MotionCor2

本家様 https://emcore.ucsf.edu/ucsf-motioncor2

ライセンスにご注意ください
本家様から

NOTE: This software may only be downloaded and used for free by academic and/or non-profit users.
      All others are required to contact David Agard for licensing information prior to download.

使用するには nvidia cardが必要です。

MotionCor2-1.3.0†

前回同様 8.0、9.2、10.1とかのcudaライブラリが必要
計算機の搭載メモリーは128GBが推奨で、対象に寄るが64GBでも動くみたい

↑

MotionCor2-1.2.6†

利用できるcudaのバージョンが、8.0、9.2、10.1と広がった。

↑

MotionCor3-1.0.1†

ここで公開
https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3

READMEに

MotionCor3, an improved implementation of MotionCor2 with  addition of CTF (Contrast Transfer Function) estimation, 
is a multi-GPU accelerated software package that enables single-pixel level correction of anisotropic beam induced 
sample motion for cryo-electron microscopy and cryo-electron tomography images.
 
(DeepL様翻訳)
MotionCor3は、MotionCor2にCTF (Contrast Transfer Function)推定を追加した改良版で、低温電子顕微鏡および
低温電子トモグラフィー画像において、ビームによる試料の動きの異方性を1ピクセルレベルで補正できる
マルチGPUアクセラレーションソフトウェアパッケージです。

とある
っでライセンスは「BSD 3-Clause "New" or "Revised" License」となっているので企業利用も大丈夫みたい.

cd /apps
git clone https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3
cd MotionCor3
make exe -f makefile11 CUDAHOME=/usr/local/cuda-11.7
 
ls -l /apps/MotionCor3/MotionCor3

Environment Modulesは「/apps/modulefiles/MotionCor3」で

#%Module
set-alias MotionCor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3
set-alias motioncor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3

とかで.

ubuntu22.04でコンパイルすると
「/usr/bin/ld: /apps/MotionCor3/Lib/libmrcfile.a(CLoadExtHeader.o): relocation R_X86_64_32 against symbol `__gxx_personality_v0@@CXXABI_1.3' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIE」と表示される
回避策としてはmakefile11を下記のようにする.

--- a/makefile11
+++ b/makefile11
@@ -162,7 +162,7 @@ exe: $(OBJS)
        -L$(CUDALIB) \
        -L$(CONDA)/lib \
        -L/usr/lib64 \
-       -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -lm -lpthread \
+       -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -lm -lpthread -Xcompiler -no-pie \
        -o MotionCor3
        @echo MotionCor3 has been generated.

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