![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 https://github.com/ArkingLab/MitoHPC
基本、ユーザのホームディレクトリで行える代物っぽい
ここではユーザのホームディレクトリ内にMitoHPC を置いて使ってみます
まずgitからソースを取得します
[saber@centos7 ~]$ git clone https://github.com/ArkingLab/MitoHPCgitページの手順通りではないですが、先に「INSTALL SYSTEM PREREQUISITES (optional)」項目を処理します。
これはroot権限で必要な追加パッケージをインストールしています.
単純に「MitoHPC/scripts/install_sysprerequisites.sh」の実行なのですが、「dnf update」を含む.
「dnf update」をしたくないなら必要な部分のみを抜き出して実行します.
[saber@centos7 ~]$ su -
[root@centos7 ~]# yum install -y which nano git wget java-1.8.0-openjdk bzip2 gcc gcc-c++ zlib-devel ncurses-devel bzip2-devel xz-devel \
unzip perl perl-Data-Dumper perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Test-Simple python3 python3-pip make
[root@centos7 ~]# alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 60
[root@centos7 ~]# alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 61
[root@centos7 ~]# exit
[saber@centos7 ~]$これでsystem側の調整は完了.
次に 環境変数を定義します. 「SETUP ENVIRONMENT (important)」の部分.
[saber@centos7 ~]$ cd MitoHPC/scripts
[saber@centos7 scripts]$ export HP_SDIR=`pwd`
[saber@centos7 scripts]$ echo "export HP_SDIR=`pwd`" >> ~/.bashrc
[saber@centos7 scripts]$ . ./init.shっでMitoHPC を稼働させるアプリとRefSeqの準備. 「INSTALL PREREQUISITES & CHECK INSTALL」の部分.
[saber@centos7 scripts]$ $HP_SDIR/install_prerequisites.sh
:
:アプリのインストールが開始されます. bwa,samtools,bedtoolsらがホームディレクトリ内( ~/MitoHPC/bin )に入ります.
