本家様 http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/

Gctf

本家様からファイルをダウンロードします。
取得したファイルは Gctf_v1.06_and_examples.tar.gzでした。
これを/Appl/Gctfとかに展開

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@em00 Appl]# gzip -cd src/Gctf_v1.06_and_examples.tar.gz | tar xf -

新たに「/Appl/Gctf_v1.06」が作成される。
実行バイナリは、

[root@em00 ~]# chown -R root:root /Appl/Gctf_v1.06
[root@em00 ~]# ls -lh /Appl/Gctf_v1.06/bin/
total 14M
-rwxrwxr-x 1 root root 1.5M Sep 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu5.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Sep 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Sep 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Sep 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Sep 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Oct 17  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu8.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M Oct 17  2016 Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
[root@em00 ~]#

とcudaのバージョンとsm毎に用意されている
「sm」って何の略?単にgpu architectureのを示すもので、中身はCompute Capabilityだと思っている
nvidiaのカードとそのCompute Capabilityはhttps://developer.nvidia.com/cuda-gpushttps://en.wikipedia.org/wiki/CUDAに掲載されている

ここでは「Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64」を使用する。

[root@em00 ~]# ln -s /Appl/Gctf_v1.06/bin/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 /Appl/Gctf_v1.06/bin/gctf
[root@em00 ~]# ln -s /Appl/Gctf_v1.06/bin/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 /Appl/Gctf_v1.06/bin/Gctf
 
[root@em00 ~]# rm /Appl/Gctf ; ln -s /Appl/Gctf_v1.06 /Appl/Gctf

Gautomatch

現時点(170928)では最新版が Gautomatch_v0.56 で、ダウンロードサイトを訪れると cuda8.0 に対応して
各種sm毎にバイナリーが用意されている。

利用するnvidiaのカードがMaxwellベースの「GM20{0|4|6}」チップならsm_52、Pascalベースの「GP10{2|4|6|7|8}」チップならsm_61で用意する。カードによる下位互換性はあるようなので「GP102」搭載カードでも「sm_51」のプログラムは動く
ここでは

[root@em00 ~]# mkdir /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@em00 ~]# cd /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@em00 v0.56]# curl -R -O http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gautomatch/Gautomatch_v0.56/Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0
[root@em00 v0.56]# chmod +x ./Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0
[root@em00 v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 gautomatch
[root@em00 v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 Gautomatch
 
[root@em00 ~]# rm /Appl/Gautomatch/cr ; ln -s /Appl/Gautomatch/v0.56 /Appl/Gautomatch/cr

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Last-modified: 2017-09-28 (木) 12:10:04 (75d)