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基本全部 conda で作ります
なのでpyenv/anaconda(miniforge)を敷いてその上に作る感じですね.
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2024.10-1本家様https://github.com/ncbi/sra-tools
一応コンパイル済みバイナリーも提供しているが、「/usr/local/ncbi」に展開する前提なので、使わない.
他にdockerイメージもあるみたい.
ここではbiocondaにある sra-tools をインストールします
anaconda3を呼び込んで
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.shsra-toolsをインストール
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n sra-tools sra-tools=3.1.1 -c bioconda -c conda-forge
[root@rockylinux8 ~]# conda activate sra-tools
(sra-tools) [root@rockylinux8 ~]# conda list
:
ncbi-vdb 3.1.1 h4ac6f70_2 bioconda
:
sra-tools 3.1.1 h4304569_2 bioconda
:
(sra-tools) [root@rockylinux8 ~]#
(sra-tools) [root@rockylinux8 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux8 ~]#EnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/sra-tools」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/sra-tools
prepend-path PATH $root/binテスト：
[saber@rockylinux8 ~]$ module use /apps/modulefiles
[saber@rockylinux8 ~]$ module load ngs/sra-tools
[saber@rockylinux8 ~]$ fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728
Read 2 spots for SRR390728
Written 2 spots for SRR390728
@SRR390728.1 1 length=72
CATTCTTCACGTAGTTCTCGAGCCTTGGTTTTCAGCGATGGAGAATGACTTTGACAAGCTGAGAGAAGNTNC
+SRR390728.1 1 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;;665142;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;96&&&&(
@SRR390728.2 2 length=72
AAGTAGGTCTCGTCTGTGTTTTCTACGAGCTTGTGTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGGGGGACTGGGT
+SRR390728.2 2 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;3;393.1+4&&5&&;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<9;<;;;;;464262
[saber@rockylinux8 ~]$本家様https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
githubhttps://github.com/s-andrews/FastQC
こちらもconda(bioconda)で用意できそう. https://anaconda.org/bioconda/fastqc
なので
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n fastqc fastqc -c biocondaっでインストールは完了
EnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/fastqc」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/sra-tools
prepend-path PATH $root/binテスト：
[saber@rockylinux8 ~]$ module use /apps/modulefiles
[saber@rockylinux8 ~]$ module load ngs/fastqc
[saber@rockylinux8 ~]$ fastqc
本家様 http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
github https://github.com/usadellab/Trimmomatic
こちらも conda(bioconda)で提供されているみたい. https://anaconda.org/bioconda/trimmomatic
なので
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n trimmomatic trimmomatic -c biocondaっでインストールは完了
EnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/trimmomatic」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/trimmomatic
prepend-path PATH $root/binテスト：
[saber@rockylinux8 ~]$ module use /apps/modulefiles
[saber@rockylinux8 ~]$ module load ngs/trimmomatic
[saber@rockylinux8 ~]$ trimmomatic -version
0.39
[saber@rockylinux8 ~]$本家様(github)https://github.com/alexdobin/STAR
こちらも bioconda https://anaconda.org/bioconda/star がある
なので
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n star star -c biocondaっでインストールは完了
EnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/star」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/star
prepend-path PATH $root/binテスト：
[saber@rockylinux8 ~]$ module use /apps/modulefiles
[saber@rockylinux8 ~]$ module load ngs/star
[saber@rockylinux8 ~]$ STAR --version
2.7.10b
[saber@rockylinux8 ~]$本家様 https://subread.sourceforge.net/
Subread, Subjunc, featureCounts, Sublong, exactSNPが含まれます
biocondaで準備ができます https://anaconda.org/bioconda/subread
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n subread subread -c biocondaEnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/subread」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/subread
prepend-path PATH $root/binテスト：
[saber@rockylinux8 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux8 ~]$ module load ngs/subread
[saber@rockylinux8 ~]$ ls /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/subread/bin/
detectionCall featureCounts genRandomReads qualityScores repair subjunc subread-align subread-fullscan
exactSNP flattenGTF propmapped removeDup subindel sublong subread-buildindex txUnique
[saber@rockylinux8 ~]$
[saber@rockylinux8 ~]$ featureCounts -v
featureCounts v2.0.1
[saber@rockylinux8 ~]$本家様 https://github.com/samtools
オリジナルのsamtoolsパッケージは htslib, samtools, bcftoolsに分かれたみたい.
htslib: C-library for handling high-throughput sequencing data. https://anaconda.org/bioconda/htslib
samtools: mpileup and other tools for handling SAM, BAM, CRAM. https://anaconda.org/bioconda/samtools
bcftools: calling and other tools for handling VCF, BCF. https://anaconda.org/bioconda/bcftools
これらそれぞれをインストールします
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n htslib htslib -c bioconda
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n samtools samtools -c bioconda
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n bcftools bcftools -c biocondaEnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/htslib」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/htslib
prepend-path PATH $root/bin「/apps/modulefiles/ngs/samtools」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/samtools
prepend-path PATH $root/bin「/apps/modulefiles/ngs/bcftools」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/bcftools
prepend-path PATH $root/bin本家様 https://github.com/marcelm/cutadapt
[Cutadapt removes adapter sequences from sequencing reads] (deepL様翻訳: Cutadaptはシーケンスリードからアダプター配列を除去する)
bioconda: https://anaconda.org/bioconda/cutadapt
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n cutadapt cutadapt -c biocondaEnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/cutadapt」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/cutadapt
prepend-path PATH $root/bin本家様 https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore
bioconda https://anaconda.org/bioconda/trim-galore
[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux8 ~]# conda create -n trim-galore trim-galore -c bioconda実行にはCutadaptとFastQCが必要みたい
EnvironmentModules：
「/apps/modulefiles/ngs/TrimGalore」
#%Module
module load ngs/cutadapt
module load ngs/fastqc
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/trim-galore
prepend-path PATH $root/bin本家様 https://prinseq.sourceforge.net/
bioconda https://anaconda.org/bioconda/prinseq
conda create -n prinseq prinseq -c bioconda「/apps/modulefiles/ngs/prinseq」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/prinseq
prepend-path PATH $root/bin本家様 https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
bioconda https://anaconda.org/bioconda/bowtie2
conda create -n bowtie2 bowtie2 -c bioconda「/apps/modulefiles/ngs/bowtie2」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/bowtie2
prepend-path PATH $root/bin本家様 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/
bioconda https://anaconda.org/bioconda/hisat2
conda create -n hisat2 hisat2 -c bioconda「/apps/modulefiles/ngs/hisat2」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/hisat2
prepend-path PATH $root/binhttps://github.com/qczhang/icSHAPE
本家様 https://github.com/shenwei356/seqkit
bioconda https://anaconda.org/bioconda/seqkit
conda create -n seqkit seqkit -c bioconda「/apps/modulefiles/ngs/seqkit」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/seqkit
prepend-path PATH $root/bin
