本家様 https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS

本家様には下記のようにある

Takes the XML metadata from an EPU session that used AFIS (Aberration Free Image Shift) for faster acquisition and organizes the collected micrograph movies into RELION Optics Groups. In RELION version 3.1 where these groups were introduced they can be used to further reduce the effects of high-order aberrations on the data induced by collecting using large amounts of beam-image shift.

組み込み方

CentOS7のpythonは規定が 2.7.5 っで「yum install python3」で 3.6.8 が使えるが、
このアプリは

  • Python (Version >= 3.7.6)
  • numpy (Version >= 1.18.1)
  • scikit-learn (Version >= 0.22.1)
  • matplotlib (Version >= 3.1.3)

が要件のご様子

CentOS7で python-3.7 を使うには ソフトウエアコレクション(centos-release-scl)を使うか
pyenv/anacondaを使うかでしょうか。

SCLを使ってPythonの要件はカバーできたとしてもそれ以外のライブラリがyumで入られるかは微妙で、
なら crYOLOとかと同じように pyenv/anaconda の管理下に置いた方がいいのかも知れない.
単にyumでパッケージ管理できないのなら、pyenv/anacondaに押し込めて置きたい感じでしょうか. yumで管理される範囲にpipで汚すというか乱すのは避けたいかなと思ってる

インストール

「EPU_group_AFIS」の本体は /apps/EPU_group_AFIS とかに置くとする

[root@centos7 ~]# cd /apps
[root@centos7 apps]# git clone https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS
[root@centos7 apps]# ls -CF EPU_group_AFIS/
CHANGELOG  EPU_Group_AFIS.ipynb  EPU_Group_AFIS.py*  LICENSE.txt  README.md  spec/  VERSION.md
 
[root@centos7 apps]#

既にcrYOLOとかインストールされているなら下記を実行してcondaを使えるようにしておく

export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
 
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

そうして「EPU_group_AFIS」の実行環境を作る

conda create -n EPU_group_AFIS python=3.7
 
(作った環境に移る)
source activate EPU_group_AFIS
 
(必要なライブラリをインストールします)
conda install numpy scikit-learn matplotlib

これで「EPU_group_AFIS」を実行できる環境が用意された.

この環境を modulefiles に追加します

[root@centos7 ~]# vi /etc/modulefiles/EPU_group_AFIS
#%Module1.0
set          EPU_group_AFIS /apps/EPU_group_AFIS
set          root           /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/EPU_group_AFIS
 
prepend-path PATH $EPU_group_AFIS:$root/bin
 
[root@centos7 ~]#

つかう

単純に実行環境をロードして「EPU_Group_AFIS.py」と実行

[saber@centos7 ~]$ module load EPU_group_AFIS
 
[saber@centos7 ~]$ EPU_Group_AFIS.py -h
usage: EPU_Group_AFIS.py [-h] --xml_dir XML_DIR [--n_clusters N_CLUSTERS]
                         [--algorithm {kmeans,hac}] [--apix APIX]
                         [--mtf_fn MTF_FN] [--voltage VOLTAGE] [--cs CS]
                         [--q0 Q0] [--ftype FTYPE] [--movie_dir MOVIE_DIR]
                         [--output_fn OUTPUT_FN] [--quiet]
 
Create Optics Groups from EPU AFIS data
 
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --xml_dir XML_DIR, -i XML_DIR
                        Path to directory with EPU record metadata XML files.
                        [REQUIRED]
  --n_clusters N_CLUSTERS, -n N_CLUSTERS
                        Number of Optics Groups (1 = interactively choose. [1]
  --algorithm {kmeans,hac}
                        Clustering algorthim to use. {kmeans, hac} [kmeans]
  --apix APIX           Pixel size of micrographs. [1.00]
  --mtf_fn MTF_FN       Path to MTF STAR file. [MTF.star]
  --voltage VOLTAGE     Voltage of micrscope in keV. [300.0]
  --cs CS               Spherical Aberration of objective lens in mm. [2.7]
  --q0 Q0               Fraction of amplitude contrast [0 - 1]. [0.1]
  --ftype FTYPE         Filetype of micrograph movies. [mrc]
  --movie_dir MOVIE_DIR, -d MOVIE_DIR
                        Path to directory with micrograph movies. [.]
  --output_fn OUTPUT_FN, -o OUTPUT_FN
                        Path to output STAR file. [movies.star]
  --quiet, -q           Run non-interactively with no plotting. [False]
 
Writted by Dustin Morado 20.06.2020
 
[saber@centos7 ~]$

トップ   編集 添付 複製 名前変更     ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2021-03-26 (金) 03:05:40 (41d)