vi /etc/my.cnf
 :
 :
[mysqld]
port   = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
 :
 :
query_cache_type = 1
query_cache_size = 100M
query_cache_limit= 100M
[mysqldump]
 :
[root@c ~]#

そしてデータベースエンジンを既定でで「MyISAM」を使用するようにします。
[mysqld]セクションに「default_storage_engine=MyISAM」を加えます

[root@c ~]# vi /etc/my.cnf
 :
[mysqld]
 :
query_cache_type = 1
query_cache_size = 100M
query_cache_limit= 100M
default_storage_engine=MyISAM
[mysqldump]
 :
[root@c ~]#

この後データベースを起動させます

[root@c ~]# chkconfig  --list mysqld
mysqld          0:off   1:off   2:off   3:off   4:off   5:off   6:off
[root@c ~]#
[root@c ~]# chkconfig  mysqld on
[root@c ~]# chkconfig  --list mysqld
mysqld          0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off
[root@c ~]#
[root@c ~]# /etc/init.d/mysqld start
Starting mysqld:                                           [  OK  ]
[root@c ~]#

次にAppion向けのデータベースを作ります

[root@c ~]# mysqladmin create leginondb
[root@c ~]# mysqladmin create projectdb

mysqlにアクセスするユーザを作成。ここでは「usr_object」なるユーザを作る

[root@c ~]# mysql
mysql> CREATE USER usr_object@'%.sybyl.local' IDENTIFIED BY 'XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX';
mysql> GRANT ALTER, CREATE, INSERT, SELECT, UPDATE ON leginondb.* to usr_object@'%.sybyl.local';
mysql> GRANT ALTER, CREATE, INSERT, SELECT, UPDATE ON projectdb.* to usr_object@'%.sybyl.local';

これでmysqlユーザの「usr_object」は「leginondb」「projectdb」データベースに作られるスキーマにアクセス可能となった。
次に「ap」から始まるデータベースに対しての操作をmysqlユーザの「usr_object」に与える
*「ap」から始まるデータベースはこの段階ではまだ存在しませんけど

mysql> GRANT ALTER, CREATE, INSERT, SELECT, UPDATE, DELETE ON `ap%`.* to usr_object@'%.sybyl.local'; 

ここまできたら、mysqlユーザの「usr_object」で接続テストを行う

[root@c ~]# mysql -u usr_object -D leginondb -h c.sybyl.local -p
Enter password:
mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'query%';
+------------------------------+-----------+
| Variable_name                | Value     |
+------------------------------+-----------+
| query_alloc_block_size       | 8192      |
| query_cache_limit            | 104857600 |
| query_cache_min_res_unit     | 4096      |
| query_cache_size             | 104857600 |
| query_cache_type             | ON        |
| query_cache_wlock_invalidate | OFF       |
| query_prealloc_size          | 8192      |
+------------------------------+-----------+
7 rows in set (0.00 sec)
 
mysql> quit
[root@c ~]#

コマンドラインで接続テスト

[root@c ~]# php -r "mysql_connect('c.sybyl.local','usr_object','XXXXXXXXXXX','leginondb'); echo mysql_stat();";echo ""
Uptime: 2580  Threads: 1  Questions: 37  Slow queries: 0  Opens: 16  Flush tables: 1  Open tables: 9  Queries per second avg: 0.14
[root@c ~]#

ファイルシステム

データの置き場所とかを考える
「/your_file_server_mount_point/whatever」
な場所を定義しておく。
ここでは「/home」でいいかなぁ

アプリケーションの取得

gitから入手可能で

[root@c ~]# cd /App/src
[root@c src]# git clone -b myami-3.3 http://emg.nysbc.org/git/myami myami
[root@c src]# cd myami/
[root@c myami]# python setup.py install --install-scripts=/Appl/appion

これで「/Appl/appion」フォルダにプログラムが展開されます

次に「myami」をインストール

[root@c ~]# cd /App/src
[root@c src]# cd myami/
[root@c myami]# ./pysetup.sh install --prefix=/Appl/myami
[root@c myami]# ./pysetup.sh install --prefix=/Appl/myami
Log file: /Appl/src/myami/pysetup.log
processing pyami... ok.
processing sinedon... ok.
processing redux... ok.
processing imageviewer... ok.
processing leginon... ************FAILED!!! (see log for details)
processing pyscope... ok.
processing slack... ok.
processing modules/radermacher... ok.
processing modules/libcv... ok.
processing modules/numextension... ok.
[root@c myami]#

leginonのインストールに失敗.pysetup.logを見ると

ImportError: cannot import name gitlib

とあり、pythonパッケージ不足が原因. 対象は gitlib. とりあえず leginon は無視して進む
また「Matlab」を使うなら「MATLABPATH」の定義が必要だが、現在Matlabがないのでこれも無視

Redux

[root@c ~]# easy_install fs
[root@c ~]# cd /Appl/src/myami/
[root@c myami]# cp -r ./myamiweb /var/www/myamiweb
[root@c myami]# chmod 777 /var/www/myamiweb
[root@c ~]# cd /Appl/src/myami/redux/
[root@c redux]# cp redux.cfg.template redux.cfg
[root@c ~]# vi /etc/httpd/conf.d/myamiweb.conf
Alias /myamiweb /var/www/myamiweb
<Directory /var/www/myamiweb >
    DirectoryIndex index.php
    Options -Indexes
    AllowOverride all
 
    AddType application/x-httpd-php .php
    php_flag magic_quotes_gpc on
    php_flag track_vars on
</Directory>
[root@c ~]# apachectl configtest

次に設定したwebサイトへアクセスする。ここでは「c.sybyl.local/myamiweb/setup」
すると下記のような画面が表示される
2018y03m15d_151611343.jpg


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Last-modified: 2018-03-15 (木) 15:18:50 (275d)