本家様 http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/

Gctf

本家様からファイルをダウンロードします。
取得したファイルは Gctf_v1.06_and_examples.tar.gzでした。
これを/Appl/Gctfとかに展開

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/Gctf_v1.06_and_examples.tar.gz | tar xf -

新たに「/Appl/Gctf_v1.06」が作成される。
実行バイナリは、

[root@c Appl]# chown -R root:root /Appl/Gctf_v1.06/
[root@c Appl]# ls -lh /Appl/Gctf_v1.06/bin/
合計 14M
-rwxrwxr-x 1 root root 1.5M  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu5.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu8.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17  2016 Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
[root@c Appl]#

とcudaのバージョンとsm毎に用意されている
「sm」って何の略?単にgpu architectureのを示すもので、中身はCompute Capabilityだと思っている
nvidiaのカードとそのCompute Capabilityはhttps://developer.nvidia.com/cuda-gpushttps://en.wikipedia.org/wiki/CUDAに掲載されている

ここでは「Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64」を使用する。

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# ln -sv Gctf_v1.06 Gctf
`Gctf' -> `Gctf_v1.06'
[root@c Appl]#
 
[root@c Appl]# cd Gctf/bin/
[root@c bin]#
 
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 gctf
`gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
 
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 Gctf
`Gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
[root@c bin]#
 
[root@c bin]# ls -l
合計 13552
lrwxrwxrwx 1 root root      29  4月 26 12:24 Gctf -> Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 1560741  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu5.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2006534  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2021499  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu6.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2081289  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2091780  9月 29  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu7.5_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2009474 10月 17  2016 Gctf-v1.06_sm_20_cu8.0_x86_64
-rwxrwxr-x 1 root root 2091394 10月 17  2016 Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
lrwxrwxrwx 1 root root      29  4月 26 12:24 gctf -> Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
[root@c bin]#

GCtfFind

本家様 https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind

git clone https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind
cd GCtfFind
make exe -f makefile CUDAHOME=/usr/local/cuda-12.2

ubuntu22.04にて「/usr/bin/ld: /apps/GCtfFind/Lib/libmrcfile.a(CLoadExtHeader.o): relocation R_X86_64_32 against symbol `__gxx_personality_v0@@CXXABI_1.3' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC」と言われる
その際はmakefileを下記のように修正する

--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -76,7 +76,7 @@ exe: $(OBJS)
        $(PRJLIB)/libcuutil.a \
        $(PRJLIB)/libcuutilfft.a \
        -L$(CUDALIB) -L/usr/lib64 \
-       -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread \
+       -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread -no-pie \
        -o GCtfFind
        @echo GCtfFind has been generated.
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Last-modified: 2024-02-04 (日) 13:08:46