CCP-EM

本家様 http://www.ccpem.ac.uk/index.php
すごい取り組みです。素晴らしい。
目的が３つあって

Build a UK community for computational aspects of cryo-EM. Provide a focus for the cryo-EM community to interact with CCP4/CCPN, and the broader international community.
Support the users of software for cryo-EM through dissemination of information on available software, and directed training.
Support for software developers including porting, testing, and distribution of software.

との事。
上記の一環で「CCP-EM software suite」なるものが提供されている。

ここではこの「CCP-EM software suite」をCentOS 7 にインストールしてみます。

ライセンス †

The CCP-EM suite is free of charge for non-profit use under the CCP-EM academic software licence.
For-profit users should please contact ccpemlicensing@stfc.ac.uk for information on commercial licencing.
Further details are available on the licensing page.

とありますのでご注意

↑

取得 †

Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、Linux向けを取得します。
ファイルサイズは、724MB です。

ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# curl -O http://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-1.4.1-linux-x86_64.tar.gz
 
[root@c src]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd src/ccpem-1.4.1-linux-x86_64.tar.gz | tar xf -
[root@c Appl]# ls -CF ccpem-1.4.1/
CCP-EM_academic_software_licence.pdf  bin/            include/              lib/
README                                change_log.txt  install_ccpem.sh*     libexec/
VERSION                               conditions.txt  install_modeller.sh*  share/
 
[root@c Appl]#

展開して、そのフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実行して、ccpemをインストールします。

[root@c Appl]# source /Appl/ccp4-7.0/bin/ccp4.setup-sh
[root@c Appl]# cd ccpem-1.4.1/
[root@c ccpem-1.4.1]# ./install_ccpem.sh
 :
 :
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y
Setting up paths...
Compiling py-files
 
         Before running CCPEM programs from command line,
         source setup_ccpem.sh
         (or setup_ccpem.csh if you use csh).
 
 
To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run
     install_modeller.sh
 
[root@c ccpem-1.4.1]#

ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。
中身は「日付とccpem-1.4.1」と書かれているだけ。

↑

実行 †

各ユーザにて事前にccp4が使える環境にすることが必須

[saber@c ~]$ source /Appl/ccp4/bin/ccp4.setup-sh
 
[saber@c ~]$ source /Appl/ccpem-1.3.0/setup_ccpem.sh

その後に「ccpem」と実行します。それでフロントエンドが立ち上がります。

[saber@c ~]$ ccpem

途中下記のようなメッセージが表示されますが、

単にアプリ「modeller」が正しく設定されていないため。
こちらからhttps://salilab.org/modeller/registration.htmlライセンスの取得が必要です。
プログラム自体は既にccpemに含まれてますが、インストールには「modeller」のライセンスキーが必要です

↑

注意 †

ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionのバージョンはv3.0.8。cootは0.9-pre。
relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを同封)
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即座に利用可能でもある。
*Linuxカーネルへのcudaモジュールは必須なのでどのみちcudaのインストールは必須ですけどね
使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れです。
単体としてコマンドプロンプトから「relion」としてもエラーで起動しない

[saber@c ~]$ relion
Warning: LD_LIBRARY_PATH is set. This could cause library version conflicts.
If RELION fails to start, unset LD_LIBRARY_PATH and try again.
relion_maingui: /lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /Appl/ccpem-1.4.1/bin/../lib/../lib/libpng16.so.16)
 
[saber@c ~]$

一応エラー文面にもあるように「unset LD_LIBRARY_PATH」とすれば回避できる。

↑

ccp4が入っていないと †

ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のように制限されます。

↑

modeller †

本家様https://salilab.org/modeller/
ライセンス関係https://salilab.org/modeller/nonacademic.html
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい

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CCP-EM内包のcoot v0.9がCentOS8で走らない †

cootと同じようにCentOS8では動かないようで、結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避できた

[root@c ~]# cd /apps/ccpem-1.4.1/lib
 
[root@c lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 1000 1000     21 Nov 13  2019 libfreetype.so -> libfreetype.so.6.12.3
lrwxrwxrwx 1 1000 1000     21 Nov 13  2019 libfreetype.so.6 -> libfreetype.so.6.12.3
-rwxr-xr-x 1 1000 1000 803530 Nov 13  2019 libfreetype.so.6.12.3
 
[root@c lib]# rm -rf libfreetype.so*