本家様 http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html

使用するには nvidia cardが必要です。あとlibtiff3も
libtiff4はインストールされていると思うが、libtiff3は追加でインストールが必要です

yum install compat-libtiff3

Segmentation fault

MotionCor2_1.0.2において「cuda 8.0.44-1, Driver Version: 367.48」であるとSegmentation faultが発生した
以前のMotionCor2-1.0.0では問題なく終了していたのに...

lddでMotionCor2_1.0.2を見ると参照すると

[root@f ~]# ldd ./MotionCor2_1.0.2
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff045f9000)
        libcufft.so.8.0 => /usr/local/cuda-8.0/targets/x86_64-linux/lib/libcufft.so.8.0 (0x00007fcae8666000)
        libcudart.so.8.0 => /usr/local/cuda-8.0/targets/x86_64-linux/lib/libcudart.so.8.0 (0x00007fcae83ff000)
        libcuda.so.1 => /usr/lib64/nvidia/libcuda.so.1 (0x00007fcae7a1b000)
        libtiff.so.3 => /lib64/libtiff.so.3 (0x00007fcae77b6000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007fcae7599000)
        libstdc++.so.6 => /lib64/libstdc++.so.6 (0x00007fcae7291000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007fcae6f8f000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fcae6bcb000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007fcae69b5000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007fcae67ad000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fcae65a8000)
        libnvidia-fatbinaryloader.so.367.48 => /usr/lib64/nvidia/libnvidia-fatbinaryloader.so.367.48 (0x00007fcae635a000)
        libjpeg.so.62 => /lib64/libjpeg.so.62 (0x00007fcae6105000)
        libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007fcae5eee000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a350ee3000)
[root@f ~]#

でcuda8は必須みたい. っでcuda8のGA2版「8.0.61-1, Driver Version: 384.81」で試してみたが変わらず...
っで、「-DefectFile」の指定を外したら最後まで計算したのだが....環境はCentOS 7.4
/var/log/messagesに
kernel: MotionCor2_1.0.[2872]: segfault at 7f78c22f3040 ip 00007f78dc7a781d sp 00007f78c6873cc8 error 6 in libc-2.17.so[7f78dc71e000+1b8000]
と記載された.

ubuntu 16.04(cuda8/GA2)で試してみたが、同様にエラーが発生...


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Last-modified: 2017-11-13 (月) 01:30:12 (30d)