製作中

CentOS 7にてEMAN2をソースコードから作ってみる

Gitでソースを取得

[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/cryoem/eman2
 
[root@c src]# cd eman2
[root@c eman2]# git branch
* master
 
[root@c eman2]# git tag
python2
v2.2
v2.21
v2.21a
v2.21a-windows
v2.22
v2.3
v2.31
[root@c eman2]# git checkout -b v2.31 refs/tags/v2.31
[root@c eman2]# git branch
  master
* v2.31
[root@c eman2]#

このv2.31で作っていく

コンパイル

[root@c ~]# cd /apps/src/eman2
[root@c eman2]#
[root@c eman2]# git branch
  master
* v2.31
[root@c eman2]# mkdir build && cd build
[root@c build]# 
[root@c build]# cmake ..
CMake Error at CMakeLists.txt:1 (CMAKE_MINIMUM_REQUIRED):
  CMake 3.9 or higher is required.  You are running version 2.8.12.2
 
 
-- Configuring incomplete, errors occurred!
[root@c build]#

っとCentOS 7のcmakeでは古くて駄目みたい。
一応epelリポジトリで cmake-3.14.6 があるので、これをインストールします

[root@c build]# yum install epel-release && yum install cmake3
[root@c build]# cmake3 ..
-- The CXX compiler identification is GNU 4.8.5
 :
 :
  Could NOT find Conda (missing: CONDA_PREFIX)
 :

とconda環境が必要みたい...

ここでは pyenv / anaconda でpython仮想環境を作ってみます

python仮想環境

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
 
pyenv install anaconda3-5.3.1
pyenv global anaconda3-5.3.1
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
conda update conda

下準備が完了したら eman2 向けのpython仮想環境を作る

[root@c ~]# conda create -n eman2.31 -c anaconda python=2.7
[root@c ~]# source activate eman2.31
(eman2.31) [root@c ~]#
(eman2.31) [root@c ~]# which python
/apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/eman2.31/bin/python
 
(eman2.31) [root@c ~]#

その後、先ほどのとってきたeman2のcloneに移ります

(eman2.31) [root@c ~]# cd /apps/eman2/build
(eman2.31) [root@c build]#

ここで必要なpythonパッケージをインストールします。

(eman2.31) [root@c build]# conda install NumPy
(eman2.31) [root@c build]# conda install fftw
(eman2.31) [root@c build]# conda install gsl 
(eman2.31) [root@c build]# conda install boost
(eman2.31) [root@c build]# yum install libtiff-devel libjpeg-turbo-devel mesa-libGL-devel mesa-libGLU-devel
(eman2.31) [root@c build]# conda install -c cryoem ftgl
(eman2.31) [root@c build]# conda install -c conda-forge hdf5
(eman2.31) [root@c build]# cmake3 ..

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Last-modified: 2019-12-14 (土) 04:44:35 (176d)