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「分子エディター」
Avogadro ( https://avogadro.cc/
) 最新版は Avogadro 1.2.0[2016-06-15リリース]
と
Avogadro2 ( https://two.avogadro.cc/ ) 最新版は Avogadro 1.100.0[2025-01-21リリース]
がある.
Avogadro2はAvogadroの作り直しでスケーリングが向上したそうな 扱える原子数が増えたそうな
ここでは Avogadro2 こと Avogadro 1.100.0 を扱います
Open Chemistry projectsの一部, gitはそれらを含んで提供されている. https://github.com/OpenChemistry/openchemistry
https://two.avogadro.cc/install/index.htmlにOS毎のインストーラーがあるのでそれを利用してみます.
だが、、ここにある「Avogadro2-x86_64.AppImage」は RockyLinux9 では「/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.30' not found」と言われて実行できない。RockyLinux10なら行けそう
「strings /lib64/libstdc++.so.6 |grep GLIBCXX」で確認できる
なのでソースから作る.
コンパイル環境整備
dnf groupinstall "Development Tools"
dnf install epel-release
dnf install cmake
dnf install qt5-qtbase qt5-qtbase-devel qt5-qtwebkit-devel libxml2-devel qt5-qtsvg-devel
dnf install mesa-libGLU-devel libXcursor-devel openbabel-devel hdf5-devel openbabel
dnf install --enablerepo=devel vtk-devel <-- 3D可視化ライブラリ(分子軌道を「雲の形」でレンダリングできるそうな)っで
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone --recursive https://github.com/OpenChemistry/openchemistry
[root@rockylinux9 src]# mkdir avogadro-build && cd avogadro-build/
[root@rockylinux9 avogadro-build]#
[root@rockylinux9 avogadro-build]# cmake ../openchemistry -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/avogadro -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DUSE_VTK=ON -DUSE_SYSTEM_EIGEN=ON -DUSE_SYSTEM_HDF5=ON -DUSE_SYSTEM_GLEW=ON -DUSE_SYSTEM_OPENBABEL=ON
-- The CXX compiler identification is GNU 11.5.0
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ - skipped
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
-- Found ZLIB: /usr/lib64/libz.so (found version "1.2.11")
-- Found LibXml2: /usr/lib64/libxml2.so (found version "2.9.13")
-- Found GLEW: /usr/include
-- Using system Open Babel
-- Configuring done (0.4s)
-- Generating done (0.0s)
-- Build files have been written to: /apps/src/avogadro-build
[root@rockylinux9 avogadro-build]#
[root@rockylinux9 avogadro-build]# make -j 20
[root@rockylinux9 avogadro-build]# cp -arp ./prefix /apps/avogadro2Environment-modulesを用意します
「/apps/modulefiles/Avogadro2」
#%Module
set root /apps/avogadro2
prepend-path PATH $root/bin[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load Avogadro2
[saber@rockylinux9 ~]$ avogadro2っで下記のような画面が表示されます。
