Deepfinder

本家様 https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder

Deep Finder is an original deep learning approach to localize macromolecules in cryo electron tomography images. 
The method is based on image segmentation using a 3D convolutional neural network.

環境構築†

pyenv/anacondaで実行環境を作ります. crYOLOやtopazと同じような作り方ですが、
一度crYOLOやtopazの実行環境を用意しているのなら、下記だけでを実行します

export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

その上で deepfinder 実行環境を作ります.

本家様のドキュメントを拝読すると python3 環境でKeras を使うようです。
っで開発元では下記のパッケージで構成されているそうな.

tensorflow-gpu (1.14.0)
keras          (2.3.1)
numpy          (1.16.4)
h5py           (2.9.0)
lxml           (4.3.4)
scikit-learn   (0.21.2)     
scikit-image   (0.15.0)  
matplotlib     (3.1.0)
mrcfile        (1.1.2)
PyQt5          (5.13.2)
pyqtgraph      (0.10.0)

っでpython実行環境「deepfinder」を作る. そしてその環境に移る.

[root@s ~]# conda create -n deepfinder python=3.6 -y
 
[root@s ~]# source activate deepfinder
(deepfinder) [root@s ~]#

*python3.7では無理だった

deepfinderのソースコードをgitで取得します

(deepfinder) [root@s ~]# cd /apps
(deepfinder) [root@s apps]# git clone https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder.git
(deepfinder) [root@s apps]# cd deep-finder
 
(git 操作せずmaster branchで進めます)
 
(deepfinder) [root@s deep-finder]#

このdeep-finderフォルダにpython実行環境「deepfinder」で必要なパッケージリストがある

requirements_gpu.txt
requirements.txt

GPU対応版とcpu対応版かな？

ここでは「requirements_gpu.txt」を入れてみる

(deepfinder) [root@s deep-finder]# pip install -r requirements_gpu.txt
 :
(deepfinder) [root@s deep-finder]#

一応入ったか調べてみた

(deepfinder) [root@s deep-finder]# conda list |grep -e tensorflow -e keras -e numpy -e h5py -e lxml -e scikit -e matplotlib -e mrcfile -e pyqt5 -e pyqtgraph
h5py                      2.9.0                    pypi_0    pypi
keras                     2.3.1                    pypi_0    pypi
keras-applications        1.0.8                    pypi_0    pypi
keras-preprocessing       1.1.2                    pypi_0    pypi
lxml                      4.3.4                    pypi_0    pypi
matplotlib                3.1.0                    pypi_0    pypi
mrcfile                   1.1.2                    pypi_0    pypi
numpy                     1.16.4                   pypi_0    pypi
pyqt5                     5.13.2                   pypi_0    pypi
pyqt5-sip                 12.9.0                   pypi_0    pypi
pyqtgraph                 0.10.0                   pypi_0    pypi
scikit-image              0.15.0                   pypi_0    pypi
scikit-learn              0.22.2.post1             pypi_0    pypi
tensorflow-estimator      1.14.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-gpu            1.14.0                   pypi_0    pypi
 
(deepfinder) [root@s deep-finder]#

↑

Environment Modules†

[root@s ~]# cat /etc/modulefiles/deep-finder
#%Module -*- tcl -*-
set          deepfinder /apps/deep-finder
set          root       /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/deepfinder
prepend-path PATH       $root/bin:$deepfinder/bin

↑