本家様 https://dock.docking.org/Overview_of_DOCK/index.htm

言わずもがななDock.

ここでは DOCK 3.7 を扱います.
付属のtest(ligand-test.sh)を実行するにはamsolが必要なのですが、これが古いg77とかでないとコンパイルできないようでSingularityとかのコンテナで作った方がいいみたい.
新しい DOCK 6は最新でも行けるのかも(未確認です)

DOCK 3.7 †

https://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK3.7/
https://sites.google.com/site/dock37wiki

ライセンスコードが必要で
https://dock.compbio.ucsf.edu/Online_Licensing/dock_license_application.htmlにて申請して、取得した情報を元にプログラムを取得します
ここでは「dock.3.7_source.tar.gz」(317M)を得ました

これを展開

[root@centos7 ~]# cat /etc/redhat-release
CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
 
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# tar xf src/dock.3.7_source.tar.gz

「DOCK-3.7.5/」として展開されます

[root@centos7 apps]# cd DOCK-3.7.5/
[root@centos7 DOCK-3.7.5]# ls -l
total 24
drwxr-xr-x.  2 root root 4096 Jan  8  2021 analysis
drwxr-xr-x.  2 root root  181 Jan  8  2021 bin
drwxr-xr-x.  4 root root 4096 Jan  8  2021 common
drwxr-xr-x.  7 root root   94 Jan  8  2021 docking
drwxr-xr-x.  3 root root   38 Jan  8  2021 install
drwxr-xr-x. 13 root root  203 Jan  8  2021 ligand
drwxr-xr-x. 23 root root 4096 Jan  8  2021 proteins
-rw-r--r--.  1 root root 2737 Jan  8  2021 README.md
drwxr-xr-x.  3 root root 4096 Jan  8  2021 test
-rw-r--r--.  1 root root  789 Jan  8  2021 TRICKS.md
[root@centos7 DOCK-3.7.5]#
↑

dockのre-compile †

この取得した「dock.3.7_source.tar.gz」(317M)には一応binaryが入ってます.
ただ、実行すると下記のようなメッセージが流れて大丈夫かなと思ってしまいます

[root@centos7 DOCK-3.7.5]# docking/DOCK/bin/dock64
Warning: ieee_inexact is signaling
FORTRAN STOP
[root@centos7 DOCK-3.7.5]#

多分そのままでも大丈夫なのだろうが、一応「/apps/DOCK-3.7.5/install/README.md」にコンパイル方法が記載されているのでre-compileしてみた

[root@centos7 ~]# yum install compat-gcc-44-gfortran zlib-devel csh
 
[root@centos7 ~]# cd /apps/DOCK-3.7.5/docking/DOCK/src/libfgz
 
[root@centos7 libfgz]# make COMPILER=gnu
 
[root@centos7 libfgz]# cd ../i386/
 
[root@centos7 i386]# vi Makefile.gnu

ここで提供されている「Makefile.gnu」を修正します

--- Makefile.gnu.orig   2021-01-08 04:17:38.000000000 +0900
+++ Makefile.gnu        2023-04-11 10:26:47.825704240 +0900
@@ -48,7 +48,7 @@
 # Intrnsics needed for built-ins
 FFLAGS_COMMON = -std=$(F_VERSION) $(ARCH) -fall-intrinsics -fconvert=swap
 CFLAGS_COMMON = $(ARCH)
-FFLAGS =  $(FFLAGS_COMMON) -g $(OPT) -static
+FFLAGS =  $(FFLAGS_COMMON) -g $(OPT)
 CFLAGS =  $(CFLAGS_COMMON) -g $(OPT)
 # FFLAGS for Profiling.  Add in -g symbols
 FFLAGS_PROF =  $(FFLAGS_COMMON) $(OPTPROF) -g -Mprof=func

その上でコンパイルします

[root@centos7 i386]# make COMPILER=gnu
 :
[root@centos7 i386]# ls -l dock64
-rwxr-xr-x. 1 root root 1051248 Apr 11 10:31 dock64
 
[root@centos7 i386]# file dock64
dock64: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.32, BuildID[sha1]=8fa0f8d49506ec5f589232e5cede99eda53a5faf, not stripped
 
[root@centos7 i386]# ldd dock64
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffffa3b7000)
        libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007f215879c000)
        libgfortran.so.3 => /lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f215847a000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f2158178000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f2157f62000)
        libquadmath.so.0 => /lib64/libquadmath.so.0 (0x00007f2157d26000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f2157958000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f21589b2000)
 
[root@centos7 i386]#
 
(差し替え)
[root@centos7 i386]# mv /apps/DOCK-3.7.5/docking/DOCK/bin/dock64 /apps/DOCK-3.7.5/docking/DOCK/bin/_dock64
[root@centos7 i386]# mv ./dock64 /apps/DOCK-3.7.5/docking/DOCK/bin/dock64

作ったdock64を試してみる.
幸い「dock.3.7_source.tar.gz」にはテストセットが用意されているのでそれを使ってみる.
ただ、これってpython2を要求してるので、pyenv/anacondaでpython2環境を作ってそこで実行させてみる

↑

dock3.7 test環境の構築 †

いつものように

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2023.03
pyenv global anaconda3-2023.03
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH
 
(既に構築済みなら)
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH

そしてpython2な環境を作る

[root@centos7 ~]# conda create -n dock-test python=2 numpy scipy
[root@centos7 ~]# source activate dock-test
 
(dock-test) [root@centos7 ~]# conda install -c test_org_002 bsddb            <-- bsddbのインストール
(dock-test) [root@centos7 ~]# pip install requests matplotlib                <-- requests と matplotlib のインストール

この dock-test 実行環境で各種テストを行うことになります.

↑

テスト実施 †

ただ...正直そのままでは動きません. 足りないコマンドとかがありますので.

  • amsol
    こちらは「/apps/DOCK-3.7.5/ligand/amsol/amsol7.1」に置かれるのですが、実態が存在してないです.
    なのでソースを取得して作り直します
    同封されている 「/apps/DOCK-3.7.5/ligand/amsol/README」からamsol7.1.tar.xz(1.4MB)を取得します 
    [root@centos7 ~]# cd /apps/src/amsol
[root@centos7 amsol]# tar xf ../amsol7.1.tar.xz
[root@centos7 amsol]# cd amsol7.1/
[root@centos7 amsol7.1]# ./amsol.compile
Do you wish to configure manually or have me guess? (man, auto) [auto]: man  <- manを入力
 
Input the machine on which you wish to compile : linux   <-- linuxと入力
 
What would you like to name the executable file? amsol7.1  <-- amsol7.1 と入力
 
The supported choices are as follows: m  <-- m と入力
 
[root@centos7 amsol7.1]#
[root@centos7 amsol7.1]# sed -i 's/g77/gfortran/' Makefile
[root@centos7 amsol7.1]# vi new/amsol.f
      OPEN(19,NAME='fort.19')                                           BJL1003
      OPEN(20,NAME='fort.20')                                           BJL1003
        ↓
      OPEN(19,file='fort.19')                                           BJL1003
      OPEN(20,file='fort.20')                                           BJL1003
[root@centos7 amsol7.1]#
[root@centos7 amsol7.1]# make
[root@centos7 amsol7.1]# ls -l amsol7.1
-rwxr-xr-x. 1 root root 1528192 Apr 11 10:50 amsol7.1
[root@centos7 amsol7.1]# file amsol7.1
amsol7.1: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.32, BuildID[sha1]=8291f41f5270ca20adc9cbc3feecb51f0a7d2f06, not stripped
 
[root@centos7 amsol7.1]# rm -f /apps/DOCK-3.7.5/ligand/amsol/amsol7.1
[root@centos7 amsol7.1]# cp ./amsol7.1 /apps/DOCK-3.7.5/ligand/amsol/amsol7.1
  • reduce
    こちらは「/apps/DOCK-3.7.5/proteins/Reduce/reduce」にある. 32bit向けにコンパイルされており、パッケージを揃えば一応は動く.
    っがソースから作ってみる 
      1
  2
  3
  4
  5
  6
  7

    [root@centos7 ~]# cd /apps/src/
[root@centos7 src]# git clone https://github.com/rlabduke/reduce
[root@centos7 src]# cd reduce/
[root@centos7 reduce]# mkdir build && cd build
[root@centos7 build]# cmake3 ..
[root@centos7 build]# make
[root@centos7 build]# cp reduce_src/reduce /apps/DOCK-3.7.5/proteins/Reduce/reduce

その上でテストを実施
テストは「/apps/DOCK-3.7.5/test/」にて提供されている

[root@centos7 ~]# ls -l /apps/DOCK-3.7.5/test/
total 52
-rwxr-xr-x. 1 root root  928 Jan  8  2021 all-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 2027 Jan  8  2021 analysis-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root   23 Jan  8  2021 cleanup.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  802 Jan  8  2021 cov-test.sh
drwxr-xr-x. 7 root root   88 Jan  8  2021 data
-rwxr-xr-x. 1 root root 1073 Jan  8  2021 ligand-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  486 Jan  8  2021 local-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  403 Jan  8  2021 protein-addh-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  476 Jan  8  2021 protein-flex-sge-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  469 Jan  8  2021 protein-flex-tesh.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  401 Jan  8  2021 protein-sge-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  391 Jan  8  2021 protein-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 1294 Jan  8  2021 smiles-ligand-test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root  488 Jan  8  2021 submit-test.sh
[root@centos7 ~]#

それぞれを実行すると 「run」ディレクトリを作ってそこに結果を置いてくれます。
この中を読んで、どうやってdockが動くのか勉強する箇所って感じかな.

↑

local-test.sh †

まずはDOCKコマンドをテストしてみます

[root@centos7 ~]# source activate dock-test
 
(dock-test) [root@centos7 ~]# cd /apps/DOCK-3.7.5/test/
(dock-test) [root@centos7 test]# ./local-test.sh

別のターミナルでtopを打つとこんな感じ
2023y04m11d_110521975.png

↑

ligand-test.sh †

「ligand-test.sh」を実行すると

(dock-test) [root@centos7 test]# ./ligand-test.sh
AMSOLEXE not set!
Please set the environmental variable AMSOLEXE to the location of amsol-mod4
Alternatively, move/link to the default: $DOCKBASE/ligand/amsol/amsol-mod4
 
(dock-test) [root@centos7 test]#

と言われ環境変数AMSOLEXE の定義が必要っぽい. なのでAMSOLEXEに値を入れて実行してみると...

(dock-test) [root@centos7 test]# AMSOLEXE=/apps/DOCK-3.7.5/ligand/amsol/amsol7.1 ./ligand-test.sh
WARNING: OE_DIR is not set, tests likely to fail!
Make sure you have openeye available in your python path
Press enter to proceed
 :
ImportError: No module named openeye.oechem
 :
(dock-test) [root@centos7 test]#

とOpenEYE様のライブラリが必要と言われる...無理.

↑

all-test.sh †

全部のテストっぽい

(dock-test) [root@centos7 test]# ./all-test.sh
↑

めも †

DOCKの使い方ですが、、testで何が行われているか、どのように下準備が行われてdockが動いているかの流れを把握するのが必須っぽい
その辺商用パッケージは可視化されどこにフォーカスしてdockをするとかが分かりやすい.
金額次第だけど、商用品の方がいいのでは？って思う. お手軽でちょいと試してみたいとか...なにがいいのか著者も答えを持ってないです..最低限GUI操作でお手軽さが必要かなとは思いますが...

って調べたらPyMOLとAutoDockの共演があった
https://www.youtube.com/watch?v=4qFUFkC69e8&ab_channel=shityakoff
こうゆうのでいいような気がする

あとこうゆうのとか
http://schubert.bio.uniroma1.it/dockingpie/index.html
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Last-modified: 2023-04-11 (火) 11:48:47 (59d)