![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html
MRCファイルを閲覧するために取得
他にも多彩な機能が用意されている
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html
実行環境
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX Open Kernel Module for x86_64 570.181 Release Build (dvs-builder@U22-I3-AF02-20-5) Wed Jul 30 18:41:07 UTC 2025
GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0-5) (GCC)
[root@rockylinux9 ~]#下準備
[root@rockylinux9 ~]# dnf install libXScrnSaver -yインストール
[root@rockylinux9 ~]# ls -lh /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin
-rwxr-xr-x. 1 1001 users 147M Jan 16 2022 /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin
[root@rockylinux9 ~]# chmod +x /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin
[root@rockylinux9 ~]# /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin
UnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP (Zip-Bugs@lists.wku.edu).
Original path: '/apps'
inflating: chimera_install_ypb26R/installer
inflating: chimera_install_ypb26R/chimera.bin
Enter install location: /apps/chimera-1.16 <--- インストール先を指定
Extracting files. This may take a few minutes.
Executing command: './chimera.bin -q -d /apps/chimera-1.16'
UnZipSFX 5.52 of 28 February 2005, by Info-ZIP (http://www.info-zip.org).
Install desktop menu (icon has to be done by user)? yes <-- yes
Install symbolic link to chimera executable for command line use in which directory?
0 -- no link
1 -- /root/.local/bin
2 -- /root/bin
3 -- /usr/local/sbin
4 -- /usr/local/bin
5 -- /usr/sbin
6 -- /usr/bin
[hit Enter for default (0)]: <-- そのままリターン
:
:
-------------------------------------------------
To (re)install desktop menu and icon later, run:
/apps/chimera-1.16/bin/xdg-setup install
If run as root, then it only installs the menu
(for all users). Otherwise, it installs the icon
(and menu, if need be) for the current user.
-------------------------------------------------
result code from installer: 0
Install succeeded.
Cleaning up extract dir, 'chimera_install_ypb26R'
Installation is done; press return. <-- りたんーキーを押下
[root@rockylinux9 ~]#これで完了
「/apps/chimera-1.16」にchimeraがインストールされました。
「/apps/modulefiles/chimera」
#%Module1.0
set-alias chimera /apps/chimera-1.16/bin/chimera[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# wget https://www.biochem.mpg.de/7939939/PlaceObject-2_1_0.zip
[root@rockylinux9 src]# unzip PlaceObject-2_1_0.zip
[root@rockylinux9 src]# cp -r ./PlaceObject /apps/chimera-1.16/share
[root@rockylinux9 src]# chmod 755 /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject
[root@rockylinux9 src]# find /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject -type f -exec chmod 644 {} \;
[root@rockylinux9 src]# find /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject -type d -exec chmod 755 {} \;
UCSF Chimera plugin to pick 3D particles in tomograms.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 src]# wget https://www.biochem.mpg.de/7940015/PickParticle-2_0_0.zip
[root@rockylinux9 src]# unzip PickParticle-2_0_0.zip
[root@rockylinux9 src]# cp -r ./PickParticle /apps/chimera-1.16/share
[root@rockylinux9 src]# chmod 755 /apps/chimera-1.16/share/PickParticle
[root@rockylinux9 src]# chmod 644 /apps/chimera-1.16/share/PickParticle/*
リモートから計算機に「ssh -X」でログインして起動すると下記のようなエラーが発生する
条件 RockyLinux9.6 で
| nvidia driver | インストールオプション | 結果 |
| NVIDIA-Linux-x86_64-570.181.run | 「--disable-nouveau --no-dkms」 | リモート:X, コンソール:OK |
| 「--disable-nouveau --no-dkms --no-opengl-files --no-libglx-indirect」 | リモート:OK, コンソール:OK * ただしpymolが動かない | |
| NVIDIA-Linux-x86_64-565.77.run | 「--disable-nouveau --no-dkms」 | リモート:X, コンソール:OK |
| 「--disable-nouveau --no-dkms --no-opengl-files --no-libglx-indirect」 | リモート:OK, コンソール:OK * ただしpymolが動かない |
もうひとつ古い NVIDIA-Linux-x86_64-560.35.03.run はそもそもインストール自体ができない（コンパイルエラー）
基本コンソールでchimeraは使って、どうしてもリモートから使うなら「xrdp」とか使った方がいいのかも. 設定次第でX11越しでも一応使えますが、pymolが動かなくなる. 他のアプリにも影響があるかもで辞めた方がいいかな.
簡単に計算機にxrdpを入れて リモートディスクトップを有効にするには
[root@rockylinux9 ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux9 ~]# dnf install xrdp
[root@rockylinux9 ~]# firewall-cmd --add-service=rdp --zone=public --permanent
[root@rockylinux9 ~]# firewall-cmd --reload
[root@rockylinux9 ~]# systemctl enable xrdp --nowで完了します。あとは windows なら 「リモートディスクトップ接続」を起動して計算機に接続してください。macOSの場合は「WindowsAoo」を入れれば リモートデスクトップ機能 が使えるようになります
