本家様 https://msg.ucsf.edu/software
の「Automated fiducial-free alignment and reconstruction for cryoEM tomography」リンク先
ライセンスはリンク先のGoogleドキュメントに「UCSFAreTomoLicensing.pdf」があり、
UCSF AreTomo is licensed for noncommercial use at no cost by the Regents of the University of California.
非商業的な利用なら無償。また
Commercial use of AreTomo is covered by a separate, written license agreement.
ともあり、商用利用なら別途のご様子
インストール †
同「AreTomoManual-08-01-2022.pdf」から
AreTomo is compiled on Centos 7 for CUDA 10.1, 10.2, 11.1, 11.2, 11.3, 11.4, 11.5, and 11.6. For running
on other CUDA platforms, please contact the author for a customized build.
とありCentOS7なら大丈夫かと。
っでプログラム自体もそのGoogleドキュメントに掲示されていて、「AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip」を取得して展開するだけ見たい
[root@centos7 ~]# mkdir /apps/AreTomo/
[root@centos7 ~]# cd /apps/AreTomo/
[root@centos7 AreTomo]#
[root@centos7 AreTomo]# unzip -l /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
Archive: /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
Length Date Time Name
--------- ---------- ----- ----
3823792 08-02-2022 08:43 AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
3823792 08-02-2022 08:09 AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
3566056 08-05-2022 01:15 AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
3517400 08-05-2022 01:22 AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
3505112 08-05-2022 01:25 AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
3514872 08-05-2022 01:29 AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
3451064 08-05-2022 01:32 AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
3446968 08-05-2022 01:36 AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
1082447 08-02-2022 03:08 AreTomoManual-08-01-2022.pdf
268918 06-24-2022 07:45 UCSFAreTomoLicensing.pdf
--------- -------
30000421 10 files
[root@centos7 AreTomo]# unzip -q /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
[root@centos7 AreTomo]# ls -l
total 29316
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug 2 08:43 AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug 2 08:09 AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3566056 Aug 5 01:15 AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3517400 Aug 5 01:22 AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3505112 Aug 5 01:25 AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3514872 Aug 5 01:29 AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3451064 Aug 5 01:32 AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3446968 Aug 5 01:36 AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
-rw-rw-r--. 1 root root 1082447 Aug 2 03:08 AreTomoManual-08-01-2022.pdf
-rw-rw-r--. 1 root root 268918 Jun 24 07:45 UCSFAreTomoLicensing.pdf
[root@centos7 AreTomo]#
計算機に搭載されているcudaライブラリに合わせてプログラムが用意されていて、もし CUDA-11.6 なら「AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022」を利用するようにします。
っで、ここではいつものEnvironmentModulesに従うので
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/AreTomo
#%Module1.0
set-alias AirTomo /apps/AreTomo/AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
[root@centos7 ~]#
使うときは