本家 http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr

インストール

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]#
[root@c src]# curl -O http://cryoem.ucsd.edu/programs/code/IHRSR_v1.5.tar.gz
 
[root@c src]# cd /Appl
[root@c Appl]# tar xzvf src/IHRSR_v1.5.tar.gz && chown -R root:root ./IHRSR_v1.5
[root@c Appl]# ln -s IHRSR_v1.5 IHRSR

追加パッケージ「compat-libgfortran-41」

[root@c ~]# yum install compat-libgfortran-41

環境変数定義

export PATH=${PATH}:/Appl/IHRSR

Tutorialデータ

[illya@c ~]$ mkdir ihrsr && cd $_
[illya@c ihrsr]$
[illya@c ihrsr]$ curl -O http://cryoem.ucsd.edu/programs/IHRSR++tutorial_v1.5.pdf
[illya@c ihrsr]$ curl -O http://cryoem.ucsd.edu/programs/code/IHRSR_test_prob.tar.gz   # 4.5GB!

取得したPDFにも書かれているが、SPIDERとEMAN(EMAN2ではない)、ctffind3、ChimeraがTutorialを
実施するうえで必要

[illya@c ihrsr]$ gzip -cd IHRSR_test_prob.tar.gz | tar tvf -
drwxrwxr-x kparent/kparent   0 2010-09-29 07:49 IHRSR_test_prob/
drwxrwxr-x kparent/kparent   0 2010-09-29 03:40 IHRSR_test_prob/orig_micrographs/
-rw-r--r-- kparent/kparent 90417414 2010-09-29 03:06 IHRSR_test_prob/orig_micrographs/F170A_4227.tif
-rw-r--r-- kparent/kparent 103756703 2010-09-29 03:12 IHRSR_test_prob/orig_micrographs/F170A_4249.tif
-rw-r--r-- kparent/kparent  94559940 2010-09-29 03:13 IHRSR_test_prob/orig_micrographs/F170A_4260.tif
 :
[illya@c ihrsr]$

メモ

TutorialのPDFで「spider spd/dat @ctf_corr」と書かれている場合は、

/Appl/spider-22.03/bin/spider_linux spd/dat @/Appl/IHRSR/ctf_corr

の意味。
もしspiderにパスがあって spider に適切なlinkがあれば

export PATH=/Appl/spider-22.03/bin:$PATH
/Appl/spider-22.03/bin/spider --> spider_linux_mp_intel64
 
 
spider spd/dat @/Appl/IHRSR/ctf_corr

でいけます。


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Last-modified: 2018-08-01 (水) 15:12:48 (16d)