![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 https://msg.ucsf.edu/software
の「Automated fiducial-free alignment and reconstruction for cryoEM tomography」リンク先
ライセンスはリンク先のGoogleドキュメントに「UCSFAreTomoLicensing.pdf」があり、
UCSF AreTomo is licensed for noncommercial use at no cost by the Regents of the University of California.非商業的な利用なら無償。また
Commercial use of AreTomo is covered by a separate, written license agreement.ともあり、商用利用なら別途のご様子
同「AreTomoManual-08-01-2022.pdf」から
AreTomo is compiled on Centos 7 for CUDA 10.1, 10.2, 11.1, 11.2, 11.3, 11.4, 11.5, and 11.6. For running
on other CUDA platforms, please contact the author for a customized build.とありCentOS7なら大丈夫かと。
っでプログラム自体もそのGoogleドキュメントに掲示されていて、「AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip」を取得して展開するだけ見たい
[root@centos7 ~]# mkdir /apps/AreTomo/
[root@centos7 ~]# cd /apps/AreTomo/
[root@centos7 AreTomo]#
[root@centos7 AreTomo]# unzip -l /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
Archive: /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
Length Date Time Name
--------- ---------- ----- ----
3823792 08-02-2022 08:43 AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
3823792 08-02-2022 08:09 AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
3566056 08-05-2022 01:15 AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
3517400 08-05-2022 01:22 AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
3505112 08-05-2022 01:25 AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
3514872 08-05-2022 01:29 AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
3451064 08-05-2022 01:32 AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
3446968 08-05-2022 01:36 AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
1082447 08-02-2022 03:08 AreTomoManual-08-01-2022.pdf
268918 06-24-2022 07:45 UCSFAreTomoLicensing.pdf
--------- -------
30000421 10 files
[root@centos7 AreTomo]# unzip -q /Public/em/AreTomo_1.2.5_08-04-2022b.zip
[root@centos7 AreTomo]# ls -l
total 29316
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug 2 08:43 AreTomo_1.2.5_Cuda101_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3823792 Aug 2 08:09 AreTomo_1.2.5_Cuda102_08-01-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3566056 Aug 5 01:15 AreTomo_1.2.5_Cuda111_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3517400 Aug 5 01:22 AreTomo_1.2.5_Cuda112_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3505112 Aug 5 01:25 AreTomo_1.2.5_Cuda113_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3514872 Aug 5 01:29 AreTomo_1.2.5_Cuda114_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3451064 Aug 5 01:32 AreTomo_1.2.5_Cuda115_08-04-2022
-rwxrwxr-x. 1 root root 3446968 Aug 5 01:36 AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
-rw-rw-r--. 1 root root 1082447 Aug 2 03:08 AreTomoManual-08-01-2022.pdf
-rw-rw-r--. 1 root root 268918 Jun 24 07:45 UCSFAreTomoLicensing.pdf
[root@centos7 AreTomo]#計算機に搭載されているcudaライブラリに合わせてプログラムが用意されていて、もし CUDA-11.6 なら「AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022」を利用するようにします。
っで、ここではいつものEnvironmentModulesに従うので
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/AreTomo
#%Module1.0
set-alias AirTomo /apps/AreTomo/AreTomo_1.2.5_Cuda116_08-04-2022
[root@centos7 ~]#使うときは
module load AreTomo本家様 https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo2
ライセンスは「BSD 3-Clause "New" or "Revised" License」なので商用利用可能っぽい
cd /apps
git clone https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo2
cd AreTomo2
make exe -f makefile11 CUDAHOME=/usr/local/cuda-11.7Environment Modulesは「/apps/modulefiles/AreTomo2」として
#%Module1.0
set-alias AreTomo /apps/AreTomo2/AreTomo2
set-alias aretomo /apps/AreTomo2/AreTomo2ubuntu22にてコンパイルすると
「/usr/bin/ld: /apps/AreTomo2/Lib/libmrcfile.a(CLoadExtHeader.o): relocation R_X86_64_32 against symbol `__gxx_personality_v0@@CXXABI_1.3' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIE」と言われる
回避策としては
|
とます
CentOS7でコンパイルするには devtoolset でGCCのバージョンを9とかに上げればコンパイルできます
本家様 https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo3
本家様には
AreTomo3 is a multi-GPU accelerated software package that enables real-time fully automated reconstruction of cryoET tomograms in parallel with cryoET data collection. Integrating MotionCor3, AreTomo2, and GCtfFind in a single application, AreTomo3 has established an autonomous preprocessing pipeline that, whenever a new tilt series is collected, can activate and repeat itself from correction of beam induced motion and assembling tilt series to CTF estimation and correction, tomographic alignment, and 3D reconstruction throughout entire session of data collection without human intervention.
とある(前半のみ)
DeepL様翻訳
AreTomo3は、クライオETデータ収集と並行してクライオETトモグラムのリアルタイム完全自動再構成を可能にするマルチGPUアクセラレーションソフトウェアパッケージです。MotionCor3、AreTomo2、GCtfFindを1つのアプリケーションに統合したAreTomo3は、自律的な前処理パイプラインを確立しており、新しいチルトシリーズが収集されるたびに、ビーム誘導モーションの補正、チルトシリーズのアセンブルから、CTFの推定と補正、断層アライメント、3D再構成までを、データ収集の全セッションを通して、人手を介さずに起動し、繰り返すことができます。
ずいぶん混ぜたなぁ
構築
cd /apps
git clone https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo3
cd AreTomo3
make exe -f makefile11 CUDAHOME=/usr/local/cuda-11.7Environment Modulesは「/apps/modulefiles/AreTomo3」として
#%Module1.0
set-alias AreTomo /apps/AreTomo3/AreTomo3
set-alias aretomo /apps/AreTomo3/AreTomo3とかで
