雑記帳EM/storage

電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy

電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697

■ライセンス(間違っているかもしれないけど、、、)

プログラム名ライセンスURL
RelionGNU General Public License v2.0https://github.com/3dem/relion/blob/master/LICENSE
EMAN2GPL2, BSD 3-Clausehttps://github.com/cryoem/eman2
IMODGeneral Public License (GPL) version 2.0http://bio3d.colorado.edu/imod/COPYRIGHT.txt
ctffindGNU General Public Licensehttp://grigoriefflab.janelia.org/sites/default/files/readme_ctf.txt
Gctf??https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
Gautomatch??https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
ResMap??http://resmap.sourceforge.net/
UCSF MotionCor2非営利目的なら無償で取得可能
商用目的なら要問合せ
https://msg.ucsf.edu/software からアクセス
Scipionfree softwarehttps://github.com/I2PC/scipion/blob/master/License.txt
cisTEMThe Janelia Research Campus Software License 1.2
(商用、非営利なく使えそう)
https://cistem.org/software
cryoSPARC商用、非営利関係なく要ライセンス申請https://cryosparc.com/
Chimera非営利目的なら無償で使用許諾される
商業的使用なら書面で使用許諾が必要(費用発生)
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/licensing.html
FijiGPLhttps://imagej.net/Licensing
em2emFreewarehttps://www.imagescience.de/freeware.html
SerialEMMIT licensehttp://bio3d.colorado.edu/SerialEM/
crYOLO非営利の学術および研究目的でのみ使用許諾http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=cryolo_license
TransphireGNU General Public License v3.0https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/blob/master/LICENSE
SPHIRE(EMAN2と同じ??)
SPRINGthe modified BSD lisencehttp://www.sachse.embl.de/emspring/index.html
warpGNU General Public License v3.0https://github.com/cramerlab/warp/blob/master/LICENSE
CinderellaMIThttp://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=auto_2d_class_selection
JANNIMIThttp://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni
(xray)Phenix非営利目的なら無償
営利目的ならライセンス申請が必要
https://www.phenix-online.org/license/
(xray)ccp4商業活動に使用しない学術機関および非営利団体なら無償で
取得可能だが署名送付が必要。商業目的なら要ライセンス
https://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php
(xray)XDS非営利目的なら無償。営利目的なら要ライセンスhttp://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/
Dock6学術機関では無料で利用できますが、産業組織にはライセンス料がかかります
学術機関は要ライセンス申請. 産業組織はメールで問い合わせ
http://dock.compbio.ucsf.edu/Online_Licensing/index.htm
CNSアカデミック(非営利)なら無料http://cns-online.org/cns_request/
GROMACSGNU Lesser General Public Licensehttp://www.gromacs.org/About_Gromacs

mrcファイルをjpegにするには

eman2の「e2proc2d.py」を使う

for i in `ls *.mrc` ; do echo $i; e2proc2d.py $i  ${i%.*}.jpg ; done

上記は一枚一枚で処理してますが、ワイルドカードを使っても変換できます。そちらの方が速い

e2proc2d.py *.mrc  @.jpeg

「@」は入力ファイル名のベース部分をもぎ取って代用しています。
加えて下記のような芸当もできる

e2proc2d.py sq01_100001.mrc sq01_100002.mrc sq01_100003.mrc sq01_100004.mrc   @.jpeg

これで「sq01_100001.jpeg sq01_100002.jpeg sq01_100003.jpeg sq01_100004.jpeg」が得られます

連番ファイルを作る

Sep07_18.50.06.tif  
Sep07_18.51.18.tif  
Sep07_18.52.17.tif  
 :

なファイルがある。このファイルはそのままに、<square>_100001.tif な形のリンクファイルを作る

#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
 cmd="ln -s $f sq6_1$(printf %05d $i)_movie.tif"
 $cmd
 i=$(expr $i + 1)
done

を作って、その場で実行する

メモ

IHRSR++
http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須

mrcsファイルをjpegに分割

[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.jpeg --unstacking
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$

star_replace_UVA

下記サイトの一部
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/

chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com   particles.star    Micrographs/*_local.star

と使用するが、
「particles.star」 と 「Micrographs/*_local.star」 を繋ぐには
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。

もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Micrographs/*_local.star」と異なっているなら
あわせる必要が生じる。

例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら

sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles2.star

で合わせましょう。

TIFFファイル

tiffフォーマットには LZW圧縮、ZIP圧縮らがある。非可逆圧縮なJPEG圧縮も可能である。複数のイメージを1つのtiffファイルに収められる(マルチページ)。

for i in `ls *.mrc` ; do /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -c zip -q 9 $i ${i%.*}.tif ; done

zipで圧縮、圧縮を最大にしている(-q 9)

mrcファイル(1,6GB)がある。

e2iminfo.py abc.mrc
abc.mrc     1 images in MRC format 4096 x 4096 x 49
representing 0 particles

これを「AMD Ryzen 7 2700X」なマシンでIMODのmrc2tifで変換してみた

time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 9 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
 
real    0m25.851s
user    1m56.562s
sys     0m5.139s

できたファイルのサイズは929MB

スピードを重視したら(-q 1)、

time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 1 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
 
real    0m15.678s
user    0m53.626s
sys     0m2.572s

サイズは、949MB。zipで速度重視でもいい圧縮は結構いいみたい。

lzwなら

time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c lzw a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
 
real    0m15.058s
user    0m44.115s
sys     0m2.562s

サイズは、1.1GBとなる。
速さは最速だけど、1秒以内の差で、ほぼ同じとみていいのでは?

っとなると、圧縮が高くて、それでいてスピードの速い「zip」を選べばいいような気がする。
ssdデバイスにmrcファイルを配置して実施したら9秒ほどで完了した


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Last-modified: 2019-10-29 (火) 04:24:44 (43d)