AreTomo

本家様 https://msg.ucsf.edu/softwareの「Automated fiducial-free alignment and reconstruction for cryoEM tomography」リンク先

ライセンスはリンク先のGoogleドキュメントに「UCSFAreTomoLicensing.pdf」があり、

UCSF AreTomo is licensed for noncommercial use at no cost by the Regents of the University of California.

非商業的な利用なら無償。また

Commercial use of AreTomo is covered by a separate, written license agreement.

ともあり、商用利用なら別途のご様子

インストール †

同「AreTomoManual-08-01-2022.pdf」から

AreTomo is compiled on Centos 7 for CUDA 10.1, 10.2, 11.1, 11.2, 11.3, 11.4, 11.5, and 11.6. For running
on other CUDA platforms, please contact the author for a customized build.

とありCentOS7なら大丈夫かと。

っでプログラム自体もそのGoogleドキュメントに掲示されていて、「AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip」を取得して展開するだけ見たい

[root@centos7 ~]# mkdir /apps/AreTomo/
[root@centos7 ~]# cd /apps/AreTomo/
[root@centos7 AreTomo]#
[root@centos7 AreTomo]# unzip -l /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
Archive:  /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
  Length      Date    Time    Name
---------  ---------- -----   ----
  3823792  08-02-2022 08:43   AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
  3823792  08-02-2022 08:09   AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
  3566056  08-05-2022 01:15   AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
  3517400  08-05-2022 01:22   AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
  3505112  08-05-2022 01:25   AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
  3514872  08-05-2022 01:29   AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
  3451064  08-05-2022 01:32   AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
  3446968  08-05-2022 01:36   AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
  1082447  08-02-2022 03:08   AreTomoManual-08-01-2022.pdf
   268918  06-24-2022 07:45   UCSFAreTomoLicensing.pdf
---------                     -------
 30000421                     10 files
 
[root@centos7 AreTomo]# unzip -q /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
[root@centos7 AreTomo]# ls -l
total 29316
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug  2 08:43 AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug  2 08:09 AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3566056 Aug  5 01:15 AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3517400 Aug  5 01:22 AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3505112 Aug  5 01:25 AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3514872 Aug  5 01:29 AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3451064 Aug  5 01:32 AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3446968 Aug  5 01:36 AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
-rw-rw-r--. 1 root root 1082447 Aug  2 03:08 AreTomoManual-08-01-2022.pdf
-rw-rw-r--. 1 root root  268918 Jun 24 07:45 UCSFAreTomoLicensing.pdf
 
[root@centos7 AreTomo]#

計算機に搭載されているcudaライブラリに合わせてプログラムが用意されていて、もし CUDA-11.6 なら「AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022」を利用するようにします。

っで、ここではいつものEnvironmentModulesに従うので

[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/AreTomo
#%Module1.0
 
set-alias AirTomo /apps/AreTomo/AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
[root@centos7 ~]#

使うときは

module load AreTomo

インストール †

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