メモ CUDA/製品
CUDA/GL
NVIDIA GeForce GT 710 を今更ながら購入した。超がつくほどのエントリーなグラフィックカードです。
このカードを選んだのは安価で、音もなく、Compute Capabilityが3.5とあるから。
https://developer.nvidia.com/cuda-gpus
ここには書いてないけど...
この安いカードでCUDA対応なアプリを試してみた。
*当然Teslaやハイエンドカードなら研究者にとって満足な速度を得られるのでしょうが、ここはそうゆうのを目的にしてないので、、
まずこのカードをCentOS 7マシンに搭載してみた。
[root@e ~]# lsb_release -a
LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch
Distributor ID: CentOS
Description: CentOS Linux release 7.2.1511 (Core)
Release: 7.2.1511
Codename: Core
[root@e ~]#
[root@e ~]# lspci -vv
(略
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation Device 128b (rev a1) (prog-if 00 [VGA controller])
Subsystem: Micro-Star International Co., Ltd. [MSI] Device 8c93
:
LnkCap: Port #0, Speed 5GT/s, Width x8, ASPM not supported, Exit Latency L0s <512ns, L1 <4us
:
LnkSta: Speed 5GT/s, Width x8, TrErr- Train- SlotClk+ DLActive- BWMgmt- ABWMgmt-
(略
01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation GK208 HDMI/DP Audio Controller (rev a1)
Subsystem: Micro-Star International Co., Ltd. [MSI] Device 8c93
:
LnkCap: Port #0, Speed 5GT/s, Width x8, ASPM not supported, Exit Latency L0s <512ns, L1 <4us
:
LnkSta: Speed 5GT/s, Width x8, TrErr- Train- SlotClk+ DLActive- BWMgmt- ABWMgmt-
(略
[root@e ~]#
pcie2.0の x8 で接続されている。物理的なインターフェースはx16なのだが、、まぁいい。チップはGK208。
CUDA環境のインストール †
ここからhttps://developer.nvidia.com/cuda-downloads CentOS 7 向けのパッケージを選択してインストールします。
ここではネットワーク経由でインストールする rpm(network) を選びました
入手したインストーラー(cuda-repo-rhel7-7.5-18.x86_64.rpm)をまずCentOS7にインストールして、
[root@e ~]# rpm -qpli ./cuda-repo-rhel7-7.5-18.x86_64.rpm
警告: ./cuda-repo-rhel7-7.5-18.x86_64.rpm: ヘッダー V3 DSA/SHA1 Signature、鍵 ID 5c37d3be: NOKEY
Name : cuda-repo-rhel7
Version : 7.5
Release : 18
Architecture: x86_64
Install Date: (not installed)
Group : NVIDIA
Size : 185
License : NVIDIA License
Signature : DSA/SHA1, 2016年01月29日 09時35分40秒, Key ID d88c3d385c37d3be
Source RPM : cuda-repo-rhel7-7.5-18.src.rpm
Build Date : 2016年01月29日 09時35分40秒
Build Host : vm-fedora21-x64-001.nvidia.com
Relocations : /
Summary : CUDA repo configuration files.
Description :
Contains configuration files needed to set up access to the
CUDA repository.
.
/etc/yum.repos.d/cuda.repo
[root@e ~]#
[root@e ~]# yum localinstall ./cuda-repo-rhel7-7.5-18.x86_64.rpm
その後に本体をインストールします。がepelリポジトリにある dkms が必要なので、事前にepelリポジトリはインストールしておきます。
[root@e ~]# yum -y install epel-release kernel-devel kernel-headers
[root@e ~]# yum install cuda
テスト †
nvidia-smiで確認してみようかと思ったのだが、、、
[root@e ~]# nvidia-smi -h
（略
Supported products:
- Full Support
- All Tesla products, starting with the Fermi architecture
- All Quadro products, starting with the Fermi architecture
- All GRID products, starting with the Kepler architecture
- GeForce Titan products, starting with the Kepler architecture
- Limited Support
- All Geforce products, starting with the Fermi architecture
（略
とあるようにこのデバイスは、nvidia-smiのLimited Supportに該当するようだ。
そのためだろうか、
[root@e ~]# nvidia-smi
Tue Aug 16 22:18:08 2016
+------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 352.93 Driver Version: 352.93 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 GeForce GT 710 Off | 0000:01:00.0 N/A | N/A |
| 50% 59C P0 N/A / N/A | 5MiB / 2047MiB | N/A Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes: GPU Memory |
| GPU PID Type Process name Usage |
|=============================================================================|
| 0 Not Supported |
+-----------------------------------------------------------------------------+
[root@e ~]#
としても物理的な状態(fan、温度、メモリーら)は提示してくれるが、Process情報がでてこない。Not Supportedである。
CUDA対応のNAMDで計算を行うと
[root@e ~]# nvidia-smi
Tue Aug 16 22:53:17 2016
+------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 352.93 Driver Version: 352.93 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 GeForce GT 710 Off | 0000:01:00.0 N/A | N/A |
| 54% 63C P0 N/A / N/A | 161MiB / 2047MiB | N/A Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes: GPU Memory |
| GPU PID Type Process name Usage |
|=============================================================================|
| 0 Not Supported |
+-----------------------------------------------------------------------------+
[root@e ~]#
とメモリー使用量が跳ね上がる。だが、プロセス情報とかは見えない。
NAMDのテストデータ(apoa1.namd)で実際にCUDA有無で計算してみた。
CPUはi7-4771,MEM 16GBのシングルノード2coreでの計算
| CUDA | 結果 |
| GeForce GT 710 | Info: Benchmark time: 2 CPUs 0.168253 s/step 1.94737 days/ns 263.074 MB memory |
| No | Info: Benchmark time: 2 CPUs 0.37438 s/step 4.3331 days/ns 470.238 MB memory |
Quadro K600 †
昔購入したQuadro K600。GeForce GT 710から挿し代えてみた。
仕様的には「PCI Express 2.0 x16」なのだが、
[root@e ~]# lspci -vv |less
(略
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK107GL [Quadro K600] (rev a1) (prog-if 00 [VGA controller])
Subsystem: NVIDIA Corporation Device 094b
:
LnkCap: Port #0, Speed 5GT/s, Width x16, ASPM L0s L1, Exit Latency L0s <512ns, L1 <4us
:
LnkSta: Speed 2.5GT/s, Width x16, TrErr- Train- SlotClk+ DLActive- BWMgmt- ABWMgmt-
:
01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation GK107 HDMI Audio Controller (rev a1)
Subsystem: NVIDIA Corporation Device 094b
:
LnkCap: Port #0, Speed 5GT/s, Width x16, ASPM L0s L1, Exit Latency L0s <512ns, L1 <4us
:
LnkSta: Speed 2.5GT/s, Width x16, TrErr- Train- SlotClk+ DLActive- BWMgmt- ABWMgmt-
(略
とPCIExpress 1.0 の x16で接続しているように見える。だが、nvidia-smiを実行すると
[root@e ~]# nvidia-smi
modprobe: ERROR: could not insert 'nvidia': No such device
NVIDIA-SMI has failed because it couldn't communicate with the NVIDIA driver. （略
とエラーが発生して、どうやら繋がっていない模様。
BIOS側で当該のPCIEスロットをPCIE2.0に限定するとようやく nvidia-smi が使えるようになった。
*BIOSでPCIE2.0と限定しても「lspci -vv」の値に変化はなかった
[root@e ~]# nvidia-smi -q |less
（略
PCI
Bus : 0x01
Device : 0x00
Domain : 0x0000
Device Id : 0x0FFA10DE
Bus Id : 0000:01:00.0
Sub System Id : 0x094B10DE
GPU Link Info
PCIe Generation
Max : 2
Current : 2
Link Width
Max : 16x
Current : 16x
（略
[root@e ~]#
とnvidia-smiの出力からは PCIE2.0のx16と仕様と同様の接続ができている。lspciの出力が間違い？
再度、NAMDのテストデータ(apoa1.namd)で実際にCUDA有無で計算してみた。
quadraカードなのでProcess情報も表示してくれる。
[root@e ~]# nvidia-smi
Wed Aug 17 20:42:36 2016
+------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 352.93 Driver Version: 352.93 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 Quadro K600 Off | 0000:01:00.0 Off | N/A |
| 29% 58C P0 N/A / N/A | 159MiB / 1023MiB | 99% Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes: GPU Memory |
| GPU PID Type Process name Usage |
|=============================================================================|
| 0 1112 C ...MD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 151MiB |
+-----------------------------------------------------------------------------+
[root@e ~]#
| CUDA | 結果 |
Quadro K600
(GK107,876 MHz,192コア,1GB DDR3)
Compute Capability: 3.0 | Info: Benchmark time: 2 CPUs 0.27054 s/step 3.13125 days/ns 223.168 MB memory |
まぁ、Hzの違いもあるが、大きくは Compute Capability の違いで差が出たのかな？
（再掲）
| CUDA | 結果 |
GeForce GT 710
(GK208,954 MHz,192コア,2GB DDR3)
Compute Capability: 3.5 | Info: Benchmark time: 2 CPUs 0.168253 s/step 1.94737 days/ns 263.074 MB memory |
| No | Info: Benchmark time: 2 CPUs 0.37438 s/step 4.3331 days/ns 470.238 MB memory |
cuda-z †
cpu-zと名称が似ているのだが、GUIで搭載GPUカードの詳細を教えてくれるアプリケーションがある
http://cuda-z.sourceforge.net/
Linux64bit版(CUDA-Z-0.10.251-64bit.run)をダウンロードして、GeForce GT 710を搭載したマシンで実行してみた
[root@s ~]# ./CUDA-Z-0.10.251-64bit.run
暫くすると画面が表示される(Xming経由でwindowsから撮影してます)
この画面の「Performance」タブを選択すると、リアルタイムでGPUのベンチを取ってくれる。
画面下部に「Export」ボタンがあり、そこから「to Text」を選んで数値を保存することもできます。
保存したTextには
[root@s ~]# less CUDA-Z.txt
:
GPU Core Performance
Single-precision Float: 293.395 Gflop/s
Double-precision Float: 15.2506 Gflop/s
:
[root@s ~]#
と書かれていた。倍精度計算は、単精度計算の２０分の１って感じですね。
めも †
新規のマシンにCentOS7を載せて cuda をインストールしても
[root@s ~]# nvidia-smi
NVIDIA-SMI has failed because it couldn't communicate with the NVIDIA driver. (略
lsmodで確かめてロードされていないことが分かったが、/lib/modules/`uname -r`/extra をみると正しく入っている
調べてみるとマザーボードのSecure Bootが原因だった。これを無効にしたらすんなり行けた
消費電力、Hz、温度をcsvに書き出す場合
nvidia-smi --query-gpu=index,timestamp,power.draw,clocks.sm,clocks.mem,clocks.gr,temperature.gpu --format=csv -l 10 | tee -a log
とする。「-l」で採取間隔が指定できる。単位は秒
各GPUがどんなプロセスで使われているか知るには
と実行する. 「-c 1」は１回だけ表示. 無指定だと繰り返して表示させられる
下記のような結果が返ってくる。
# gpu pid type sm mem enc dec command
# Idx # C/G % % % % name
0 10441 C 85 2 0 0 relion_refine_m
1 10442 C 74 2 0 0 relion_refine_m
2 10443 C 79 2 0 0 relion_refine_m
3 10444 C 46 1 0 0 relion_refine_m
メモ cuda-8.0 GA2 †
cuda 8.0.44-1から GA2の 8.0.61 にアップグレードしようとして
「cuda-repo-rhel7-8-0-local-ga2-8.0.61-1.x86_64.rpm」
を入手した。っで、既存のcuda8を全て削除して yum localinstall でこれをインストールしたら
エラーが発生。なんでも fanse.h がないとかで。
しかたなくnetworkインストールとなる「cuda-repo-rhel7-8.0.61-1.x86_64.rpm」からインストールを行った
これなら上手く行くみたい
ベンチマークテスト †
cudaをインストールしたディレクトリにsamplesがある
[saber@c ~]$ ls -l /usr/local/cuda/
total 16
drwxr-xr-x 3 root root 4096 May 3 01:23 bin
drwxr-xr-x 5 root root 56 May 3 01:23 doc
drwxr-xr-x 5 root root 53 May 3 01:23 extras
lrwxrwxrwx 1 root root 28 May 3 01:22 include -> targets/x86_64-linux/include
lrwxrwxrwx 1 root root 24 May 3 01:22 lib64 -> targets/x86_64-linux/lib
drwxr-xr-x 8 root root 226 May 3 01:23 libnsight
drwxr-xr-x 7 root root 209 May 3 01:23 libnvvp
-rw-r--r-- 1 root root 366 Sep 15 2016 LICENSE
drwxr-xr-x 3 root root 21 May 3 01:22 nvml
drwxr-xr-x 7 root root 85 May 3 01:22 nvvm
-rw-r--r-- 1 root root 366 Sep 15 2016 README
drwxr-xr-x 11 root root 201 May 3 01:22 samples <--- これ
drwxr-xr-x 3 root root 17 May 3 01:22 share
drwxr-xr-x 2 root root 201 May 3 01:22 src
drwxr-xr-x 3 root root 26 Sep 15 2016 targets
drwxr-xr-x 2 root root 43 May 3 01:22 tools
-rw-r--r-- 1 root root 20 Sep 5 2016 version.txt
[saber@c ~]$
この「samples」のnbodyでベンチが取れる。
[root@c ~]# cd /usr/local/cuda/samples/5_Simulations/nbody
[root@c nbody]# make
:
mkdir -p ../../bin/x86_64/linux/release
cp nbody ../../bin/x86_64/linux/release
[root@c nbody]#
コンパイル完了したものが「/usr/local/cuda/samples/bin/x86_64/linux/release」に置かれる
っで、使ってみる
[root@c ~]# export PATH=${PATH}:/usr/local/cuda/samples/bin/x86_64/linux/release
[root@c ~]# nbody -benchmark -numbodies=1000 -numdevices=1 -fp64
numbodiesを大きくすれば長時間ベンチが行われる。まぁー負荷テストには十分かな
cuda10 †
CentOS7.5にcuda10(rpm,local)を入れようとしたら
エラー: パッケージ: 3:nvidia-driver-libs-410.48-1.el7.x86_64 (cuda-10-0-local-10.0.130-410.48)
要求: libglvnd-gles(x86-64) >= 0.2
エラー: パッケージ: 3:nvidia-driver-libs-410.48-1.el7.x86_64 (cuda-10-0-local-10.0.130-410.48)
要求: libglvnd(x86-64) >= 0.2
エラー: パッケージ: 3:nvidia-driver-libs-410.48-1.el7.x86_64 (cuda-10-0-local-10.0.130-410.48)
要求: libglvnd-opengl(x86-64) >= 0.2
エラー: パッケージ: 3:nvidia-driver-libs-410.48-1.el7.x86_64 (cuda-10-0-local-10.0.130-410.48)
要求: libglvnd-egl(x86-64) >= 0.2
エラー: パッケージ: 3:nvidia-driver-libs-410.48-1.el7.x86_64 (cuda-10-0-local-10.0.130-410.48)
要求: libglvnd-glx(x86-64) >= 0.2
問題を回避するために --skip-broken を用いることができます。
これらを試行できます: rpm -Va --nofiles --nodigest
と言われた。「libglvnd」に関連する一連のパッケージが入手できないからである。
もともとは「libglvnd」はepelから入手できていたのだが、事情で消されたみたい。
っで、このままでは仕事にならないので、回避策としては消される前のを入手するか
次にCentOS7.6-CRを利用する。ここでは消されたパッケージを入手してみた
入手場所は「https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=1096712」で
入手するファイルは
libglvnd-1.0.1-0.1.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm
libglvnd-egl-1.0.1-0.1.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm
libglvnd-gles-1.0.1-0.1.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm
libglvnd-glx-1.0.1-0.1.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm
libglvnd-opengl-1.0.1-0.1.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm
これらを「yum localisntall」でインストールすれば、一応cuda-10-0もインストール可能です。
181208
どうやらcentosリポジトリで「libglvnd-1.0.1-0.8.git5baa1e5.el7.x86_64.rpm」を流し始めた模様。
っが、「yum install cuda-10-0」を実行すると下記で止まる....
Transaction check error:
file /usr/lib64/libGL.so.1 from install of libglvnd-glx-1:1.0.1-0.8.git5baa1e5.el7.x86_64 conflicts with file from
package mesa-libGL-17.2.3-8.20171019.el7.x86_64
file /usr/lib64/libGLESv2.so.2 from install of libglvnd-gles-1:1.0.1-0.8.git5baa1e5.el7.x86_64 conflicts with file from
package mesa-libGLES-17.2.3-8.20171019.el7.x86_64
file /usr/lib64/libEGL.so.1 from install of libglvnd-egl-1:1.0.1-0.8.git5baa1e5.el7.x86_64 conflicts with file from
package mesa-libEGL-17.2.3-8.20171019.el7.x86_64
181224
どうやらCentOS7.6に上げてから cuda-10 をインストールするとすんなり入るみたい。
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
