本家様https://github.com/moores-lab/MiRPv2

以前はCentOS7で作ってましたが、RockyLinux8.6で構築してみます

まずは取得してみます.

[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.6 (Green Obsidian)
 
[root@rockylinux ~]# mkdir /apps
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
 
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/moores-lab/MiRPv2
 
[root@rockylinux apps]# cd MiRPv2/
 
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -CF
data/  install.py  license.txt  manual.pdf  mirp/
 
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -l mirp/
total 68
-rw-r--r--. 1 root root  2576 Jan 13 23:14 generate_seam_references.py
-rw-r--r--. 1 root root  4443 Jan 13 23:14 generate_segment_averages.py
-rw-r--r--. 1 root root  2318 Jan 13 23:14 helper_fns.py
-rw-r--r--. 1 root root 27818 Jan 13 23:14 microtubules.py
-rw-r--r--. 1 root root  1481 Jan 13 23:14 mirp_initial_seam
-rw-r--r--. 1 root root  1345 Jan 13 23:14 mirp_pf_sorting
-rw-r--r--. 1 root root  1295 Jan 13 23:14 mirp_seam_check
-rw-r--r--. 1 root root  2283 Jan 13 23:14 plot_eulerxy.py
-rw-r--r--. 1 root root  7723 Jan 13 23:14 starfileIO.py
[root@rockylinux MiRPv2]#

っで有効にするには「MiRPv2/install.py」を拝見するに

って感じみたい.
実行権を付けておきます

[root@rockylinux MiRPv2]# chmod +x mirp/*

面倒なので mirp フォルダの中身全てに実行権を付与

あとマニュアル「MiRPv2/manual.pdf」を拝見すると基本はpython3でnumpy、scipy、matplotlibのモジュールがあればいいみたい.
そしていくつかは EMAN2(2.13で作成) のpythonライブラリを読んでpython2で動く. 具体的には
「generate_seam_references.py」と「generate_segment_averages.py」である

ちょいとそれぞれのプログラムを見てみる

構築

python3 で動くアプリもあれば、EMAN2のライブラリが必要なアプリもある.

Rockylinuxはpython 3.6.8が既定です. なのでパッケージで追加ライブラリをインストールします

[root@rockylinux ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux ~]# dnf install --enablerepo=epel python3-numpy python3-scipy  python3-matplotlib

そしてEMAN2のライブラリが必要なアプリは python2 が必要で、これは eman2/2.31 をロードさせて使いたいと思う
*eman2/2.91 は python3 アプリなので適用できないです
eman2.31のインストールは EMAN2 参照

EnvironmentModules

[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/MiRPv2
#%Module1.0
 
module unload relion
module load eman2/2.31
 
set MiRPv2 /apps/MiRPv2
prepend-path PATH        $MiRPv2/mirp
prepend-path PYTHONPATH  $MiRPv2/mirp
 
[root@rockylinux ~]#

relionとeman2はどっちも使えるようにすると微妙になる. eman2にmpirunが存在していてそれをrelionが使うとコケるとかとか...

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Last-modified: 2023-01-14 (土) 00:15:08