本家様 http://huanglab.phys.hust.edu.cn/EMRNA/

Deep learning based automated RNA modeling from cryo-EM maps

インストール

EMRNA の実行には外部プログラムが必要なようでまずはそれらを準備します

EternaFold

[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/eternagame/EternaFold
[root@rockylinux apps]# cd EternaFold/
 
[root@rockylinux EternaFold]# 
 
[root@rockylinux EternaFold]# cd src/
 
[root@rockylinux src]# make gcc64                                     <-- プログラム「contrafold」「score_prediction」「api_test」が作られます
 
(テスト)
[root@rockylinux src]# cd ..
[root@rockylinux EternaFold]#
 
[root@rockylinux EternaFold]# cat test.seq
CGCUGUCUGUACUUGUAUCAGUACACUGACGAGUCCCUAAAGGACGAAACAGCG
 
[root@rockylinux EternaFold]# ./src/contrafold predict test.seq --params parameters/EternaFoldParams.v1
Training mode:
Use constraints: 0
Use evidence: 0
Predicting using MEA estimator.
>test.seq
CGCUGUCUGUACUUGUAUCAGUACACUGACGAGUCCCUAAAGGACGAAACAGCG
>structure
(((((((((((((......))))))..)....((((.....))))...))))))
 
[root@rockylinux EternaFold]#

次に LKH-3

[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# wget http://webhotel4.ruc.dk/~keld/research/LKH-3/LKH-3.0.9.tgz
[root@rockylinux src]# cd ../
[root@rockylinux apps]# tar xf src/LKH-3.0.9.tgz
[root@rockylinux apps]# cd LKH-3.0.9
[root@rockylinux LKH-3.0.9]# make
[root@rockylinux LKH-3.0.9]# ls -l
 :
-rwxr-xr-x. 1 root root  2471936 May 31 05:35 LKH    <-- 作られたバイナリ
 :
[root@rockylinux LKH-3.0.9]#

そして EMRNA

EMRNA 自体はURLに記載のサイトから取得して、それに含まれる environment.yml でconda仮想実行環境を作ります

[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]# tar xf /Public/em/EMRNA_v1.4.tgz
 
[root@rockylinux apps]# ls -lF EMRNA_v1.4/
 :
-rw-r-----. 1 563 514    515 Feb 29 11:52 environment.yml
 :
[root@rockylinux apps]#

ここでは pyenv-anacondaでconda環境を用意していて、もしなければ

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
 
pyenv install miniforge3-23.11.0-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-23.11.0-0/etc/profile.d/conda.sh

もしあれば

source /apps/pyenv/versions/miniforge3-23.11.0-0/etc/profile.d/conda.sh

とだけしておきます。
っで、

[root@rockylinux ~]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-23.11.0-0/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux ~]# conda env create -f /apps/EMRNA_v1.4/environment.yml

っと EMRNA のconda仮想実行環境を作ります。

そして「EMRNA.sh」を修正します

[root@rockylinux apps]# ls -lF EMRNA_v1.4/
 :
-rwxr-xr-x. 1 563 514   8516 Feb 29 23:28 EMRNA.sh*
 :
-rwxr-xr-x. 1 563 514 168096 Feb 29 11:52 interp3d.cpython-38-x86_64-linux-gnu.so*
-rw-r--r--. 1 563 514   4715 Feb 29 11:52 interp3d.f90
 :
[root@rockylinux apps]# vi EMRNA.sh
 :
    LKH_dir="/apps/LKH-3.0.9"
    activate="/apps/pyenv/versions/miniforge3-23.11.0-0/bin/activate"
    EMRNA_env="emrna"
    EMRNA_home="/apps/EMRNA_v1.4"
 :
[root@rockylinux apps]#

EnvironmentModules

「/apps/modulefiles/EMRNA」

#%Module1.0
 
prepend-path PATH /apps/EMRNA_v1.4
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Last-modified: 2024-06-07 (金) 08:38:17