本家様https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/

Chimeraの次世代版.
chimeraのサイトで

Please note that UCSF Chimera is legacy software that is no longer being developed or supported. Users are strongly encouraged to try UCSF ChimeraX, which is under active development.
(DeepL先生訳)UCSF Chimeraは、現在開発・サポートが終了しているレガシーソフトウェアであることにご留意ください。現在開発中のUCSF ChimeraXをご利用いただくことをお勧めします。

とある.

インストール

ダウンロードはこちら
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html

パッケージをダウンロードしてdnf/aptコマンドでインストールするのみ
rockyLinux9ではmesa-libOSMesaパッケージの追加が必要でdevelリポジトリを追加してのインストールが必要でした

[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel localinstall /Public/em/ucsf-chimerax-1.5-1.el9.x86_64.rpm
 
[root@rockylinux9 ~]# rpm -qali ucsf-chimerax |less
Name        : ucsf-chimerax
Version     : 1.5
Release     : 1.el9
Architecture: x86_64
Install Date: Mon 08 May 2023 03:01:48 AM JST
Group       : Applications/Science
Size        : 1390498353
License     : free for non-commercial use
Signature   : (none)
Source RPM  : ucsf-chimerax-1.5-1.el9.src.rpm
Build Date  : Tue 29 Nov 2022 06:00:10 PM JST
Build Host  : wilkins.cgl.ucsf.edu
Relocations : /usr
Packager    : Chimera Staff <chimera-staff@cgl.ucsf.edu>
Vendor      : Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI)
URL         : https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
Summary     : Molecular Visualization
Description :
 UCSF ChimeraX (or simply ChimeraX) is the next-generation
 molecular visualization program from the Resource for Biocomputing
 Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Chimera.
 ChimeraX can be downloaded free of charge for academic, government
 nonprofit, and personal use. Commercial users, please see licensing.
/usr/bin/chimerax
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ChimeraX
 :
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX/share/valgrind.suppress
/usr/share/doc/ucsf-chimerax-1.5
/usr/share/doc/ucsf-chimerax-1.5/NEWS
/usr/share/doc/ucsf-chimerax-1.5/README
/usr/share/man/man1/chimerax.1.gz
 
[root@rockylinux9 ~]#

っとあり、「/usr/bin」にPATHが通っていれば使えるご様子.

なので使い方は単に「chimerax」と実行すればいいみたい

[saber@rockylinux9 ~]$ chimerax

2023y05m08d_030541607.png

add-on

add-onアプリが利用可能のようで、メニューの[Tools]から[More Tools..]を選択して
2023y05m08d_030752151.png

表示された[ChimeraX Toolshed]から利用したいアプリを追加することができます
2023y05m08d_030941214.png

「ISOLDE」を利用したい場合は、その利用したいユーザでchimeraXを起動してadd-onを入れてください.
add-onアプリ関係は各ユーザ毎にインストールされるみたい
「ISOLDE」をクリックします
2023y05m08d_031527557.png

そうすると概要画面が表示さ、その右側に「Install」があります.
これをクリックします
2023y05m08d_031629357.png
パッケージがダウンロードされて、そのインストールの可否を聞かれます. 「Install」ボタンを押下します
2023y05m08d_031934165.png

暫くするとインストールが完了してChimeraXの再起動が促されます. 「OK」ボタンを押下してChimeraXを停止させます
2023y05m08d_032019773.png

再度コマンドラインでChimeraXを起動させます.
メニュー欄に「ISOLDE」が追加されました
2023y05m08d_032331524.png

メモ

add-onアプリをインストールするには外部とのやり取りが必要で、もしPROXYが必要であれば
事前にproxy環境変数を定義してからchimeraxを起動してください

export https_proxy=http://<host>:port
export http_proxy=http://<host>:port

メモ2

chimeraXを起動するとたまに下記のようなメッセージが画面右に表示されます
nvidiaカード経由なのにGLが低いと認識される. intel cpu内蔵GPUからはこのような表記はあまり見ない

ERROR: ChimeraX requires OpenGL graphics version 3.3.
Your computer graphics driver provided version 1.4
Try updating your graphics driver.

これは下記のように環境変数を事前に設定してChimeraXを起動すれば回避されます

export MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3
export MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=330

メモ3

自分らで目的の場所に配置したいなら「Generic Linux 64-bit」の「tar.gz」版を入手して展開します

root@ubuntu:~# cd /apps/
root@ubuntu:/apps# tar xf /Public/em/ChimeraX-1.4.tar.gz
 
(微調整[ubuntu20.04])
root@ubuntu:~# ls -l /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so*
lrwxrwxrwx 1 root root    15  7月  6 12:20 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7 -> libffi.so.7.1.0
-rw-r--r-- 1 root root 43416  3月 24  2020 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7.1.0
 
root@ubuntu:~# ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7.1.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6
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Last-modified: 2023-05-08 (月) 03:27:38