本家様 http://www.ccpem.ac.uk/index.php

取得

Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux向けを取得します。

ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。

[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@rockylinux src]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@rockylinux apps]# cd ccpem-20221108/
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
bin/                                  conditions.txt     install_modeller.sh*  libexec/  VERSION
CCP-EM_academic_software_licence.pdf  include/           install_strudel.sh*   README
change_log.txt                        install_ccpem.sh*  lib/                  share/
 
[root@rockylinux ccpem-20221108]#

展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実行して、ccpemをインストールします。
ここでは ccp4-8.0 を使ってます.

[root@rockylinux ccpem-20221108]# source /apps/ccp4-9/bin/ccp4.setup-sh
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_ccpem.sh
 :
(ライセンス情報とか使用許諾とか)
 :
 I agree to the above conditions and have done the actions required.
 
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y     <-- 使用許諾に応じるなら[y]
Setting up paths...
Compiling py-files...
 
Before running CCPEM programs from command line,
         source setup_ccpem.sh
         (or setup_ccpem.csh if you use csh).
 
To install Strudel, please run
     install_strudel.sh
 
 
To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run
     install_modeller.sh
 
[root@rockylinux ccpem-20221108]#

ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。
中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。
「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな

次に Strudel を入れる

[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_strudel.sh
 
     Please wait: Downloading Strudel Score library to lib/strudel
 
  Searching for local ChimeraX installation
/usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-9/etc:/apps/ccp4-9/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin)
 
     ChimeraX installation found :  /usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ChimeraX
     To test Strudel Score plugin for ChimeraX,
     please follow the tutorial here:
     https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrudelscore
 
[root@rockylinux ccpem-20221108]#

次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが必要で別途 modeller 側に問い合わせが必要です

[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_modeller.sh
 
 Modeller Install
 
 This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported applications.
 
 N.B. you will require a seperate license and license key for
 Modeller.  This is available here:
     https://salilab.org/modeller/registration.html
 
 Do you want to install Modeller? y/n [n] y
 Please enter Modeller license key:            <-- ここにライセンスコードを入力します
 :
 :
[root@rockylinux ccpem-20221108]#

これで完了

EnvironmentModules

「/apps/modulefiles/ccpem」に下記を写す

#%Module1.0
module load ccp4/9.0
 
set ccpem /apps/ccpem-20221108
setenv CCPEM $ccpem
 
prepend-path PATH $ccpem/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/lib/x86_64-intel8

実行

EnvironmentModulesが定義されていれば

[illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles
[illya@rockylinux ~]$ module load ccpem
 
[illya@rockylinux ~]$ ccpem

でccp-emが起動します.

「module use --append /apps/modulefiles」は$HOME/.bashrcに組み込んでいいかも

2019y12m01d_150316708.png

modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示されます。
2019y05m06d_014724176.png
これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。

注意

ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionのバージョンは「v3.1.3」、cootは「0.9.8.1」です。

relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを同封)
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即座に利用可能でもある。
*cudaを利用するにはnvidiaのLinuxカーネルモジュールが必要なのでどの道cudaのインストールは必要

使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れです。

ccp4が入っていないと

ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のように制限されます。
2020y01m06d_211801494.png

modeller

本家様https://salilab.org/modeller/
ライセンス関係https://salilab.org/modeller/nonacademic.html
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい

RHEL8系/CentOS8で走らない

https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php
結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避できた

[root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib
 
[root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 root root     21 Oct 29  2020 libfreetype.so -> libfreetype.so.6.12.3
lrwxrwxrwx 1 root root     21 Oct 29  2020 libfreetype.so.6 -> libfreetype.so.6.12.3
-rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29  2020 libfreetype.so.6.12.3
 
[root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3   libfreetype.so.6  libfreetype.so
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Last-modified: 2024-09-27 (金) 18:52:50