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本家様 https://github.com/YangLab-SDU/CryoAtom
「From cryo-EM density map to atomic structure」
すっごいなぁ
各自のホームディレクトリに各種pythonアプリの実行環境を用意するのではなく、rootで一元管理させるために「pyenv-anaconda」を使ってます.
pyenvでOS提供のpython,anaconda環境から離れ、そのpyenv上にanaconda環境を独自に敷いてます
ここでは「/apps/pyenv」を起点としています.
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minicondaのバージョンが一覧されます.
pyenv install miniforge3-25.11.0-1
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.sh
conda update -n base -c conda-forge conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.shこれで「pyenv-anaconda」の環境敷設は完了です。
次にCryoAtom実行環境を作ります
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/YangLab-SDU/CryoAtom
[root@rockylinux9 src]# cd CryoAtom/
[root@rockylinux9 CryoAtom]# ls -l
total 44
drwxr-xr-x 5 root root 146 Feb 11 16:49 CryoAtom
drwxr-xr-x 5 root root 74 Feb 11 16:49 example
-rw-r--r-- 1 root root 1735 Feb 11 16:49 install.sh
-rw-r--r-- 1 root root 1067 Feb 11 16:49 LICENSE
-rw-r--r-- 1 root root 813 Feb 11 16:49 linux-cu102.yml
-rw-r--r-- 1 root root 818 Feb 11 16:49 linux.yml
-rw-r--r-- 1 root root 17255 Feb 11 16:49 README.md
-rw-r--r-- 1 root root 545 Feb 11 16:49 setup.py
-rw-r--r-- 1 root root 491 Feb 11 16:49 update.sh
[root@rockylinux9 CryoAtom]#「install.sh」を叩けばインストールされるがその中身を見ると conda へのPATHがあることが前提のようで、condaをsourceしてから実行します
[root@rockylinux9 CryoAtom]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux9 CryoAtom]# source ./install.shこれでcondaに「CryoAtom」実行環境が作られる
「/apps/modulefiles/CryoAtom」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/envs/CryoAtom
prepend-path PATH $root/binwget https://github.com/YangLab-SDU/CryoAtom/releases/download/v2.0.0/CryoAtom-2.0.0.zip
