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本家様 https://github.com/huang-laboratory/EMProt
EMProt is a software for automatic protein modeling from cryo-EM density maps.
Besides accurate de novo modeling, it can also integrate predicted (e.g. AlphaFold2/3, ESMFold) structures for improving overall completeness.
(DeepL翻訳)
EMProtは、クライオ電子顕微鏡密度マップからの自動タンパク質モデリングソフトウェアです。
正確なデノボモデリングに加え、予測された構造（例：AlphaFold2/3、ESMFold）を統合し、全体的な完成度を向上させることができます。
各自のホームディレクトリに各種pythonアプリの実行環境を用意するのではなく、rootで一元管理させるために「pyenv-anaconda」を使ってます.
pyenvでOS提供のpython,anaconda環境から離れ、そのpyenv上にanaconda環境を独自に敷いてます
ここでは「/apps/pyenv」を起点としています.
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minicondaのバージョンが一覧されます.
pyenv install miniforge3-25.11.0-1
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.sh
conda update -n base -c conda-forge conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.shこれで「pyenv-anaconda」の環境敷設は完了です。
次にEMProt実行環境を作ります
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/huang-laboratory/EMProt
[root@rockylinux9 src]# cd EMProt/
[root@rockylinux9 EMProt]# ls -l
total 28
drwxr-xr-x 2 root root 26 Feb 11 17:50 assets
drwxr-xr-x 10 root root 4096 Feb 11 17:50 emprot
-rw-r--r-- 1 root root 738 Feb 11 17:50 environment.yml
-rw-r--r-- 1 root root 1073 Feb 11 17:50 LICENSE
-rw-r--r-- 1 root root 8443 Feb 11 17:50 README.md
-rw-r--r-- 1 root root 390 Feb 11 17:50 setup.py
[root@rockylinux9 EMProt]#
[root@rockylinux9 EMProt]# cat environment.yml
name: emprot
channels:
- defaults
- conda-forge
- pytorch
dependencies:
- python=3.10.13
- numpy==1.26.2
- numba==0.59.1
- scipy==1.11.4
- tqdm==4.66.5
- biopython==1.84
- einops==0.8.0
- mrcfile==1.4.3
- pillow==10.0.1
- beartype==0.18.5
- jaxtyping==0.2.33
- cctbx-base==2023.11
- pip=23.3.1
- pip:
- setuptools==68.2.2
- ortools==9.4.1874
- pydssp==0.9.0
- pyhmmer==0.10.4
- timm==1.0.8
- https://download.pytorch.org/whl/cu118/torch-2.1.2%2Bcu118-cp310-cp310-linux_x86_64.whl
- https://download.pytorch.org/whl/cu118/torchvision-0.16.2%2Bcu118-cp310-cp310-linux_x86_64.whl
- https://download.pytorch.org/whl/cu118/torchaudio-2.1.2%2Bcu118-cp310-cp310-linux_x86_64.whl
[root@rockylinux9 EMProt]#
