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本家様 https://www.ccpem.ac.uk/docs/doppio/user_guide.html
入手先 https://www.ccpem.ac.uk/download.php
CCP-EMの次のバージョン
パイプラインというかcrym-em関係プログラムを取りまとめているアプリって感じでしょうか
scipionと同じかな. Pipeline PilotとかKNIMEとか
まずはCCP4とCCP-EM v1 nightly buildを組み込んでおきます
そして追加で Doppio でサポートされているtoolを加えます. 組み込みにはcondaを使うようでまずその準備を行う.
[root@rockylinux9 ~]# git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
[root@rockylinux9 ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@rockylinux9 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@rockylinux9 ~]# pyenv install --list | less
[root@rockylinux9 ~]# pyenv install miniforge3-24.3.0-0
[root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-24.3.0-0/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux9 ~]# conda install conda=24.7.1 <--最新のcondaへそうしてtoolをgitで取得して
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://gitlab.com/ccpem/package-ccpem2.git
[root@rockylinux9 src]# cd package-ccpem2/setup_ext_env/patchを当てます. そのまま入れたらエラーが出たので調べてpatchを作ってみた.
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これを適用して、インストール先を環境変数で定義します
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_ENV=/apps/doppio
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_EXE=/apps/doppioっで、インストール
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh gpuこの最中に ModelAngelo 向けのスクリプトが作られる. っでこのスクリプトも修正します. その後にこのスクリプトを実行します.
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# cd model-angelo/
[root@rockylinux9 model-angelo]# export TORCH_HOME=/apps/ModelAngelo
[root@rockylinux9 model-angelo]# vi setup_modelangelo_env.sh
#!/bin/bash
+ source /apps/pyenv/versions/miniforge3-24.3.0-0/etc/profile.d/conda.sh <--追加
:
elif which conda > /dev/null; then
conda_type="conda"
- eval "$(conda init bash)" <-- これを削除 .bashrc に追記するから...
fi
:
[root@rockylinux9 model-angelo]# ./setup_modelangelo_env.sh -w[root@rockylinux9 model-angelo]# cd ..
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh slicendice gpuこれでツール群のインストールが完了です.
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/doppio
[root@rockylinux9 doppio]# ls -l
total 4
drwxr-xr-x. 12 root root 4096 Sep 23 20:20 conda_wrappers
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Sep 23 20:13 doppio-conda
[root@rockylinux9 doppio]#
[root@rockylinux9 doppio]# unzip /Public/em/doppio-linux-1.0.1.zip
[root@rockylinux9 doppio]# ls -l
total 197272
drwxr-xr-x. 12 root root 4096 Sep 23 20:20 conda_wrappers
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Sep 23 20:13 doppio-conda
drwxr-xr-x. 4 root root 59 Sep 23 23:25 doppio-config
-rwxr-xr-x. 1 root root 201996838 Jun 4 21:25 doppio-desktop.AppImage
drwxr-xr-x. 53 root root 4096 Jun 4 21:25 doppio-web
[root@rockylinux9 doppio]#EnvironmentModulesは
「/apps/modulefiles/doppio」
#%Module1.0
module load phenix
module load ccp4
module load ccpem
set root /apps/doppio/conda_wrappers
prepend-path PATH $root/emdbva_env:$root/gpu_locscale:$root/tempy_env:$root/modelcraft_env:$root/emda_env:$root/checkmysequence_env:$root/run_topaz:$root//model_angelo:$root/slicendice_env
set-alias doppio /apps/doppio/doppio-desktop.AppImageとします
使い方ですが、
module use /apps/modulefiles
module load doppioとして
ここで「doppio」と実行すればアプリが使える。
doppio向けのフォルダが自動的に作成されます($HOME/ccpem-project)
けど、展開した直後では使えるアプリがあんまりなく、追加でアプリを設置登録する必要があるみたい。
doppioの「NEW JOB」欄を開くと(Show unavailable jobsを有効にして)
と登録されていないアプリならグレーアウトしている。
上記は「module load ccpem」を外した場合です。これを有効にしているとccpemに入っているrelionが有効になって、グレーアウトしているアイコンが利用可能になります。
phenix, ccp4, ccpem をロードしてもグレーアウトなアイコンがあります。恐らくParaKeet、TEMPy-ReFFかなと思ってますが、この辺までは未調査です。
