![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 http://www.ccpem.ac.uk/index.php
Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux向けを取得します。
ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。
[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz
[root@rockylinux src]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz
[root@rockylinux apps]# cd ccpem-20221108/
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
bin/ conditions.txt install_modeller.sh* libexec/ VERSION
CCP-EM_academic_software_licence.pdf include/ install_strudel.sh* README
change_log.txt install_ccpem.sh* lib/ share/
[root@rockylinux ccpem-20221108]#展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実行して、ccpemをインストールします。
ここでは ccp4-8.0 を使ってます.
[root@rockylinux ccpem-20221108]# source /apps/ccp4-9/bin/ccp4.setup-sh
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_ccpem.sh
:
(ライセンス情報とか使用許諾とか)
:
I agree to the above conditions and have done the actions required.
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y <-- 使用許諾に応じるなら[y]
Setting up paths...
Compiling py-files...
Before running CCPEM programs from command line,
source setup_ccpem.sh
(or setup_ccpem.csh if you use csh).
To install Strudel, please run
install_strudel.sh
To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run
install_modeller.sh
[root@rockylinux ccpem-20221108]#ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。
中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。
「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな
次に Strudel を入れる
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_strudel.sh
Please wait: Downloading Strudel Score library to lib/strudel
Searching for local ChimeraX installation
/usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-9/etc:/apps/ccp4-9/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin)
ChimeraX installation found : /usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ChimeraX
To test Strudel Score plugin for ChimeraX,
please follow the tutorial here:
https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrudelscore
[root@rockylinux ccpem-20221108]#次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが必要で別途 modeller 側に問い合わせが必要です
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_modeller.sh
Modeller Install
This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported applications.
N.B. you will require a seperate license and license key for
Modeller. This is available here:
https://salilab.org/modeller/registration.html
Do you want to install Modeller? y/n [n] y
Please enter Modeller license key: <-- ここにライセンスコードを入力します
:
:
[root@rockylinux ccpem-20221108]#これで完了
「/apps/modulefiles/ccpem」に下記を写す
#%Module1.0
module load ccp4/9.0
set ccpem /apps/ccpem-20221108
setenv CCPEM $ccpem
prepend-path PATH $ccpem/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/lib/x86_64-intel8EnvironmentModulesが定義されていれば
[illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles
[illya@rockylinux ~]$ module load ccpem
[illya@rockylinux ~]$ ccpemでccp-emが起動します.
「module use --append /apps/modulefiles」は$HOME/.bashrcに組み込んでいいかも
modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示されます。
これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。
ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionのバージョンは「v3.1.3」、cootは「0.9.8.1」です。
relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを同封)
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即座に利用可能でもある。
*cudaを利用するにはnvidiaのLinuxカーネルモジュールが必要なのでどの道cudaのインストールは必要
使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れです。
ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のように制限されます。
本家様https://salilab.org/modeller/
ライセンス関係https://salilab.org/modeller/nonacademic.html
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい
https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php
結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避できた
[root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib
[root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so -> libfreetype.so.6.12.3
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so.6 -> libfreetype.so.6.12.3
-rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29 2020 libfreetype.so.6.12.3
[root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3 libfreetype.so.6 libfreetype.so
