本家様 http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN1

すでにEMAN2へ移行されているが、昔のEMANを使用するツールもあるみたい.

留意 python-2.6以前(2.5, 2.4とか)が動く環境でないと一部のバイナリーは動かない. CentOS7の既定では無理

取得

http://ncmi.bcm.edu/ncmi/software/eman/software_93 から使用するプラットホームに適合する
パッケージを入手する。ここでは eman-linux-x86_64-1.9.tar.gz を入手した

展開

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman-linux-x86_64-1.9.tar.gz | tar xf -
 
[root@c Appl]# chown -R root:root EMAN
[root@c Appl]# ls -ld EMAN*
drwxrwxr-x  8 root root  114  2月 19  2009 EMAN
drwxr-xr-x 19 root root 4096 12月 25 15:18 EMAN2
 
[root@c Appl]# cd EMAN
[root@c EMAN]# ./eman-installer
    *「/Appl/EMAN/lib」でリンク名「libpyEM.so」の作成と「eman.bashrc」もしくは「eman.cshrc」が作られる

利用するにはこの「eman.bashrc」もしくは「eman.cshrc」を読み込む必要がある
「eman.bashrc」の中身は下記である。

export EMANDIR=/Appl/EMAN
export PATH=${EMANDIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${EMANDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PYTHONPATH=${EMANDIR}/lib

これをユーザの.bashrcらに
「source /Appl/EMAN/eman.bashrc」
を加える。
csh/tcshの場合は
「source /Appl/EMAN/eman.cshrc」
とする

RockyLinux8でeman1.9を動かすには?

Singularity/eman

macOS

macOSの場合
Mac OS X 10.5 Leopard

Mac OS X 10.6 Snow Leopard
の2通りのインストーラーがある。
ここでは「Snow Leopard」を取得+インストールした。
インストール先は「macOS High Sierra」で
2018y02m02d_024557733.png
取得したファイルをダブルクリックする
2018y02m02d_025330735.png
フォルダが展開され、中身に「EMAN」のフォルダとインストールマニュアルが存在する
2018y02m02d_025705260.png
そのインストールマニュアルに従い、「EMAN」のフォルダを/Applicationsフォルダにコピーする。
2018y02m02d_030245945.png

次に、環境変数の定義を行います。
ここではインストールマニュアルに記載された「.profile」を使う方法と「.bashrc」を使う方法を示す。どちらでも可
「.profile」を使う場合、Terminalを起動して自分のホームディレクトリに下記のように「.profile」を作ります。

lion:~ supervisor$ echo "test -r /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh && . /Applications/ENAB/init.EMAN.1.9.sh" >> .profile

再度Terminalを開けばこれが有効になって「helixboxer」らへのパスが通ります。

「.bashrc」を使う場合であるが、こちらは「.bashrc」を下記のように定義します。

lion:~ supervisor$ vi .bashrc
 
if [ -f /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh ]; then
 . /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh
fi
 
lion:~ supervisor$

「.bashrc」を使う場合、「.bash_profile」が必須で、その「.bash_profile」は下記のようにします

lion:~ supervisor$ vi .bash_profile
 
if [ -f ~/.bashrc ]; then
 . ~/.bashrc
fi
 
lion:~ supervisor$

これで再度Terminalを開けばEMANのアプリが使えるようになります。

例えば「helixboxer」とか入力すると下記アプリが実行されます。
2018y02m02d_030957007.png

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Last-modified: 2024-03-03 (日) 02:52:19