EMAN2

macOSでX越しのe2display.py、e2boxer_old.py(EMAN2.2)が映らない

macOSからLinuxマシンにsshログインして、XをmacOSに向けたのだが、画像が表示されない..
環境: macOS Sierra 10.12.6, XQuartz 2.7.11
2017y12m25d_002930293.png

っで、環境を macOS High Sierra 10.13.2 に揚げて見たが、これでも駄目でした。
どうやらFAQみたいで本家のサイトに記事がある
http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/Remote
sshでXを飛ばすのではなく、画面をvncとかvglrunで飛ばせいいよとのお話. なんか微妙な解決策...
ここに記載しているvncは結構古い記事です

MacOSXに eman2.21 をインストール

http://cryoem.bcm.edu/cryoem/downloads/view_eman2_version/24から入手します
2018y06m21d_053159871.png
macOSのsafariでアクセスしたら成りすましサイトと警告されたが...

事前に以前のバージョンを削除するか、renameします。ここではrenameしてみました。

mini:~ supervisor$ mv /Applications/EMAN2 /Applications/eman2.11

その後に、eman2.21をインストールします。

mini:~ supervisor$ export PATH=/usr/bin:/bin
mini:~ supervisor$ sudo bash ./Downloads/eman2.21.MacOS.sh
Password:
 
Welcome to EMAN2 2.21
 
EMAN2 will now be installed into this location:
/Users/supervisor/EMAN2
 
  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
 
[/Users/supervisor/EMAN2] >>> /Applications/eman2.21
PREFIX=/Applications/eman2.21
./Downloads/eman2.21.MacOS.sh: line 237: md5: command not found        <-- md5コマンドがなくても進むみたい
WARNING: md5sum mismatch of tar archive
expected: ea032c5773e8479b8f04f613d202a2f5
     got:
installing: python-2.7.13-0 ...
Python 2.7.13 :: Continuum Analytics, Inc.
installing: backports.functools_lru_cache-1.4-py27h2aca819_1 ...
installing: freetype-2.8-h12048fb_1 ...
 :
 :
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /Users/supervisor/.profile ? [yes|no]                <--- ~/.profileに設定を書かせている
[no] >>> yes
 
Appending source /Applications/eman2.21/bin/activate to /Users/supervisor/.profile
A backup will be made to: /Users/supervisor/.profile-eman2.bak
 
 
For this change to become active, you have to open a new terminal.
 
Thank you for installing EMAN2!
mini:~ supervisor$

こちらの環境は「~/.profile」を使わないので、ここから若干修正を加えます。

mini:~ supervisor$ rm .profile
mini:~ supervisor$ echo 'export PATH=/Applications/eman2.21/bin:$PATH' >> .bashrc

留意「e2boxer.py」は「e2boxer_old.py」に変更されてます
「sphire」も使えます

macOSに eman2.11 をインストール

http://cryoem.bcm.edu/cryoem/downloads/view_eman2_version/5の「Mac - OSX 10.7 or newer」にあるダウンロードファイルを取得します
2018y06m21d_053057187.png
ファイルを開くと下記画面が表示され、
2018y06m21d_055015179.png
「EMAN2」フォルダを「Applications」フォルダに移します。これでインストールは完了。
インストール先は「/Applications/EMAN2」となります。
あとはユーザ環境の整備です。

同封の「INSTALL.txt」に従い、使用しているシェル環境によって異なる設定を施す。
シェル環境は下記コマンドで判明します。

mini:~ supervisor$ echo $SHELL
/bin/bash
mini:~ supervisor$

と、ここではシェル環境は「/bin/bash」でした。なので「~/.bash_profile」もしくは「~/.bashrc」に

test -r /Applications/EMAN2/eman2.bashrc && source /Applications/EMAN2/eman2.bashrc

を追加します。
*付属の「INSTALL.txt」には「".profile"」って書いているけど....".bash_profile"のような気がする

シェル環境が csh系の場合ですが、、、恐らく「.cshrc」に

test -r /Applications/EMAN2/eman2.cshrc && source /Applications/EMAN2/eman2.cshrc

と書けばいいのかと思いますが、確認してません。


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Last-modified: 2018-06-21 (木) 06:35:15 (30d)