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本家様: http://bio3d.colorado.edu/imod/
ダウンロード先
http://bio3d.colorado.edu/imod/download.html
linuxに関してcudaが絡んでいるバージョンが提供されている。
cudaカードを持ってないなら
If are not using an NVIDIA card for GPU computing, just pick the package with the lowest CUDA version, since it will be smaller.
とある。
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_5.1.5_RHEL8-64_CUDA12.0.sh
[root@rockylinux9 src]# bash /Public/em/imod_5.1.5_RHEL8-64_CUDA12.0.sh -dir /apps -skip -yes「-yes」を指定していると、既に存在しているIMODを削除して差し替えます。それが嫌なら「-yes」を外してください.
「/apps/modulefiles/IMOD/5.1.5」
#%Module1.0
set imod /apps/imod_5.1.5
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
#set-alias subm "submfg \!* &"一部javaを使うので
dnf groupinstall "Java Platform"を実行します.
「qt-x11」「hdf5-devel」パッケージが必要っぽいのだが、、
RHEL8系だと「/usr/bin/python」がないのでそれを調整する必要がある
alternatives --config pythonでpython3にするといいかも
CentOS8にてimodを起動すると
「Gtk-Message: 01:12:10.056: Failed to load module "canberra-gtk-module"」と表記されることがある。
これは「libcanberra-gtk2」をインストールすれば解消される
update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 1
apt install openjdk-11-jdkgithub https://github.com/Phaips/rln2mod
OS標準提供の pip を使います。っでstarfile を入れて置きます。
[root@rockylinux9 ~]# echo $PATH
/root/.local/bin:/root/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin
[root@rockylinux9 ~]# dnf install python-pip
[root@rockylinux9 ~]# pip --version
pip 21.3.1 from /usr/lib/python3.9/site-packages/pip (python 3.9)
[root@rockylinux9 ~]# pip install starfilerln2modを入れて置きます
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Phaips/rln2mod
[root@rockylinux9 apps]# ls -l rln2mod/
total 8
-rw-r--r--. 1 root root 823 Sep 21 10:55 README.md
-rw-r--r--. 1 root root 2756 Sep 21 10:55 rln2mod.py
[root@rockylinux9 apps]#使う
[saber@rockylinux9 ~]$ module load IMOD
[saber@rockylinux9 ~]$ python /apps/rln2mod/rln2mod.py
usage: rln2mod.py [-h] --x X --y Y --z Z
Convert Relion STAR to .mod models
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--x X tomogram X size (px)
--y Y tomogram Y size (px)
--z Z tomogram Z size (px)
[saber@rockylinux9 ~]$
