姿勢推定アプリ
本家様http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut
GitHubhttps://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut
pip: https://pypi.org/project/deeplabcut/
ドキュメントを拝読するとcondaで実行環境を作ってpipでinするだけっぽい
なのでpyenv/anaconda環境を準備して
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2023.03
pyenv global anaconda3-2023.03
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH
(既にpyenv/anaconda環境があるなら)
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH
名称DeepLabCutな実行環境を用意します
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n DeepLabCut pip python=3.10
[root@rockylinux9 ~]# source activate DeepLabCut
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]#
その上で
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]# pip install 'deeplabcut[gui,tf]'
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]# conda list
# packages in environment at /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/DeepLabCut:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 main
_openmp_mutex 5.1 1_gnu
absl-py 1.4.0 pypi_0 pypi
alabaster 0.7.13 pypi_0 pypi
app-model 0.1.2 pypi_0 pypi
appdirs 1.4.4 pypi_0 pypi
asttokens 2.2.1 pypi_0 pypi
astunparse 1.6.3 pypi_0 pypi
attrs 22.2.0 pypi_0 pypi
babel 2.12.1 pypi_0 pypi
backcall 0.2.0 pypi_0 pypi
blosc2 2.0.0 pypi_0 pypi
build 0.10.0 pypi_0 pypi
bzip2 1.0.8 h7b6447c_0
ca-certificates 2023.01.10 h06a4308_0
cachetools 5.3.0 pypi_0 pypi
cachey 0.2.1 pypi_0 pypi
certifi 2022.12.7 py310h06a4308_0
charset-normalizer 3.1.0 pypi_0 pypi
click 8.1.3 pypi_0 pypi
cloudpickle 2.2.1 pypi_0 pypi
comm 0.1.3 pypi_0 pypi
contourpy 1.0.7 pypi_0 pypi
cycler 0.11.0 pypi_0 pypi
cython 0.29.34 pypi_0 pypi
dask 2023.3.2 pypi_0 pypi
dask-image 2023.3.0 pypi_0 pypi
debugpy 1.6.6 pypi_0 pypi
decorator 5.1.1 pypi_0 pypi
deeplabcut 2.3.3 pypi_0 pypi
dlclibrary 0.0.2 pypi_0 pypi
docstring-parser 0.15 pypi_0 pypi
docutils 0.17.1 pypi_0 pypi
executing 1.2.0 pypi_0 pypi
filelock 3.10.7 pypi_0 pypi
filterpy 1.4.5 pypi_0 pypi
flatbuffers 23.3.3 pypi_0 pypi
fonttools 4.39.3 pypi_0 pypi
freetype-py 2.3.0 pypi_0 pypi
fsspec 2023.3.0 pypi_0 pypi
gast 0.4.0 pypi_0 pypi
google-auth 2.17.1 pypi_0 pypi
google-auth-oauthlib 0.4.6 pypi_0 pypi
google-pasta 0.2.0 pypi_0 pypi
grpcio 1.53.0 pypi_0 pypi
h5py 3.8.0 pypi_0 pypi
heapdict 1.0.1 pypi_0 pypi
hsluv 5.0.3 pypi_0 pypi
huggingface-hub 0.13.3 pypi_0 pypi
idna 3.4 pypi_0 pypi
imageio 2.27.0 pypi_0 pypi
imageio-ffmpeg 0.4.8 pypi_0 pypi
imagesize 1.4.1 pypi_0 pypi
imgaug 0.4.0 pypi_0 pypi
importlib-metadata 6.1.0 pypi_0 pypi
in-n-out 0.1.7 pypi_0 pypi
ipykernel 6.22.0 pypi_0 pypi
ipython 8.12.0 pypi_0 pypi
ipython-genutils 0.2.0 pypi_0 pypi
jedi 0.18.2 pypi_0 pypi
jinja2 3.1.2 pypi_0 pypi
joblib 1.2.0 pypi_0 pypi
jsonschema 4.17.3 pypi_0 pypi
jupyter-client 8.1.0 pypi_0 pypi
jupyter-core 5.3.0 pypi_0 pypi
keras 2.10.0 pypi_0 pypi
keras-preprocessing 1.1.2 pypi_0 pypi
kiwisolver 1.4.4 pypi_0 pypi
lazy-loader 0.2 pypi_0 pypi
ld_impl_linux-64 2.38 h1181459_1
libclang 16.0.0 pypi_0 pypi
libffi 3.4.2 h6a678d5_6
libgcc-ng 11.2.0 h1234567_1
libgomp 11.2.0 h1234567_1
libstdcxx-ng 11.2.0 h1234567_1
libuuid 1.41.5 h5eee18b_0
llvmlite 0.39.1 pypi_0 pypi
locket 1.0.0 pypi_0 pypi
magicgui 0.7.2 pypi_0 pypi
markdown 3.4.3 pypi_0 pypi
markdown-it-py 2.2.0 pypi_0 pypi
markupsafe 2.1.2 pypi_0 pypi
matplotlib 3.7.1 pypi_0 pypi
matplotlib-inline 0.1.6 pypi_0 pypi
mdurl 0.1.2 pypi_0 pypi
msgpack 1.0.5 pypi_0 pypi
msgpack-numpy 0.4.8 pypi_0 pypi
mypy-extensions 1.0.0 pypi_0 pypi
napari 0.4.17rc8 pypi_0 pypi
napari-console 0.0.7 pypi_0 pypi
napari-deeplabcut 0.1.1 pypi_0 pypi
napari-plugin-engine 0.2.0 pypi_0 pypi
napari-svg 0.1.6 pypi_0 pypi
ncurses 6.4 h6a678d5_0
nest-asyncio 1.5.6 pypi_0 pypi
networkx 3.0 pypi_0 pypi
npe2 0.6.2 pypi_0 pypi
numba 0.56.4 pypi_0 pypi
numexpr 2.8.4 pypi_0 pypi
numpy 1.23.5 pypi_0 pypi
numpydoc 1.5.0 pypi_0 pypi
oauthlib 3.2.2 pypi_0 pypi
opencv-python 4.7.0.72 pypi_0 pypi
opencv-python-headless 4.7.0.72 pypi_0 pypi
openssl 1.1.1t h7f8727e_0
opt-einsum 3.3.0 pypi_0 pypi
packaging 23.0 pypi_0 pypi
pandas 2.0.0 pypi_0 pypi
parso 0.8.3 pypi_0 pypi
partd 1.3.0 pypi_0 pypi
patsy 0.5.3 pypi_0 pypi
pexpect 4.8.0 pypi_0 pypi
pickleshare 0.7.5 pypi_0 pypi
pillow 9.5.0 pypi_0 pypi
pims 0.6.1 pypi_0 pypi
pint 0.20.1 pypi_0 pypi
pip 23.0.1 py310h06a4308_0
platformdirs 3.2.0 pypi_0 pypi
prompt-toolkit 3.0.38 pypi_0 pypi
protobuf 3.19.6 pypi_0 pypi
psutil 5.9.4 pypi_0 pypi
psygnal 0.8.1 pypi_0 pypi
ptyprocess 0.7.0 pypi_0 pypi
pure-eval 0.2.2 pypi_0 pypi
py-cpuinfo 9.0.0 pypi_0 pypi
pyasn1 0.4.8 pypi_0 pypi
pyasn1-modules 0.2.8 pypi_0 pypi
pydantic 1.10.7 pypi_0 pypi
pygments 2.14.0 pypi_0 pypi
pyopengl 3.1.6 pypi_0 pypi
pyparsing 3.0.9 pypi_0 pypi
pyproject-hooks 1.0.0 pypi_0 pypi
pyrsistent 0.19.3 pypi_0 pypi
pyside6 6.3.1 pypi_0 pypi
pyside6-addons 6.3.1 pypi_0 pypi
pyside6-essentials 6.3.1 pypi_0 pypi
python 3.10.10 h7a1cb2a_2
python-dateutil 2.8.2 pypi_0 pypi
pytomlpp 1.0.13 pypi_0 pypi
pytz 2023.3 pypi_0 pypi
pywavelets 1.4.1 pypi_0 pypi
pyyaml 6.0 pypi_0 pypi
pyzmq 25.0.2 pypi_0 pypi
qdarkstyle 3.1 pypi_0 pypi
qtconsole 5.4.2 pypi_0 pypi
qtpy 2.3.1 pypi_0 pypi
readline 8.2 h5eee18b_0
requests 2.28.2 pypi_0 pypi
requests-oauthlib 1.3.1 pypi_0 pypi
rich 13.3.3 pypi_0 pypi
rsa 4.9 pypi_0 pypi
ruamel-yaml 0.17.21 pypi_0 pypi
ruamel-yaml-clib 0.2.7 pypi_0 pypi
scikit-image 0.20.0 pypi_0 pypi
scikit-learn 1.2.2 pypi_0 pypi
scipy 1.10.1 pypi_0 pypi
setuptools 65.6.3 py310h06a4308_0
shapely 2.0.1 pypi_0 pypi
shiboken6 6.3.1 pypi_0 pypi
six 1.16.0 pypi_0 pypi
slicerator 1.1.0 pypi_0 pypi
snowballstemmer 2.2.0 pypi_0 pypi
sphinx 4.5.0 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-applehelp 1.0.4 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-devhelp 1.0.2 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-htmlhelp 2.0.1 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-jsmath 1.0.1 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-qthelp 1.0.3 pypi_0 pypi
sphinxcontrib-serializinghtml 1.1.5 pypi_0 pypi
sqlite 3.41.1 h5eee18b_0
stack-data 0.6.2 pypi_0 pypi
statsmodels 0.13.5 pypi_0 pypi
superqt 0.4.1 pypi_0 pypi
tables 3.8.0 pypi_0 pypi
tabulate 0.9.0 pypi_0 pypi
tensorboard 2.10.1 pypi_0 pypi
tensorboard-data-server 0.6.1 pypi_0 pypi
tensorboard-plugin-wit 1.8.1 pypi_0 pypi
tensorflow 2.10.0 pypi_0 pypi
tensorflow-estimator 2.10.0 pypi_0 pypi
tensorflow-io-gcs-filesystem 0.32.0 pypi_0 pypi
tensorpack 0.11 pypi_0 pypi
termcolor 2.2.0 pypi_0 pypi
tf-slim 1.1.0 pypi_0 pypi
threadpoolctl 3.1.0 pypi_0 pypi
tifffile 2023.3.21 pypi_0 pypi
tk 8.6.12 h1ccaba5_0
tomli 2.0.1 pypi_0 pypi
toolz 0.12.0 pypi_0 pypi
torch 1.12.0 pypi_0 pypi
tornado 6.2 pypi_0 pypi
tqdm 4.65.0 pypi_0 pypi
traitlets 5.9.0 pypi_0 pypi
typer 0.7.0 pypi_0 pypi
typing-extensions 4.5.0 pypi_0 pypi
tzdata 2023.3 pypi_0 pypi
urllib3 1.26.15 pypi_0 pypi
vispy 0.11.0 pypi_0 pypi
wcwidth 0.2.6 pypi_0 pypi
werkzeug 2.2.3 pypi_0 pypi
wheel 0.38.4 py310h06a4308_0
wrapt 1.15.0 pypi_0 pypi
xz 5.2.10 h5eee18b_1
zipp 3.15.0 pypi_0 pypi
zlib 1.2.13 h5eee18b_0
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]#
EnvironmentModules †
[root@rockylinux9 ~]# vi /apps/modulefiles/DeepLabCut
#%Module1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/DeepLabCut
prepend-path PATH $root/bin
[root@rockylinux9 ~]#
起動してみる †
[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load DeepLabCut
[saber@rockylinux9 ~]$ python -m deeplabcut
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