電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy

電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697

連番ファイルを作る

Sep07_18.50.06.tif  
Sep07_18.51.18.tif  
Sep07_18.52.17.tif  
 :

なファイルがある。このファイルはそのままに、<square>_100001.tif な形のリンクファイルを作る

#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
 cmd="ln -s $f sq6_1$(printf "%05d $i).tif"
 $cmd
 i=$(expr $i + 1)
done

を作って、その場で実行する

メモ

IHRSR++
http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須

mrcsファイルをjpegに分割

[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.jpeg --unstacking
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$

star_replace_UVA

下記サイトの一部
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/

chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com   particles.star    Micrographs/*_local.star

と使用するが、
「particles.star」 と 「Micrographs/*_local.star」 を繋ぐには
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。

もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Micrographs/*_local.star」と異なっているなら
あわせる必要が生じる。

例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら

sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles2.star

で合わせましょう。


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Last-modified: 2018-09-12 (水) 10:57:59 (11d)