CCP-EM

本家様 http://www.ccpem.ac.uk/index.php
すごい取り組みです。素晴らしい。
目的が３つあって

Build a UK community for computational aspects of cryo-EM. Provide a focus for the cryo-EM community to interact with CCP4/CCPN, and the broader international community.
Support the users of software for cryo-EM through dissemination of information on available software, and directed training.
Support for software developers including porting, testing, and distribution of software.

との事。
上記の一環で「CCP-EM software suite」なるものが提供されている。

ここではこの「CCP-EM software suite」をCentOS 7 にインストールしてみます。

ライセンス †

The CCP-EM suite is free of charge for non-profit use under the CCP-EM academic software licence.
For-profit users should please contact ccpemlicensing@stfc.ac.uk for information on commercial licencing.
Further details are available on the licensing page.

とありますのでご注意

↑

取得 †

Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、Linux向けを取得します。
ファイルサイズは、716MB です。

ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# curl -O http://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-1.3.0-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@c src]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd src/ccpem-1.3.0-linux-x86_64.tar.gz | tar xf -
[root@c Appl]# ls -CF ccpem-1.3.0/
CCP-EM_academic_software_licence.pdf  bin/            include/              lib/
README                                change_log.txt  install_ccpem.sh*     libexec/
VERSION                               conditions.txt  install_modeller.sh*  share/
 
[root@c Appl]#

展開して、そのフォルダに入って、

[root@c Appl]# cd ccpem-1.3.0/
[root@c ccpem-1.3.0]# ./install_ccpem.sh
 :
 :
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y
Setting up paths...
Compiling py-files
 
  Warning: CCP4 not found!
 
  Several CCP-EM tasks use CCP4 programs. To use those tasks, please install
  and set up CCP4 before running CCP-EM. CCP4 is available from www.ccp4.ac.uk.
 
 
         Before running CCPEM programs from command line,
         source setup_ccpem.sh
         (or setup_ccpem.csh if you use csh).
 
 
To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run
     install_modeller.sh
 
[root@c ccpem-1.3.0]#

ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。
中身は「日付とccpem-1.3.0」と書かれているだけ。

↑

実行 †

各ユーザにて事前にccp4が使える環境にすることが必須みたい

[saber@c ~]$ source /Appl/ccp4/bin/ccp4.setup-sh
 
[saber@c ~]$ source /Appl/ccpem-1.3.0/setup_ccpem.sh

その後に「ccpem」と実行します。それでフロントエンドが立ち上がります。

[saber@c ~]$ ccpem

途中下記のようなメッセージが表示されますが、

単にアプリ「modeller」がインストールされていないため。
こちらからhttps://salilab.org/modeller/registration.html入手が必要

ライセンス †

取得 †

実行 †

最新の20件