本家様 http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2

バージョン番号が良く分からなかったが
EMAN2.1、EMAN2.2とかはメジャーバージョン.
EMAN2.11とEMAN2.12は「EMAN2.1」のマイナーバージョンアップ版の位置付けみたい.

EMAN2.1 ---------------> EMAN2.2
  +-- EMAN2.11             +-- EMAN2.21
  +-- EMAN2.12

macOSについてはEMAN2/macOS
EMAN
EMAN2/source

CentOS7に eman2.21 をインストール

EMAN2.2」のマイナーバージョンアップ版「EMAN2.21」をインストールします
http://cryoem.bcm.edu/cryoem/downloads/view_eman2_version/24にリリースノートがあります。

[root@c ~]# unset LD_LIBRARY_PATH DYLD_LIBRARY_PATH PYTHONPATH
[root@c ~]# bash /Appl/src/eman2.21.linux64.centos7.sh
 
Welcome to EMAN2 2.21
 
EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2
 
  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
 
[/root/EMAN2] >>> /Appl/eman2.21             <--- ここでは「/Appl/eman2.21」にインストールしてます
PREFIX=/Appl/eman2.21
installing: python-2.7.13-0 ...
Python 2.7.13 :: Continuum Analytics, Inc.
installing: hdf5-1.8.18-h6792536_1 ...
 :
 :
INSTALLATION IS NOW COMPLETE
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> yes                              <-- ここでは「yes」として作らせます
 
Appending source /Appl/eman2.21/bin/activate to /root/.bashrc
A backup will be made to: /root/.bashrc-eman2.bak
 
 
For this change to become active, you have to open a new terminal.
 
Thank you for installing EMAN2!
[root@c ~]#

っで何が.bashrcに加えられたのかと言えば

# added by EMAN2 installer
export PATH="/Appl/eman2.21/bin:$PATH"

であった。PATH環境変数だけみたい。eman2.2と同じですね。

留意
インストール途中で

ERROR:root:code for hash md5 was not found.
ERROR:root:code for hash sha1 was not found.
ERROR:root:code for hash sha224 was not found.
ERROR:root:code for hash sha256 was not found.
ERROR:root:code for hash sha384 was not found.
ERROR:root:code for hash sha512 was not found.

と言われた。ハッシュ関数なのだが、この辺はソースから作らないと駄目な場所なのかも

CentOS7に eman2.2 をインストール

EMAN2.1」のメージャーバージョンアップ版「EMAN2.2」をインストールする
既に旧バージョンな「EMAN2.12」らがインストールされていれば、それを削除するか名前を変更する

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# ls -ld EMAN2/
drwxr-xr-x 11 root root 4096 Dec 24 10:16 EMAN2/
[root@c Appl]# mv EMAN2 EMAN2.12

次にLD_LIBRARY_PATHとかPYTHONPATH環境変数を未定義にして、
取得したeman2.2インストールファイル「eman2.2.linux64.centos7.sh」を実行する
すると、まずインストール先が問われる. ここでは「/Appl/EMAN2」とした.

[root@c Appl]# unset LD_LIBRARY_PATH DYLD_LIBRARY_PATH PYTHONPATH
[root@c Appl]# bash /Appl/src/eman2.2.linux64.centos7.sh
 :
 :
EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2
 
  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
 
[/root/EMAN2] >>> /Appl/EMAN2                   <---「/Appl/EMAN2」と入力してリターンキーを押下
PREFIX=/Appl/EMAN2
installing: python-2.7.13-1 ...
Python 2.7.13
installing: asn1crypto-0.22.0-py27_0 ...        * python関係がインストールされる
 :
 :
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> yes                                    * 試しに[yes]としてみた
 
Prepending PATH=/Appl/EMAN2/bin to PATH in /root/.bashrc
A backup will be made to: /root/.bashrc-eman2.bak
 
 
For this change to become active, you have to open a new terminal.
 
Thank you for installing EMAN2!
[root@c Appl]#

以前の.bashrcは「.bashrc-eman2.bak」としてくれたようなので、このeman2.2で何が追加されたのかはdiffで判明する

[root@c Appl]# diff ~root/.bashrc ~root/.bashrc-eman2.bak
23,25d22
<
< # added by EMAN2 installer
< export PATH="/Appl/EMAN2/bin:$PATH"
[root@c Appl]#

単に、「export PATH="/Appl/EMAN2/bin:$PATH"」が追加されただけみたい...

他のユーザがeman2.2を使うように「/<ユーザ>/.bashrc」を変更させる

[illya@c ~]$ vi .bashrc
 
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi
#source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc     # disable eman2.1 source
export PATH=/Appl/EMAN2/bin:$PATH
 
[illya@c ~]$

「e2projectmanager.py」を実行すると下記のようになる
2017y12m24d_221314596.png

それと「sphire」もこのEMAN2.2で動く
2017y12m24d_221745385.png

EMAN2.1のe2boxer.pyとかが「e2boxer_old.py」として残されているみたい

CentOS7に eman2.12 をインストール

EMAN2.1」のマイナーバージョンアップ版「EMAN2.12」をインストールする

[root@c ~]# cd /Appl && rm -rf EMAN2 
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman2.12.linux64.tar.gz | tar xf - && cd EMAN2
[root@c EMAN2]# chown -R root:root ../EMAN2/
[root@c EMAN2]# ./eman2-installer
export LC_CTYPE=en_US.utf8
export LC_ALL=en_US.utf8
Please add the following line to the end of your /root/.bashrc :
source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc
 
[root@c EMAN2]#

これでインストールは完了.
ユーザが使用するには /<ユーザ>/.bashrc に「source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc」を加える. っでこの中身は

export EMAN2DIR=/Appl/EMAN2
export PATH=${EMAN2DIR}/bin:${EMAN2DIR}/extlib/bin:$PATH
export PYTHONPATH=${EMAN2DIR}/lib:${EMAN2DIR}/bin:${PYTHONPATH}
alias sparx=sx.py

である. 「LC_CTYPE」と「LC_ALL」の設定が悩ましい...
sourceコマンドで環境変数を定義して「eman2.py」と実行すると下記が表示される.
2017y12m24d_104232876.png

実際には「e2projectmanager.py」から始まるのでしょうか
2017y12m24d_104532987.png

eman2.11

[root@c ~]# cd /Appl && rm -rf EMAN2
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman2.11.linux64.tar.gz | tar xf - && cd EMAN2
[root@c EMAN2]# ./eman2-installer
export LC_CTYPE=en_US.utf8
export LC_ALL=en_US.utf8
Please add the following line to the end of your /root/.bashrc :
source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc
[root@c EMAN2]#

EMAN2を使用するには「source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc」を各ユーザの「/home/<ユーザ>/.bashrc」に加える


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Last-modified: 2018-06-08 (金) 02:23:21 (70d)