CCP-EM

本家様 http://www.ccpem.ac.uk/index.php
すごい取り組みです。素晴らしい。
目的が３つあって

Build a UK community for computational aspects of cryo-EM. Provide a focus for the cryo-EM community to interact with CCP4/CCPN, and the broader international community.
Support the users of software for cryo-EM through dissemination of information on available software, and directed training.
Support for software developers including porting, testing, and distribution of software.

との事。
上記の一環で「CCP-EM software suite」なるものが提供されている。

ここではこの「CCP-EM software suite」をRockyLinux(RHEL8系) にインストールしてみます。

ライセンス †

ここ http://www.ccpem.ac.uk/download.php、より詳しくはこちら https://www.ccpem.ac.uk/licensing/ を参照

The CCP-EM suite is free of charge for non-profit use under the CCP-EM academic software licence.
For-profit users should please contact ccpemlicensing@stfc.ac.uk for information on commercial licencing.
Further details are available on the licensing page.

とありますのでご注意

↑

取得 †

Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux向けを取得します。
ファイルサイズは、883MB です。

ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。

[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-1.6.0-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@rockylinux src]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-1.6.0-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@rockylinux apps]# ls -CF ccpem-1.6.0/
bin/                                  change_log.txt  include/           install_modeller.sh*  lib/      README  VERSION
CCP-EM_academic_software_licence.pdf  conditions.txt  install_ccpem.sh*  install_strudel.sh*   libexec/  share/
 
[root@rockylinux apps]#

展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実行して、ccpemをインストールします。
ここでは ccp4-8.0 を使ってます.

[root@rockylinux apps]# source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-sh
[root@rockylinux apps]# cd ccpem-1.6.0/
[root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_ccpem.sh
 :
(ライセンス情報とか使用許諾とか)
 :
 I agree to the above conditions and have done the actions required.
 
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y     <-- 使用許諾に応じるなら[y]
Setting up paths...
Compiling py-files...
 
Before running CCPEM programs from command line,
         source setup_ccpem.sh
         (or setup_ccpem.csh if you use csh).
 
To install Strudel, please run
     install_strudel.sh
 
 
To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run
     install_modeller.sh
 
[root@rockylinux ccpem-1.6.0]#

ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。
中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。
「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな

次に Strudel を入れる
「Strudel is a tool for model-dependent map-feature validation of cryoEM structures between 2 & 4Å resolution.」 https://twitter.com/EMDB_EMPIAR/status/1521838210372014081

[root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_strudel.sh
[root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_strudel.sh
 
     Please wait: Downloading Strudel Score library to lib/strudel
 
  Searching for local ChimeraX installation
/usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-8.0/etc:/apps/ccp4-8.0/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/local/cuda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin)
 
     ChimeraX installation found :  /usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ChimeraX
     To test Strudel Score plugin for ChimeraX,
     please follow the tutorial here:
     https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrudelscore
 
[root@rockylinux ccpem-1.6.0]#

「http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/strudel_libs/strudel-libs_ver-4.0_voxel-0.5.tar.gz」を取得して展開するのですが、回線が細いのか結構時間が掛かる...

次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが必要で別途 modeller 側に問い合わせが必要です

[root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_modeller.sh
 
 Modeller Install
 
 This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported applications.
 
 N.B. you will require a seperate license and license key for
 Modeller.  This is available here:
     https://salilab.org/modeller/registration.html
 
 Do you want to install Modeller? y/n [n] y
 Please enter Modeller license key:            <-- ここにライセンスコードを入力します
 :
 :
[root@rockylinux ccpem-1.6.0]#

これで完了

↑

EnvironmentModules †

「/apps/modulefiles/ccpem-1.6.0」に下記を写す

#%Module1.0
module load ccp4/8.0
 
set ccpem /apps/ccpem-1.6.0
setenv CCPEM $ccpem
 
prepend-path PATH $ccpem/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/lib/x86_64-intel8

↑

実行 †

EnvironmentModulesが定義されていれば

[illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles
[illya@rockylinux ~]$ module load ccpem-1.6.0
 
[illya@rockylinux ~]$ ccpem

でccp-emが起動します.

「module use --append /apps/modulefiles」は$HOME/.bashrcに組み込んでいいかも

modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示されます。

これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。

↑

注意 †

ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionのバージョンは「v3.1.3」、cootは「0.9.8.1」です。

relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを同封)
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即座に利用可能でもある。
*cudaを利用するにはnvidiaのLinuxカーネルモジュールが必要なのでどの道cudaのインストールは必要

使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れです。

↑

ccp4が入っていないと †

ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のように制限されます。

↑

modeller †

本家様https://salilab.org/modeller/
ライセンス関係https://salilab.org/modeller/nonacademic.html
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい

↑

RHEL8系/CentOS8で走らない †

https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php
結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避できた

[root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib
 
[root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 root root     21 Oct 29  2020 libfreetype.so -> libfreetype.so.6.12.3
lrwxrwxrwx 1 root root     21 Oct 29  2020 libfreetype.so.6 -> libfreetype.so.6.12.3
-rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29  2020 libfreetype.so.6.12.3
 
[root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3   libfreetype.so.6  libfreetype.so