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雑記帳EM/storage
電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy
電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697
■ライセンス(区分けは相当間違っているかもしれないけど、、、)
eman2の「e2proc2d.py」を使う
for i in `ls *.mrc` ; do echo $i; e2proc2d.py $i ${i%.*}.jpg ; done上記は一枚一枚で処理してますが、ワイルドカードを使っても変換できます。そちらの方が速い
e2proc2d.py *.mrc @.jpeg「＠」は入力ファイル名のベース部分をもぎ取って代用しています。
加えて下記のような芸当もできる
e2proc2d.py sq01_100001.mrc sq01_100002.mrc sq01_100003.mrc sq01_100004.mrc @.jpegこれで「sq01_100001.jpeg sq01_100002.jpeg sq01_100003.jpeg sq01_100004.jpeg」が得られます
Sep07_18.50.06.tif
Sep07_18.51.18.tif
Sep07_18.52.17.tif
:なファイルがある。このファイルはそのままに、<square>_100001.tif な形のリンクファイルを作る
#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
cmd="ln -s $f sq6_1$(printf %05d $i)_movie.tif"
$cmd
i=$(expr $i + 1)
doneを作って、その場で実行する
IHRSR++
http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須
[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.jpeg --unstacking
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$下記サイトの一部
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/
chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com particles.star Micrographs/*_local.starと使用するが、
「particles.star」 と 「Micrographs/*_local.star」 を繋ぐには
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。
もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Micrographs/*_local.star」と異なっているなら
あわせる必要が生じる。
例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら
sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles2.starで合わせましょう。
tiffフォーマットには LZW圧縮、ZIP圧縮らがある。非可逆圧縮なJPEG圧縮も可能である。複数のイメージを１つのtiffファイルに収められる(マルチページ)。
for i in `ls *.mrc` ; do /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -c zip -q 9 $i ${i%.*}.tif ; donezipで圧縮、圧縮を最大にしている(-q 9)
mrcファイル(1,6GB)がある。
e2iminfo.py abc.mrc
abc.mrc 1 images in MRC format 4096 x 4096 x 49
representing 0 particlesこれを「AMD Ryzen 7 2700X」なマシンでIMODのmrc2tifで変換してみた
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 9 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
real 0m25.851s
user 1m56.562s
sys 0m5.139sできたファイルのサイズは929MB
スピードを重視したら(-q 1)、
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 1 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
real 0m15.678s
user 0m53.626s
sys 0m2.572sサイズは、949MB。zipで速度重視でもいい圧縮は結構いいみたい。
lzwなら
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c lzw a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................
real 0m15.058s
user 0m44.115s
sys 0m2.562sサイズは、1.1GBとなる。
速さは最速だけど、1秒以内の差で、ほぼ同じとみていいのでは？
っとなると、圧縮が高くて、それでいてスピードの速い「zip」を選べばいいような気がする。
ssdデバイスにmrcファイルを配置して実施したら9秒ほどで完了した
