本家様http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni

まずはpyenv環境を構築するcrYOLO#w789c07e
次に、

[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
 
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

とおまじないをして、
JANNI向けの環境を作る

[root@c ~]# conda create -n janni -c anaconda python=3.6 cudnn=7.1.2 libtiff wxPython=4.0.4

完成したら、作ったJANNI環境へ移ってアプリを追加します

[root@c ~]# source activate janni
(janni) [root@c ~]#
(janni) [root@c ~]# conda install numpy==1.15.4 Cython
(janni) [root@c ~]# pip install janni[gpu]

その後「janni_denoise.py」でgui画面がでたら成功

EnvironmentModules

EnvironmentModulesで実行環境を整備するならmodiilefileを下記のようにする
*普通は「/etc/modulefiles/janni」かな

[root@c ~]# vi /home/Common/modules/janni
#%Module -*- tcl -*-
 
proc ModulesHelp { } {
  puts stderr "\tAdds anaconda to your environment variables,"
}
module-whatis "Adds anaconda to your environment variables"
set          root /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/janni
prepend-path PATH $root/bin
[root@c ~]#

ロード方法は「module load janni」

使ってみる

http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni_tutorial
にもあるが、まぁ出始めはモデルをダウンロードして、自分のデータを洗ってみるってことでしょうか。

スクリプトで環境を整備するか EnvironmentModules で「module load janni」とかで実行環境に移って、

[saber@c ~]$ janni_denoise.py

と実行すると下記画面が表示されます
2019y12m06d_234729365.png


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Last-modified: 2019-12-06 (金) 23:48:22 (286d)