本家様 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html
MRCファイルを閲覧するために取得
他にも多彩な機能が用意されている
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html
ChimeraX
[root@s ~]# dnf install libXScrnSaver-devel
[root@c src]# ls -lh chimera-1.15-linux_x86_64.bin
-rw-r--r-- 1 root root 147M Nov 15 03:14 chimera-1.15-linux_x86_64.bin
[root@c src]# chmod +x chimera-1.15-linux_x86_64.bin
[root@c src]# ./chimera-1.15-linux_x86_64.bin
UnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP (Zip-Bugs@lists.wku.edu).
Original path: '/apps/src'
inflating: chimera_install_AkUHco/installer
inflating: chimera_install_AkUHco/chimera.bin
Enter install location: /apps/chimera-1.15 <-- 「/opt/UCSF/Chimera64-1.15rc」が初期値だが、好みの場所に変更
Extracting files. This may take a few minutes.
Executing command: './chimera.bin -q -d /apps/chimera-1.15'
UnZipSFX 5.52 of 28 February 2005, by Info-ZIP (http://www.info-zip.org).
Install desktop menu (icon has to be done by user)? yes <-- ディスクトップにアイコンを設置
その場合「libXScrnSaver」パッケージが必要みたい
Install symbolic link to chimera executable for command line use in which directory?
0 -- no link
1 -- /usr/share/Modules/bin
2 -- /usr/local/sbin
3 -- /usr/local/bin
4 -- /usr/sbin
5 -- /usr/bin
6 -- /opt/pbs/bin
7 -- /opt/pbs/sbin
8 -- /root/bin
[hit Enter for default (0)]: 0 <-- ここでは「0」を選択. module でリンクを用意します
Listing /apps/chimera-1.15 ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin/amber18 ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin/amber18/bin ...
(中略)
-------------------------------------------------
To (re)install desktop menu and icon later, run:
/apps/chimera-1.15/bin/xdg-setup install
If run as root, then it only installs the menu
(for all users). Otherwise, it installs the icon
(and menu, if need be) for the current user.
-------------------------------------------------
result code from installer: 0
Install succeeded.
Cleaning up extract dir, 'chimera_install_8BOcH2'
Installation is done; press return. <--- ここでリターンキーを押下します
[root@c src]#
起動方法は直接「/apps/chimera-1.15/bin/chimera」を叩いてもいいが
EnvironmentModulesで簡単にバージョン変更を行いたいので
[root@c ~]# mkdir -p /etc/modulefiles/chimera
[root@c ~]# vi /etc/modulefiles/chimera/1.15
#%Module1.0
set-alias chimera /apps/chimera-1.15/bin/chimera
[root@c ~]#
[root@c ~]# vi /etc/modulefiles/chimera/.version
#%Module1.0
set ModulesVersion 1.15
[root@c ~]#
として、
[saber@c ~]$ module load chimera
[saber@c ~]$ chimera
で起動します。
メモ †
とあるマシンにchimeraをインストールして、Xmingを介してwindowsマシンからchimeraを起動してみた。
と悲しいお知らせが表示された。
Xmingではだめで、MobaXtermなら正しく起動できている。。
RockyLinuxに入れる際
libXss.so.1
がないと言われる.これは「dnf install libXScrnSaver」で回避
ChimeraX †
rpm とか debファイルで提供されている. そのまま適用すると /opt に展開され、バイナリーは /usr/bin/chimerax にシンボリックリンクが張られる.
自分らで目的の場所に配置したいなら「Generic Linux 64-bit」の「tar.gz」版を入手して展開します
root@ubuntu:~# cd /apps/
root@ubuntu:/apps# tar xf /Public/em/ChimeraX-1.4.tar.gz
(微調整[ubuntu20.04])
root@ubuntu:~# ls -l /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so*
lrwxrwxrwx 1 root root 15 7月 6 12:20 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7 -> libffi.so.7.1.0
-rw-r--r-- 1 root root 43416 3月 24 2020 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7.1.0
root@ubuntu:~# ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7.1.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6
それでchimeraXを起動するとたまに下記のようなメッセージがChimeraXの画面に表示されます
nvidiaカード経由なのにGLが低いと認識される. intel cpu内蔵GPUからはこのような表記はあまり見ない
ERROR: ChimeraX requires OpenGL graphics version 3.3.
Your computer graphics driver provided version 1.4
Try updating your graphics driver.
これは下記を設定すれば回避されます
export MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3
export MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=330
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