EnvironmentModulesを実際に使用するに当たって、PATH環境変数らの遷移を確認してみる

ログイン直後のbash/tcsh(csh)のパスは下記となっている(CentOS7.6)

bash
/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/$USER/.local/bin:/home/$USER/bin
 
tcsh(csh)
/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin

仮に Relion-3.0-beta-2 のmodulefile が下記として

#%Module1.0
 
prepend-path PATH            /Appl/relion-3.0-beta-2/bin
prepend-path PATH            /usr/lib64/openmpi/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64/openmpi/lib

そして、eman2.22 のmodulefile が下記とした場合、

#%Module1.0
 
prepend-path PATH            /Appl/eman2.22/bin

先に Relion をmoduleコマンドでloadして、それからEMAN2をloadすると mpirun はEMAN2由来に限定されてしまう。

[saber@c ~]$ module load relion/3.0-beta-2
[saber@c ~]$ module load eman2/2.22
[saber@c ~]$ which mpirun
/Appl/eman2.22/bin/mpirun
[saber@c ~]$

全体のPATHから見ると下記になる。

[saber@c  ~]$ echo $PATH
/Appl/eman2.22/bin:/usr/lib64/openmpi/bin:/Appl/relion-3.0-beta-2/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin
[saber@c ~]$

「prepend-path」を使用しているから仕方ないのだが、逆にappend-pathで環境変数の末尾につけるとOS提供のpythonが使われる。
この辺は難しい。
単に、アプリ毎にmoduleをloadさせればいいのかな?って思っている。

なら再度relionをロードすれば..と思えるが、既にあるのでloadしてくれないです。
結局は eman2/2.22 をunload させればOKとなる。

modulefile サンプル

relion-3.0-beta-2

#%Module1.0
set RELION /Appl/relion-3.0-beta-2
set mpi    /usr/lib64/openmpi
 
prepend-path PATH            $RELION/bin:$mpi/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $RELION/lib:$mpi/lib
 
setenv RELION_QSUB_TEMPLATE  $RELION/bin/qsub.sh
setenv RELION_QUEUE_NAME     s3
setenv RELION_QUEUE_USE      false
 
setenv RELION_CTFFIND_EXECUTABLE     /Appl/ctf/ctffind4.exe
setenv RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE  /Appl/local/bin/MotionCor2
setenv RELION_GCTF_EXECUTABLE        /Appl/Gctf/bin/gctf
setenv RELION_RESMAP_EXECUTABLE      /Appl/local/bin/ResMap

relion-2.1

#%Module1.0
set RELION /Appl/relion-2.1
set mpi    /usr/lib64/openmpi
 
prepend-path PATH            $RELION/bin:$mpi/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $RELION/lib:$mpi/lib
 
setenv RELION_QSUB_TEMPLATE  $RELION/bin/qsub.sh
setenv RELION_QUEUE_NAME     s3
setenv RELION_QUEUE_USE      false
 
setenv RELION_CTFFIND_EXECUTABLE     /Appl/ctf/ctffind4.exe
setenv RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE  /Appl/local/bin/MotionCor2
setenv RELION_GCTF_EXECUTABLE        /Appl/Gctf/bin/gctf
setenv RELION_RESMAP_EXECUTABLE      /Appl/local/bin/ResMap

eman2.12

#%Module1.0
set EMAN2DIR /Appl/eman2.12
setenv EMAN2DIR $EMAN2DIR 
prepend-path PATH $EMAN2DIR/bin:$EMAN2DIR/extlib/bin
prepend-path PYTHONPATH $EMAN2DIR/lib:$EMAN2DIR/bin

eman2.22

#%Module1.0
set EMAN2DIR /Appl/eman2.22
setenv EMAN2DIR $EMAN2DIR 
append-path PATH /Appl/eman2.22/bin

eman2.3

#%Module1.0
set EMAN2DIR /Appl/eman2.3
setenv EMAN2DIR $EMAN2DIR
append-path PATH $EMAN2DIR/bin

このmodulefileをロードする前に relion 関係をunloadする必要がある。mpirunが被るため。

  • phenix
    #%Module1.0
    #
    set phenix /Appl/phenix-1.17.1-3660
    #
    setenv PHENIX $phenix
    setenv PHENIX_VERSION  1.17.1-3660
    prepend-path PATH $phenix/build/bin
  • coot
    PATHで定義するとpythonが使えなくなる
    #%Module1.0
    #
    set-alias coot /Appl/coot-Linux-x86_64-rhel-6-pre-release-gtk2-python/bin/coot
  • pymol
    #%Module1.0
    prepend-path PATH /Appl/pymol/bin

使っているshellで分ける

bashとcshで「RELION_QSUB_TEMPLATE」を分けるとかできそう

#%Module1.0
 
 
if { $env(SHELL) == "/bin/bash" } {
  setenv RELION_QSUB_TEMPLATE $RELION/bin/qsub.sh
} elseif { $env(SHELL) == "/bin/csh" } {
  setenv RELION_QSUB_TEMPLATE $RELION/bin/qsub.csh
} elseif { $env(SHELL) == "/bin/tcsh" } {
  setenv RELION_QSUB_TEMPLATE $RELION/bin/qsub.csh
}

そうすると、qsub.sh/qsub.cshを用意する必要があるけど、特にqsub.csh内でmodule loadが使えるようになる


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Last-modified: 2019-11-27 (水) 02:37:08 (11d)