「とあるアミノ酸配列がある。この配列に相同なものを見つけたい」

単にNCBIに行ってblastを投げれば相同な物の他に、PUBMEDも引けるので、あえてローカルでBLAST検索をするっていう需要はあるのかな?
釣った遺伝子はほとんど既に公共DBに(似たものが)登録されているだろうから、むしろそっちを使った方がいいようにも思える。
まぁー相同なものを集めてクラスタリングして、そのメンバーに構造既知があれば構造・機能的な差を明らかにするにはいいのかな。

研究室とかで共有フォルダを使ってデータ管理すると「このデータって、このPCに入っているデータと違うけど、、どっちが正しいの?」とか涙を見ることがあるそうな。版管理ができて、いつ更新されたのかが分かれば最高なのかもしれない。
ここではFileMakerを使って配列管理と定期的な対Swiss-Prot配列検索結果も載せられるようにちょいと考えてみる。
実用性は皆無だけどね。まぁー配列をPDBとかにすれば多少は使えるのかな。

■構想
配列を収めるFileMakerがある。っで、版管理ができるとする。そして定期的に公共配列データに対してBLAST検索を実施して、
その内容をFileMakerに入れる。可視化はFileMakerで行って、Clustalwの表示も可能とする。

■BLASTプログラム取得

$ ftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov
$ ftp> cd /blast/executables/release/2.2.26
$ ftp> get blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz

NetBlast
検索対象な配列データ(Swiss-Prot,TrEMBL,PDB)をメンテナンスるのは大変。月一とか毎日で配列を逐次ダウンロードする必要がある。
っが、このNetBlastはそのメンテナンスから解放してくれる。データベースの参照先をNCBIにしてくれているだけなんだけどね。

Blast+
いままでのをLegacyBlastと。っでこのLegacyよりも速く、より機能向上したのが Blast+ らしい。

導入

$ ftp ftp.ncbi.nih.gov
ftp> cd blast/executables/LATEST
ftp> get ncbi-blast-2.2.27+-src.tar.gz
$ gzip -cd ncbi-blast-2.2.27+-src.tar.gz | tar xf -
$ cd ncbi-blast-2.2.27+-src/c++
$ ./configure --prefix=/opt/blast
$ make

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Last-modified: 2013-01-25 (金) 11:11:03 (1667d)