EMPIAR様からサンプルデータを入手したく
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/へ向かった.
っでWARPでサンプルとして出していた EMPIAR-10153 のデータを取得しようとしたが、
サイズが総数64GB...

ftpやweb経由での取得も可能なのだが、回線が細いため何度も切れて仕方なく aspera を使うことにした。

CentOS8で aspera を使う

IBM様のサイトでアプリが公開されている
https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list
このサイトの「Featured client software」欄にある「IBM Aspera Command Line Interface」から「Download now」を選択します
2020y12m07d_025908778.png

すると画面はダウンロード可能な画面に移り
2020y12m07d_030108986.png

必要なプラットホームをクリックすれば落とせます。
ただ、IBMiDが必要でした(ユーザ登録が必要)

入手したファイル名は「ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64-release.sh」となりました。

インストール

入手したプログラムをダウンロードしたいアカウントユーザで叩きます。

[saber@c ~]$ ./ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64-release.sh
 
Installing IBM Aspera CLI
 
Installation into /home/saber/.aspera/cli successful
 
Optional installation steps:
 
  To include aspera in your PATH, run this command (or add it to .bash_profile):
    export PATH=/home/saber/.aspera/cli/bin:$PATH
 
  To install the man page, run the following command:
    export MANPATH=/home/saber/.aspera/cli/share/man:$MANPATH
 
[saber@c ~]$
[saber@c ~]$ ls -lh /home/saber/.aspera/cli/bin
total 30M
-rwxr-xr-x 1 saber em 7.3M Jan 22  2020 ascp*
-rwxr-xr-x 1 saber em 6.5M Jan 22  2020 ascp4*
-rwxr-xr-x 1 saber em  16M Jan 22  2020 aspera*
[saber@c ~]$

インストールされたプログラムは3つ
「ascp」「acsp4」「aspera」

テスト

九州工業大学 生命情報工学科 情報工学部 安永研究室様のサイトにも記載されているようにまずテストしてみます。

[saber@c ~]$ ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/te
st testset
testset                                                                       100%   57MB  3.2Mb/s    01:30
Completed: 58368K bytes transferred in 90 seconds
 (5267K bits/sec), in 1 file.
[saber@c ~]$

こちらのサイトはADSLなので、まぁー3.2Mb/s でしたね

っで目的のデータを取得したいと思います
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownloadに従いまして
フォーマットは

ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \   <--ここでは[cli]版を使っているので要注意
    emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> \
    <save point>

となります。
なので

[saber@c ~]$ mkdir em/empiar-10153
[saber@c ~]$ ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
               emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/10153 \
               em/empiar-10153
[saber@c ~]$

と実行します
実行前に「screen」を入れて閉じられるようにしたほうが良いかもしれません。


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Last-modified: 2020-12-07 (月) 19:23:36 (294d)