本家様 http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2

バージョン番号が良く分からなかったが
EMAN2.1、EMAN2.2とかはメジャーバージョン.
EMAN2.11とEMAN2.12は「EMAN2.1」のマイナーバージョンアップ版の位置付けみたい.

EMAN2.1 ---------------> EMAN2.2 ---------------> EMAN2.3
  +-- EMAN2.11             +-- EMAN2.21             +-- EMAN2.31
  +-- EMAN2.12             +-- EMAN2.22

macOSについてはEMAN2/macOS
EMAN2/windowsPC
EMAN
EMAN2/source
EMAN2/python3

EMAN2.3謹製のOpenMPIを外して、Relionと共用できるOpenMPIを作る EMAN2/OpenMPI

eman2.31

EMAN2のサイトから「eman2.31_sphire1.3.linux64.sh」をダウンロードします
そして

[root@c ~]# bash /apps/src/eman2.31_sphire1.3.linux64.sh
 
Welcome to EMAN2 2.31
 
EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2
 
  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
 
[/root/EMAN2] >>> /apps/eman2.31           <-- インストール先を指定
PREFIX=/apps/eman2.31
 :
 :
INSTALLATION IS NOW COMPLETE
 
Please, go to http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/Install/BinaryInstallAnaconda
for detailed installation instructions, testing and troubleshooting information.
If this installation is on a Linux cluster,
you will require additional steps before installation is complete!
 
cat: /apps/eman2.31/.messages.txt: No such file or directory
installation finished.
Do you wish the installer to initialize EMAN2
in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> no                              <-- yesでも構わないが、、、noにしてます
 
Initializing EMAN2 in /root/.bashrc
A backup will be made to: /root/.bashrc-eman2.bak
 
 
For this change to become active, you have to open a new terminal.
 
Thank you for installing EMAN2!
[root@c ~]#

eman2.31を使うにはPATH(/apps/eman2.31/bin)を加えればいいのだが、このpathに含まれるopenmpiには注意が必要

[root@c ~]# /apps/eman2.31/bin/ompi_info | grep "dl support"
              dl support: no
[root@c ~]#

とdl(dlopen)が無効化されているopenmpiです。
relionでコンパイル時に使用しているOS提供のopenmpiとかでは

[root@c ~]# module load mpi
[root@c ~]# ompi_info |grep "dl support"
              dl support: yes
[root@c ~]#

とdl(dlopen)が有効である。
なのでEnvironmentModulesを使ってrelionとは排他的に実行できるようにする必要があるみたい
こんな感じで「conflict」を使って制御する

[root@c ~]# /etc/modulefiles/eman/2.31
#%Module1.0
conflict mpi
conflict relion
conflict eman
 
set EMAN2DIR /apps/eman2.31
setenv EMAN2DIR $EMAN2DIR
prepend-path PATH $EMAN2DIR/bin
[root@c ~]#

eman2.12

[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# gzip -cd src/eman2.12.linux64.tar.gz | tar xf - 
[root@c apps]# mv EMAN2 eman2.12
[root@c apps]# cd eman2.12
 
[root@c eman2.12]# ./eman2-installer
export LC_CTYPE=en_US.utf8
export LC_ALL=en_US.utf8
Please add the following line to the end of your /root/.bashrc :
source /apps/eman2.12/eman2.bashrc
 
[root@c eman2.12]#

eman2.bashrcの中身は下記になっている

[root@c eman2.12]# cat eman2.bashrc
export EMAN2DIR=/apps/eman2.12
export PATH=${EMAN2DIR}/bin:${EMAN2DIR}/extlib/bin:$PATH
export PYTHONPATH=${EMAN2DIR}/lib:${EMAN2DIR}/bin:${PYTHONPATH}
alias sparx=sx.py
[root@c eman2.12]#

各ユーザの~/.bashrcに「source /apps/eman2.12/eman2.bashrc」を加えれば使えます
*/etc/skel/.bashrcにも記載したほうがいい

あるいはEnvironmentModulesに従ってmoduleファイルを用意するなら下記のようにする

[root@c ~]# /etc/modulefiles/eman/2.12
#%Module1.0
conflict eman
 
set eman /apps/eman2.12
setenv EMAN2DIR $eman
 
prepend-path PATH       $eman/bin:$eman/extlib/bin
prepend-path PYTHONPATH $eman/lib:$eman/bin
 
set-alias sparx sx.py
 
[root@c ~]#

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Last-modified: 2020-02-20 (木) 13:12:14 (211d)