本家様http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni
まずはpyenv環境を構築するcrYOLO#w789c07e
次に、
[root@centos7 ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@centos7 ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
とおまじないをして、
JANNI向けの環境を作る. *(2022.04) janni-0.2.2のGPU版は作れるがA2000で処理したら画像が？？なのでCPU版を提示しています
[root@centos7 ~]# conda create -n janni-cpu -c conda-forge -c anaconda python=3.6 cudnn=7.1.2 libtiff wxPython=4.0.4 numpy=1.14.5 matplotlib=3 imageio=2 cython
完成したら、作ったJANNI環境へ移ってアプリを追加します
[root@centos7 ~]# source activate janni-cpu
(janni-cpu) [root@centos7 ~]#
(janni-cpu) [root@centos7 ~]# pip install janni[cpu]==0.2.2 numpy==1.14.5
12枚のmrcファイルを処理したら 16minくらい
■GPU版なら janni-0.3.0b5 では上手く行った
conda create -n janni-gpu -c conda-forge python=3.6 cudnn=7 libtiff wxPython=4.1 numpy=1.16 matplotlib=3 imageio=2 cython
source activate janni-gpu
pip install janni[gpu]==0.3.0b5
12枚のmrcファイルを処理したら 5min くらい
同じように janni-0.3.0b5のcpu版を作ってみたが、処理速度は同じくらいの5minほど. なんかGPUが活用されてないっぽい...
EnvironmentModules †
EnvironmentModulesで実行環境を整備するならmodiilefileを下記のようにする
*普通は「/etc/modulefiles/janni」かな
[root@c ~]# vi /home/Common/modules/janni
#%Module
set root /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/janni
prepend-path PATH $root/bin
[root@c ~]#
テスト実行 †
コマンドラインで実際にテスト.
「/apps/janni」にjanniのモデルファイルを設置して、
使用する画像はGCTF_Gautomatch_Cu10.1に付属のmrc画像としています
[illya@centos7 ~]$ mkdir janni && cd janni
[illya@centos7 janni]$ module load janni-cpu
[illya@centos7 janni]$ mkdir input
[illya@centos7 janni]$ cd input/
[illya@centos7 input]$ ln -s /apps/GCTF_Gautomatch_Cu10.1/ribosome/test[78].mrc .
[illya@centos7 input]$ cd ..
[illya@centos7 janni]$ janni_denoise.py denoise ./input ./out /apps/janni/gmodel_janni_20190703.h5 -g 0
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