MiRPv2

以前はCentOS7で作ってましたが、RockyLinux8.6で構築してみます

まずは取得してみます.

[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.6 (Green Obsidian)
 
[root@rockylinux ~]# mkdir /apps
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
 
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/moores-lab/MiRPv2
 
[root@rockylinux apps]# cd MiRPv2/
 
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -CF
data/  install.py  license.txt  manual.pdf  mirp/
 
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -l mirp/
total 68
-rw-r--r--. 1 root root  2576 Jan 13 23:14 generate_seam_references.py
-rw-r--r--. 1 root root  4443 Jan 13 23:14 generate_segment_averages.py
-rw-r--r--. 1 root root  2318 Jan 13 23:14 helper_fns.py
-rw-r--r--. 1 root root 27818 Jan 13 23:14 microtubules.py
-rw-r--r--. 1 root root  1481 Jan 13 23:14 mirp_initial_seam
-rw-r--r--. 1 root root  1345 Jan 13 23:14 mirp_pf_sorting
-rw-r--r--. 1 root root  1295 Jan 13 23:14 mirp_seam_check
-rw-r--r--. 1 root root  2283 Jan 13 23:14 plot_eulerxy.py
-rw-r--r--. 1 root root  7723 Jan 13 23:14 starfileIO.py
[root@rockylinux MiRPv2]#

っで有効にするには「MiRPv2/install.py」を拝見するに

「MiRPv2/mirp」の「helper_fns.py」「microtubules.py」「starfileIO.py」以外を「chmod +x」にする
PATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える
PYTHONPATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える

って感じみたい.
実行権を付けておきます

[root@rockylinux MiRPv2]# chmod +x mirp/*

面倒なので mirp フォルダの中身全てに実行権を付与

あとマニュアル「MiRPv2/manual.pdf」を拝見すると基本はpython3でnumpy、scipy、matplotlibのモジュールがあればいいみたい.
そしていくつかは EMAN2(2.13で作成) のpythonライブラリを読んでpython2で動く. 具体的には
「generate_seam_references.py」と「generate_segment_averages.py」である

ちょいとそれぞれのプログラムを見てみる

generate_seam_references.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(python2)
generate_seam_references.pyのメモ書き

MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM image processing.
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and generates seam
references for 3D seam classification from a single 3D reference

generate_segment_averages.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(python2)
メモ書き

MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM image processing.
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and generates microtubule
particles averaged over a 7-particle window

helper_fns.py、microtubules.py、mirp_initial_seam、mirp_pf_sorting、mirp_seam_check、plot_eulerxy.py
python3
メモ書き

MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM image processing.
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is not compatible with earlier versions of RELION.

starfileIO.py
python3
メモ書き

MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM image processing.
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is not compatible with earlier versions of RELION.
starfileIO.py provides functions for reading, editing, and writing starfiles. It supports starfiles with multiple datablocks,
and is therefore compatible with any version of RELION.

構築†

python3 で動くアプリもあれば、EMAN2のライブラリが必要なアプリもある.

Rockylinuxはpython 3.6.8が既定です. なのでパッケージで追加ライブラリをインストールします

[root@rockylinux ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux ~]# dnf install --enablerepo=epel python3-numpy python3-scipy  python3-matplotlib

そしてEMAN2のライブラリが必要なアプリは python2 が必要で、これは eman2/2.31 をロードさせて使いたいと思う
*eman2/2.91 は python3 アプリなので適用できないです
eman2.31のインストールは EMAN2 参照

↑

EnvironmentModules†

[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/MiRPv2
#%Module1.0
 
module unload relion
module load eman2/2.31
 
set MiRPv2 /apps/MiRPv2
prepend-path PATH        $MiRPv2/mirp
prepend-path PYTHONPATH  $MiRPv2/mirp
 
[root@rockylinux ~]#

relionとeman2はどっちも使えるようにすると微妙になる. eman2にmpirunが存在していてそれをrelionが使うとコケるとかとか...

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