DIALS

DIALS (Diffraction Integration for Advanced Light Sources): 結晶学における回折データの処理ソフトウェア
主に X線回折での大規模データ処理用途ですが、最近は電子線回折対応が進んで MicroED 解析にも使用される

本家様 https://dials.github.io/
github https://github.com/dials/dials (BSD-3-Clause license)

インストール†

本家様からパッケージを取得して展開します

[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src 
[root@rockylinux9 src]# wget https://github.com/dials/dials/releases/download/v3.25.0/dials-v3-25-0-linux-x86_64.tar.xz
[root@rockylinux9 src]# tar xf dials-v3-25-0-linux-x86_64.tar.xz && cd dials-installer
[root@rockylinux9 dials-installer]# ./install --prefix=/apps --openmp
[root@rockylinux9 dials-installer]# cd /apps/dials-v3-25-0/
[root@rockylinux9 dials-v3-25-0]# ls -lh
total 20K
drwxrwsr-x. 36 root root 4.0K Sep 20 02:42 build
drwxr-xr-x. 18 root root 4.0K Sep 20 02:42 conda_base
-rw-r--r--.  1 root root  111 Sep 20 02:42 dials_env.csh
-rw-r--r--.  1 root root  103 Sep 20 02:42 dials_env.sh
-rw-r--r--.  1 root root 1.6K Sep 20 02:43 LICENSE
drwxrwsr-x. 13 root root  188 Sep 20 02:42 modules
[root@rockylinux9 dials-v3-25-0]#

あとdui2を淹れます. 「dui」(dui version1)の開発は終了のようで、現在その進化版の dui2 が提供されている.
githubは https://github.com/ccp4/DUI2
これを /apps に展開します

[root@rockylinux9 ~]# cd /apps
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/ccp4/DUI2
 
[root@rockylinux9 apps]# source /apps/dials-v3-25-0/dials_env.sh
[root@rockylinux9 apps]# which dials.python
/apps/dials-v3-25-0/build/bin/dials.python
 
[root@rockylinux9 apps]# dials.python -V
Python 3.13.5
 
[root@rockylinux9 apps]# dials.python -m pip install pyside6
 
[root@rockylinux9 apps]# dnf install xcb-util-cursor xcb-util-image xcb-util-keysyms xcb-util-wm

以上でインストールは完了

↑

Environment-modules†

「/apps/modulefiles/dials/3.25.0」

#%Module
set    dials         /apps/dials-v3-25-0
setenv DIALS         $dials
setenv DIALS_VERSION v3-25-0
prepend-path PATH    $dials/build/bin:$dials/conda_base/bin
 
set-alias dui2 "/apps/dials-v3-25-0/build/bin/dials.python /apps/DUI2/src/run_dui2.py"

↑

うごかす†

[saber@rockylinux9 ~]$ module load dials
[saber@rockylinux9 ~]$ dui2

↑

めも†

「ImportError: /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/dials_env/bin/../lib/libharfbuzz.so.0: undefined symbol: FT_Get_Colorline_Stop)」と表示されるのなら
「xcb-util-cursor」を入れる

↑

dui (dui version 1)を使うには†

最新版の dials では dui が動かなくて、古いversion の dials なら行ける
version 3.16.1 なら行けた. それより最新版だとエラーで起動しない.

[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src 
[root@rockylinux9 src]# wget https://github.com/dials/dials/releases/download/v3.16.1/dials-v3-16-1-linux-x86_64.tar.xz
[root@rockylinux9 src]# tar xf dials-v3-16-1-linux-x86_64.tar.xz
[root@rockylinux9 src]# cd dials-installer
[root@rockylinux9 dials-installer]# ./install --prefix=/apps --openmp

次に dui version 1を取得します

[root@rockylinux9 ~]# cd /apps
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/ccp4/DUI
[root@rockylinux9 apps]# cd DUI
 
(dials-v3-16-1を有効にして)
[root@rockylinux9 DUI]# source /apps/dials-v3-16-1/dials_env.sh
 
[root@rockylinux9 DUI]# which dials.python
/apps/dials-v3-16-1/build/bin/dials.python
 
[root@rockylinux9 DUI]# dials.python -V
Python 3.10.12
 
[root@rockylinux9 DUI]# dials.python -m pip install PySide2    <-- dui 向けに PySide2 をインストール
 
[root@rockylinux9 DUI]# dials.python setup.py install

Environment-modulesは「/apps/modulefiles/dials/3.16.1」として

#%Module
set    dials         /apps/dials-v3-16-1
setenv DIALS         $dials
setenv DIALS_VERSION v3-16-1
prepend-path PATH    $dials/build/bin:$dials/conda_base/bin
 
set-alias  dui      /apps/DUI/bin/dui

「module load dials/3.16.1」とロードさせて「dui」と実行すると下記のような画面になります