本家様http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni

まずはpyenv環境を構築するcrYOLO#w789c07e
次に、

[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
 
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

とおまじないをして、
JANNI向けの環境を作る

[root@c ~]# conda create -n janni -c anaconda python=3.6 cudnn=7.1.2 libtiff wxPython=4.0.4

完成したら、作ったJANNI環境へ移ってみる

[root@c ~]# source activate janni
(janni) [root@c ~]#

ここでpip経由でjanniアプリをインストール

(janni) [root@c ~]# pip install janni[gpu]
  :
  :
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/janni/bin/python -c 'import sys, setuptools, tokenize; (略
         cwd: /tmp/pip-install-_5m7qm5c/imagecodecs-lite/
    Complete output (5 lines):
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-install-_5m7qm5c/imagecodecs-lite/setup.py", line 9, in <module>
        import numpy
    ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.
(janni) [root@c ~]#

とnumpyがないよと言われた...どんなバージョンのnumpyを入れたらいいか??なのだが、とりあえずCinderella
インストールされた numpy と同じバージョンでやってみた

(janni) [root@c ~]# conda install numpy==1.15.4
(janni) [root@c ~]# pip install janni[gpu]
  :
  :
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/janni/bin/python -c 'import sys, setuptools, tokenize; (略
         cwd: /tmp/pip-install-9o5nmsho/imagecodecs-lite/
    Complete output (5 lines):
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-install-9o5nmsho/imagecodecs-lite/setup.py", line 12, in <module>
        from Cython.Distutils import build_ext
    ModuleNotFoundError: No module named 'Cython'
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.
(janni) [root@c ~]#

次に、Cythonがないと言われ、さすがにこれはバージョン指定が分からなかったので、そのままで入れてみた

(janni) [root@c ~]# 
(janni) [root@c ~]# pip install Cython
(janni) [root@c ~]# pip install janni[gpu]

でようやくインストール完成
*途中「ERROR: imagecodecs-lite 2019.2.22 has requirement numpy>=1.15.4, but you'll have numpy 1.14.5 which is incompatible.」といわれたが...

スクリプト

JANNI 環境に移行するスクリプトを作った(bashのみ)

[root@c ~]# cat /Appl/local/bin/janni
export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
 
source activate janni
 
[root@c ~]# chmod +x /Appl/local/bin/janni

そして

alias JANNI ='eval source /Appl/local/bin/janni'
alias deJANNI ='conda deactivate'

を.bashrcに加える

csh/tcshユーザ様

いろいろ駆使してみたが、、力及ばず....

[bar@c ~]$ setenv CONDA_ENVS_PATH /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs
[bar@c ~]$ source /Appl/local/bin/activate.csh  janni
(cinderella)[bar@c ~]$
 
(cinderella)[bar@c ~]$ source /Appl/local/bin/deactivate.csh
[bar@c ~]$

とするしかないみたい...
「/Appl/local/bin/activate.csh」はcrYOLO#n9c7ad00参照

使ってみる

http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni_tutorial
にもあるが、まぁ出始めはモデルをダウンロードして、自分のデータを洗ってみるってことでしょうか。


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Last-modified: 2019-09-18 (水) 01:06:13 (34d)