姿勢推定アプリ
本家様http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut
GitHubhttps://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut
pip: https://pypi.org/project/deeplabcut/

ドキュメントを拝読するとcondaで実行環境を作ってpipでinするだけっぽい
なのでpyenv/anaconda環境を準備して

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2023.03
pyenv global anaconda3-2023.03
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH
 
(既にpyenv/anaconda環境があるなら)
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH

名称DeepLabCutな実行環境を用意します

[root@rockylinux9 ~]# conda create -n DeepLabCut pip python=3.10
[root@rockylinux9 ~]# source activate DeepLabCut
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]#

その上で

(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]# pip install 'deeplabcut[gui,tf]'
 
 
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]# conda list
# packages in environment at /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/DeepLabCut:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main
_openmp_mutex             5.1                       1_gnu
absl-py                   1.4.0                    pypi_0    pypi
alabaster                 0.7.13                   pypi_0    pypi
app-model                 0.1.2                    pypi_0    pypi
appdirs                   1.4.4                    pypi_0    pypi
asttokens                 2.2.1                    pypi_0    pypi
astunparse                1.6.3                    pypi_0    pypi
attrs                     22.2.0                   pypi_0    pypi
babel                     2.12.1                   pypi_0    pypi
backcall                  0.2.0                    pypi_0    pypi
blosc2                    2.0.0                    pypi_0    pypi
build                     0.10.0                   pypi_0    pypi
bzip2                     1.0.8                h7b6447c_0
ca-certificates           2023.01.10           h06a4308_0
cachetools                5.3.0                    pypi_0    pypi
cachey                    0.2.1                    pypi_0    pypi
certifi                   2022.12.7       py310h06a4308_0
charset-normalizer        3.1.0                    pypi_0    pypi
click                     8.1.3                    pypi_0    pypi
cloudpickle               2.2.1                    pypi_0    pypi
comm                      0.1.3                    pypi_0    pypi
contourpy                 1.0.7                    pypi_0    pypi
cycler                    0.11.0                   pypi_0    pypi
cython                    0.29.34                  pypi_0    pypi
dask                      2023.3.2                 pypi_0    pypi
dask-image                2023.3.0                 pypi_0    pypi
debugpy                   1.6.6                    pypi_0    pypi
decorator                 5.1.1                    pypi_0    pypi
deeplabcut                2.3.3                    pypi_0    pypi
dlclibrary                0.0.2                    pypi_0    pypi
docstring-parser          0.15                     pypi_0    pypi
docutils                  0.17.1                   pypi_0    pypi
executing                 1.2.0                    pypi_0    pypi
filelock                  3.10.7                   pypi_0    pypi
filterpy                  1.4.5                    pypi_0    pypi
flatbuffers               23.3.3                   pypi_0    pypi
fonttools                 4.39.3                   pypi_0    pypi
freetype-py               2.3.0                    pypi_0    pypi
fsspec                    2023.3.0                 pypi_0    pypi
gast                      0.4.0                    pypi_0    pypi
google-auth               2.17.1                   pypi_0    pypi
google-auth-oauthlib      0.4.6                    pypi_0    pypi
google-pasta              0.2.0                    pypi_0    pypi
grpcio                    1.53.0                   pypi_0    pypi
h5py                      3.8.0                    pypi_0    pypi
heapdict                  1.0.1                    pypi_0    pypi
hsluv                     5.0.3                    pypi_0    pypi
huggingface-hub           0.13.3                   pypi_0    pypi
idna                      3.4                      pypi_0    pypi
imageio                   2.27.0                   pypi_0    pypi
imageio-ffmpeg            0.4.8                    pypi_0    pypi
imagesize                 1.4.1                    pypi_0    pypi
imgaug                    0.4.0                    pypi_0    pypi
importlib-metadata        6.1.0                    pypi_0    pypi
in-n-out                  0.1.7                    pypi_0    pypi
ipykernel                 6.22.0                   pypi_0    pypi
ipython                   8.12.0                   pypi_0    pypi
ipython-genutils          0.2.0                    pypi_0    pypi
jedi                      0.18.2                   pypi_0    pypi
jinja2                    3.1.2                    pypi_0    pypi
joblib                    1.2.0                    pypi_0    pypi
jsonschema                4.17.3                   pypi_0    pypi
jupyter-client            8.1.0                    pypi_0    pypi
jupyter-core              5.3.0                    pypi_0    pypi
keras                     2.10.0                   pypi_0    pypi
keras-preprocessing       1.1.2                    pypi_0    pypi
kiwisolver                1.4.4                    pypi_0    pypi
lazy-loader               0.2                      pypi_0    pypi
ld_impl_linux-64          2.38                 h1181459_1
libclang                  16.0.0                   pypi_0    pypi
libffi                    3.4.2                h6a678d5_6
libgcc-ng                 11.2.0               h1234567_1
libgomp                   11.2.0               h1234567_1
libstdcxx-ng              11.2.0               h1234567_1
libuuid                   1.41.5               h5eee18b_0
llvmlite                  0.39.1                   pypi_0    pypi
locket                    1.0.0                    pypi_0    pypi
magicgui                  0.7.2                    pypi_0    pypi
markdown                  3.4.3                    pypi_0    pypi
markdown-it-py            2.2.0                    pypi_0    pypi
markupsafe                2.1.2                    pypi_0    pypi
matplotlib                3.7.1                    pypi_0    pypi
matplotlib-inline         0.1.6                    pypi_0    pypi
mdurl                     0.1.2                    pypi_0    pypi
msgpack                   1.0.5                    pypi_0    pypi
msgpack-numpy             0.4.8                    pypi_0    pypi
mypy-extensions           1.0.0                    pypi_0    pypi
napari                    0.4.17rc8                pypi_0    pypi
napari-console            0.0.7                    pypi_0    pypi
napari-deeplabcut         0.1.1                    pypi_0    pypi
napari-plugin-engine      0.2.0                    pypi_0    pypi
napari-svg                0.1.6                    pypi_0    pypi
ncurses                   6.4                  h6a678d5_0
nest-asyncio              1.5.6                    pypi_0    pypi
networkx                  3.0                      pypi_0    pypi
npe2                      0.6.2                    pypi_0    pypi
numba                     0.56.4                   pypi_0    pypi
numexpr                   2.8.4                    pypi_0    pypi
numpy                     1.23.5                   pypi_0    pypi
numpydoc                  1.5.0                    pypi_0    pypi
oauthlib                  3.2.2                    pypi_0    pypi
opencv-python             4.7.0.72                 pypi_0    pypi
opencv-python-headless    4.7.0.72                 pypi_0    pypi
openssl                   1.1.1t               h7f8727e_0
opt-einsum                3.3.0                    pypi_0    pypi
packaging                 23.0                     pypi_0    pypi
pandas                    2.0.0                    pypi_0    pypi
parso                     0.8.3                    pypi_0    pypi
partd                     1.3.0                    pypi_0    pypi
patsy                     0.5.3                    pypi_0    pypi
pexpect                   4.8.0                    pypi_0    pypi
pickleshare               0.7.5                    pypi_0    pypi
pillow                    9.5.0                    pypi_0    pypi
pims                      0.6.1                    pypi_0    pypi
pint                      0.20.1                   pypi_0    pypi
pip                       23.0.1          py310h06a4308_0
platformdirs              3.2.0                    pypi_0    pypi
prompt-toolkit            3.0.38                   pypi_0    pypi
protobuf                  3.19.6                   pypi_0    pypi
psutil                    5.9.4                    pypi_0    pypi
psygnal                   0.8.1                    pypi_0    pypi
ptyprocess                0.7.0                    pypi_0    pypi
pure-eval                 0.2.2                    pypi_0    pypi
py-cpuinfo                9.0.0                    pypi_0    pypi
pyasn1                    0.4.8                    pypi_0    pypi
pyasn1-modules            0.2.8                    pypi_0    pypi
pydantic                  1.10.7                   pypi_0    pypi
pygments                  2.14.0                   pypi_0    pypi
pyopengl                  3.1.6                    pypi_0    pypi
pyparsing                 3.0.9                    pypi_0    pypi
pyproject-hooks           1.0.0                    pypi_0    pypi
pyrsistent                0.19.3                   pypi_0    pypi
pyside6                   6.3.1                    pypi_0    pypi
pyside6-addons            6.3.1                    pypi_0    pypi
pyside6-essentials        6.3.1                    pypi_0    pypi
python                    3.10.10              h7a1cb2a_2
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
pytomlpp                  1.0.13                   pypi_0    pypi
pytz                      2023.3                   pypi_0    pypi
pywavelets                1.4.1                    pypi_0    pypi
pyyaml                    6.0                      pypi_0    pypi
pyzmq                     25.0.2                   pypi_0    pypi
qdarkstyle                3.1                      pypi_0    pypi
qtconsole                 5.4.2                    pypi_0    pypi
qtpy                      2.3.1                    pypi_0    pypi
readline                  8.2                  h5eee18b_0
requests                  2.28.2                   pypi_0    pypi
requests-oauthlib         1.3.1                    pypi_0    pypi
rich                      13.3.3                   pypi_0    pypi
rsa                       4.9                      pypi_0    pypi
ruamel-yaml               0.17.21                  pypi_0    pypi
ruamel-yaml-clib          0.2.7                    pypi_0    pypi
scikit-image              0.20.0                   pypi_0    pypi
scikit-learn              1.2.2                    pypi_0    pypi
scipy                     1.10.1                   pypi_0    pypi
setuptools                65.6.3          py310h06a4308_0
shapely                   2.0.1                    pypi_0    pypi
shiboken6                 6.3.1                    pypi_0    pypi
six                       1.16.0                   pypi_0    pypi
slicerator                1.1.0                    pypi_0    pypi
snowballstemmer           2.2.0                    pypi_0    pypi
sphinx                    4.5.0                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-applehelp   1.0.4                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-devhelp     1.0.2                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-htmlhelp    2.0.1                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-jsmath      1.0.1                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-qthelp      1.0.3                    pypi_0    pypi
sphinxcontrib-serializinghtml 1.1.5                    pypi_0    pypi
sqlite                    3.41.1               h5eee18b_0
stack-data                0.6.2                    pypi_0    pypi
statsmodels               0.13.5                   pypi_0    pypi
superqt                   0.4.1                    pypi_0    pypi
tables                    3.8.0                    pypi_0    pypi
tabulate                  0.9.0                    pypi_0    pypi
tensorboard               2.10.1                   pypi_0    pypi
tensorboard-data-server   0.6.1                    pypi_0    pypi
tensorboard-plugin-wit    1.8.1                    pypi_0    pypi
tensorflow                2.10.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-estimator      2.10.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-io-gcs-filesystem 0.32.0                   pypi_0    pypi
tensorpack                0.11                     pypi_0    pypi
termcolor                 2.2.0                    pypi_0    pypi
tf-slim                   1.1.0                    pypi_0    pypi
threadpoolctl             3.1.0                    pypi_0    pypi
tifffile                  2023.3.21                pypi_0    pypi
tk                        8.6.12               h1ccaba5_0
tomli                     2.0.1                    pypi_0    pypi
toolz                     0.12.0                   pypi_0    pypi
torch                     1.12.0                   pypi_0    pypi
tornado                   6.2                      pypi_0    pypi
tqdm                      4.65.0                   pypi_0    pypi
traitlets                 5.9.0                    pypi_0    pypi
typer                     0.7.0                    pypi_0    pypi
typing-extensions         4.5.0                    pypi_0    pypi
tzdata                    2023.3                   pypi_0    pypi
urllib3                   1.26.15                  pypi_0    pypi
vispy                     0.11.0                   pypi_0    pypi
wcwidth                   0.2.6                    pypi_0    pypi
werkzeug                  2.2.3                    pypi_0    pypi
wheel                     0.38.4          py310h06a4308_0
wrapt                     1.15.0                   pypi_0    pypi
xz                        5.2.10               h5eee18b_1
zipp                      3.15.0                   pypi_0    pypi
zlib                      1.2.13               h5eee18b_0
(DeepLabCut) [root@rockylinux9 ~]#

っが、

from tensorflow.python.client import device_lib
device_lib.list_local_devices()

でGPUが見えないみたい
なので GPU対応の tensorflow に置き換える.

conda search tensorflow=2.10.*=cuda* -c conda-forge
 
conda install tensorflow=2.10.*=cuda*

これでGPUが使えるみたい
「-c conda-forge」を付けないとanaconda由来とかが混じって flatbuffers のライブラリがないとか言われる.
あと実際に利用時には /usr/local/cuda/lib64 らの LD_LIBRARY_PATH は外す.
「conda activate」を使うには問題ないのかなと思うが、modulefiles でもLD_LIBRARY_PATHがconda仮想環境のLD_LIBRARY_PATHを参照するようにする.

あとtorchもあるけど、こちらはGPU対応だった.

EnvironmentModules

[root@rockylinux9 ~]# vi /apps/modulefiles/DeepLabCut
#%Module1.0
set          root       /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/DeepLabCut
prepend-path PATH       $root/bin
 
[root@rockylinux9 ~]#

起動してみる

[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load DeepLabCut
 
[saber@rockylinux9 ~]$ python -m deeplabcut

2023y04m04d_154732706.png

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Last-modified: 2024-02-21 (水) 09:11:24