NVIDIA

nvidiaドライバを入れてみる

nvidiaドライバは、

「NVIDIAドライバダウンロード」ページからnvidiaドライバのみをインストール
https://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp
「CUDA Toolkit」ページでCUDAライブラリと共にnvidiaドライバをインストール
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads

の２つの経路があるのかなと思っている.
片方はドライバのみ、もう片方はcudaライブラリと共にnvidiaドライバをインストール.

前者を選ぶとcudaライブラリがインストールできないわけではない. あとで必要なcudaライブラリのみを入れればいい.
前者の利点は、最新のnvidiaドライバが利用できる. 後者は「どうせ後からcudaライブラリも使うから一緒に」なシーンかな.

anaconda/minicondaで構築するアプリは「nvidiaドライバ」のみでいい. なぜなら必要なcudaライブラリをcondaコマンドらで
cudatoolkitらの名前で自ら引き込むので. relionとかはそのソースしか提供しないので別途cudaライブラリを用意しておく必要がある.
なのでcryoSPARCも「nvidiaドライバ」さえ入っていればいい(v4.4以降)
NVIDIA/ubuntu

ではnvidiaドライバを淹れてみる.
現状確認

[root@centos7 ~]# uname -r
3.10.0-1160.el7.x86_64
 
[root@centos7 ~]# lspci -v |grep NVIDIA
13:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation Device 2531 (rev a1) (prog-if 00 [VGA controller])
        Subsystem: NVIDIA Corporation Device 151d
 
[root@centos7 ~]#

GUI環境のログイン画面であると、nvidiaドライバのインストール時に怒られる場合があるので、CUI環境モードに移行させておく
「systemctl isolate multi-user.target」の後で「rmmod nouveau」でもいいけど

[root@centos7 ~]# systemctl set-default multi-user.target

っで次に開発環境を用意する.
カーネル部分に関しては使用したusbに入っているkernel関連パッケージを利用するのもあり

[root@centos7 ~]# yum install kernel-devel-$(uname -r) kernel-headers-$(uname -r)
[root@centos7 ~]# yum groupinstall "Development Tools"
[root@centos7 ~]# yum install epel-release
[root@centos7 ~]# yum install dkms

あと、boot段階でnouveauを排除するようにしてからreboot

[root@centos7 ~]# vi /etc/default/grub
 :
GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=auto rhgb quiet"
 ↓
GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=auto rhgb quiet nouveau.modeset=0 modprobe.blacklist=nouveau"
 :
[root@centos7 ~]# grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
[root@centos7 ~]# grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/centos/grub.cfg
[root@centos7 ~]# reboot

boot後に「lsmod | grep nouveau」でnouveauがないことを確認します

[root@centos7 ~]# lsmod | grep nouveau

っでnvidiaドライバをインストール

[root@centos7 ~]# bash NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run --disable-nouveau --no-opengl-files --no-libglx-indirect --dkms
 
    For some distributions, Nouveau can be disabled by adding a file in the modprobe configuration directory.
    --> Yes -> OK
 
    Would you like to register the kernel module sources with DKMS? This will allow DKMS to automatically build a new module, if you install a different kernel later.
    --> Yes
 
    Install NVIDIA's 32-bit compatibility libraries?
    --> No
 
    Would you like to run the nvidia-xconfig utility to automatically update your X configuration file so that the NVIDIA X driver will be used when you restart X?
    --> No -> OK
    (ここをYesで選択したら「rm /etc/X11/xorg.conf」で削除. これがあるとXが正しく動かない)
 
[root@centos7 ~]#

確認は「nvidia-smi」が正しく出力されたら.

[root@centos7 ~]# nvidia-smi

あとはGUI環境に戻すとかで

[root@centos7 ~]# systemctl set-default graphical.target
[root@centos7 ~]# reboot

これで上手く行くみたい

ほか確認方法として「lshw」とかで NVIDIA が見つかればいいかなと.

[root@centos7 ~]# lshw -class display
  *-display
       description: VGA compatible controller
       product: SVGA II Adapter
       vendor: VMware
       physical id: f
       bus info: pci@0000:00:0f.0
       version: 00
       width: 32 bits
       clock: 33MHz
       capabilities: vga_controller bus_master cap_list rom
       configuration: driver=vmwgfx latency=64
       resources: irq:16 ioport:2040(size=16) memory:e8000000-efffffff memory:f9000000-f97fffff memory:ff300000-ff307fff
  *-display
       description: VGA compatible controller
       product: NVIDIA Corporation
       vendor: NVIDIA Corporation
       physical id: 0
       bus info: pci@0000:13:00.0
       version: a1
       width: 64 bits
       clock: 33MHz
       capabilities: pm msi pciexpress vga_controller bus_master cap_list
       configuration: driver=nvidia latency=248
       resources: irq:65 memory:fb000000-fbffffff memory:c0000000-cfffffff memory:d0000000-d1ffffff ioport:3000(size=128)
[root@centos7 ~]#

とか

削除†

nvidiaドライバをインストールしたからには削除も明記する必要があるかなと

nvidiaドライバの削除ですが、２通りあるかな. それはどうやってnvidiaドライバを入れたかに寄ります.

nvidia-uninstallで削除
yum/dnfで削除

↑

削除(nvidia-uninstallで)†

こちらはnvidiaドライバを「bash NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run」とかドライバのみを入れた場合です.
この時 uninstall向けのスクリプト「nvidia-uninstall」も一緒にインストールされます

っで削除手順

systemctl get-default                <--現在のモードを確認
 
systemctl isolate multi-user.target  <--もし「graphical.target」なら一時的にCUIモードに変更
 
systemctl stop nvidia-persistenced.service  <-- nvidia-persistenced を停止(もし使ってら)
 
lsmod | grep nvidia                         <-- カーネルにロードされている nvidia関連カーネルモジュール を見つける
 
rmmod nvidia_drm nvidia_modeset nvidia      <-- nvidia関連カーネルモジュールをカーネルから外す
                                                エラーがあるなら、「lsof | grep nvidia」でその噛んでいるプロセスを探して停止させて再度外す
                                                (slurmで噛んでいる時もあるので)
 
lsmod | grep nvidia                         <-- 再度確認します
 
nvidia-uninstall                            <-- っで削除コマンドを実行します
 
dkms status                                 <-- dkmsでエントリーがあるならそれも削除
dkms nvidia_drm nvidia/525.105.17 --all
 
lsinitrd | grep nvidia                      <-- /boot/initramfs でnvidia.ko らがあるか確認
 
(rm /lib/modules/3.10.0-1160.71.1.el7.x86_64/extra/nvidia.*) <-- あるならnvidia関連モジュールを削除
(dracut --force)                            <-- /boot/initramfsを作り直し

こんな感じで削除します

↑

削除(yum/dnf)†

こちらはCUDAと共にnvidiaドライバを入れた場合の削除方法かと.
コマンド「nvidia-uninstall」がなくて、「yum list installed」に「nvidia-driver-latest」パッケージがあるならこの方法かな.

systemctl get-default                <--現在のモードを確認
 
systemctl isolate multi-user.target  <--もし「graphical.target」なら一時的にCUIモードに変更
 
systemctl stop nvidia-persistenced.service  <-- nvidia-persistenced を停止(もし使ってら)
 
lsmod | grep nvidia                         <-- カーネルにロードされている nvidia関連カーネルモジュール を見つける
rmmod nvidia_drm nvidia_modeset nvidia      <-- カーネルモジュールを外して
lsmod | grep nvidia                         <-- 再度確認します. 外れない場合は「lsof | grep nvidia」でプロセスを探して停止させrmmodする.
 
yum remove nvidia-driver-latest -y          <-- nvidiaドライバを削除

これでnvidiaのカーネルモジュールが削除されます.

↑

nvidiaドライバのバージョンとCUDAライブラリ†

これが正しいかは不明ですが、各種nvidiaドライバを入れて、nvidia-smiを叩いて「CUDA Version:」の値を調べた

Driver Version	CUDA Version	メモ
535.xx.yy	12.2
530.xx.yy	12.1
525.60.11	12.0	RTX40x0対応
520.56.06	11.8	RTX4090対応のはじめ
515.76	11.7
515.65.01	11.7
510.85.02	11.6
510.47.03	11.6
470.141.03	11.4	Keplerの上限

RTX40x0を搭載するには520以上が必要. 520は新機能ブランチでNVIDIAの推奨である525以降を使った方がいいのかも

↑

nvidiaドライバをインストールしてからcudaライブラリをインストール†

https://developer.nvidia.com/cuda-downloadsから必要なcudaライブラリを入手します
こちらでは「 rpm (local) 」なファイル、

cuda-repo-rhel8-11-7-local-11.7.0_515.43.04-1.x86_64.rpm
とか
cuda-repo-rhel8-11-8-local-11.8.0_520.61.05-1.x86_64.rpm

なファイルを取得している. これから必要なライブラリは

yum localinstall cuda-repo-rhel7-11-7-local-11.7.0_515.43.04-1.x86_64.rpm
 
yum install cuda-toolkit-11-7

と「cuda-toolkit-<バージョン>」のみを淹れる

↑

ubuntuでnvidiaドライバを†

大抵はaptなんとかでnvidiaドライバのインストールはできるようですが、ここでは上のCentOSのように組み込みたいとおもう

root@ubuntu22:~# uname -r
5.19.0-35-generic
 
root@ubuntu22:~# cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.2 LTS"
 :
root@ubuntu22:~# apt install build-essential dkms

root@ubuntu22:~# vi /etc/default/grub
 :
GRUB_CMDLINE_LINUX=""
  ↓
GRUB_CMDLINE_LINUX="nouveau.modeset=0 modprobe.blacklist=nouveau"
 :
root@ubuntu22:~# update-grub
 
root@ubuntu22:~# systemctl set-default multi-user.target
root@ubuntu22:~# reboot

lsmodでnouveauがないことを確認して、

root@ubuntu22:~# lsmod |grep nouveau

その後にnvidiaドライバをインストールします

root@ubuntu22:~# bash /Public/cuda/NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run --disable-nouveau --no-opengl-files --no-libglx-indirect --dkms
 
root@ubuntu22:~# systemctl set-default graphical.target
root@ubuntu22:~# reboot

↑

persistence mode†

nvidia-smiと実行してしばらくして結果が表示される. これは nvidiaドライバがロードされてなく、nvidia-smiの実行で呼び込まれたからワンテンポ遅れて表示されるそうな
・・・でもlsmodでみるとnvidia.koはkernelに組み込まれている. それとは違った所での「ロード」なのだろうか？まぁそれはいいとして、
っでこの「ワンテンポ遅れる」のをさせず即座に応答させるには「persistence mode」を有効にするといいみたい。
現在の状態はというと

[root@centos7 ~]# nvidia-smi -q | grep "Persistence Mode"
    Persistence Mode                      : Disabled
[root@centos7 ~]#

と「Disabled」と無効となっている。これを有効にするには「nvidia-smi -pm 1」と実行する

[root@centos7 ~]# nvidia-smi -pm 1
Enabled persistence mode for GPU 00000000:13:00.0.
All done.
[root@centos7 ~]# nvidia-smi -q | grep "Persistence Mode"
    Persistence Mode                      : Enabled
[root@centos7 ~]#

っがどうやらこの方法はレガシーな方法のようで、今はもっとエレガントらしい。
参照先https://download.nvidia.com/XFree86/Linux-x86_64/510.47.03/README/nvidia-persistenced.html

ここから下記の中でnvidiaドライバと同じバージョンのソースを取得します
https://download.nvidia.com/XFree86/nvidia-persistenced/
ここでは

[root@centos7 ~]# nvidia-smi -q | grep "Driver Version"
Driver Version                            : 525.105.17
[root@centos7 ~]#

なので「nvidia-persistenced-525.105.17.tar.bz2」を取得します

[root@centos7 ~]# wget https://download.nvidia.com/XFree86/nvidia-persistenced/nvidia-persistenced-525.105.17.tar.bz2
 
[root@centos7 ~]# tar xf nvidia-persistenced-525.105.17.tar.bz2
[root@centos7 ~]# cd nvidia-persistenced-525.105.17/
 
[root@centos7 nvidia-persistenced-525.105.17]# make
 
[root@centos7 nvidia-persistenced-525.105.17]# make install
mkdir -p /usr/local/bin
install -m 755 _out/Linux_x86_64/nvidia-persistenced /usr/local/bin/nvidia-persistenced
mkdir -p /usr/local/share/man/man1
install -m 755 _out/Linux_x86_64/nvidia-persistenced.1.gz /usr/local/share/man/man1/nvidia-persistenced.1.gz
 
[root@centos7 nvidia-persistenced-525.105.17]#

次に自動で「persistence mode」を有効にするserviceをインストールします

[root@centos7 nvidia-persistenced-525.105.17]# cd init/
 
[root@centos7 init]# ./install.sh systemd

これで「nvidia-persistenced」ユーザが作られて、「nvidia-persistenced.service」が用意される.

[root@centos7 ~]# systemctl list-unit-files | grep nvidia
nvidia-hibernate.service                      enabled
nvidia-persistenced.service                   enabled
nvidia-powerd.service                         disabled
nvidia-resume.service                         enabled
nvidia-suspend.service                        enabled
[root@centos7 ~]#

一応「./install.sh systemd」でOS起動時に稼働する設定は施されている

[root@centos7 ~]# systemctl status nvidia-persistenced.service
● nvidia-persistenced.service - NVIDIA Persistence Daemon
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/nvidia-persistenced.service; enabled; vendor preset: disabled)
   Active: active (running) since Thu 2023-04-13 01:30:15 JST; 2min 32s ago
  Process: 2753 ExecStart=/usr/bin/nvidia-persistenced --user nvidia-persistenced (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 2755 (nvidia-persiste)
    Tasks: 1
   CGroup: /system.slice/nvidia-persistenced.service
           mq2755 /usr/bin/nvidia-persistenced --user nvidia-persistenced
 
Apr 13 01:30:14 centos7 systemd[1]: Starting NVIDIA Persistence Daemon...
Apr 13 01:30:14 centos7 nvidia-persistenced[2755]: Started (2755)
Apr 13 01:30:15 centos7 systemd[1]: Started NVIDIA Persistence Daemon.
[root@centos7 ~]#

「nvpd_rpc.h:9:10: fatal error: rpc/rpc.h: No such file or directory」と言われたらlibtirpc-develを「dnf --enablerepo=devel install libtirpc-devel」として入れる

↑

備考†

下記コマンドでの違いについて
「bash /Public/cuda/NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run --disable-nouveau --no-opengl-files --no-libglx-indirect --dkms」
「bash /Public/cuda/NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run」
引数をを入れた場合(左) と何も引数を入れない場合(右) の差

/usr/lib/modprobe.d
 nvidia-installer-disable-nouveau.conf          -
 
/usr/lib64/xorg/modules/extensions/
 -                                              libglxserver_nvidia.so.525.105.17
 
/usr/lib64/
                                                libEGL_nvidia.so.525.105.17
                                                libGLESv1_CM_nvidia.so.525.105.17
                                                libGLESv2_nvidia.so.525.105.17
                                                libGLX_nvidia.so.525.105.17
                                                libnvidia-eglcore.so.525.105.17
                                                libnvidia-egl-gbm.so.1.1.0
                                                libnvidia-egl-wayland.so.1.1.10
                                                libnvidia-glcore.so.525.105.17
                                                libnvidia-glsi.so.525.105.17
                                                libnvidia-glvkspirv.so.525.105.17
                                                libnvidia-ngx.so.525.105.17
                                                libnvidia-rtcore.so.525.105.17
                                                libnvidia-tls.so.525.105.17
                                                libnvidia-vulkan-producer.so.525.105.17
                                                libnvoptix.so.525.105.17
/usr/share/glvnd/egl_vendor.d/
 -                                              10_nvidia.json
 
/usr/share/egl/egl_external_platform.d/
                                                10_nvidia_wayland.json
                                                15_nvidia_gbm.json
/etc/modprobe.d/
 nvidia-installer-disable-nouveau.conf

「--disable-nouveau --no-opengl-files --dkms」とすると「10_nvidia.json」含まれた

{
    "file_format_version" : "1.0.0",
    "ICD" : {
        "library_path" : "libEGL_mesa.so.0"
    }
}

↑

expertでインストール†

どうやらこの辺になると上級者っぽい

NVIDIA-Linux-x86_64-515.105.01.run --expert

↑

消費電力を下げてみる†

(オプション)どうも計算中にコケるので試してみた. GPUカードによっては指定値に範囲があるみたい.

[root@xxxxx ~]# nvidia-smi --power-limit=125
Power limit for GPU 00000000:08:00.0 was set to 125.00 W from 250.00 W.
Power limit for GPU 00000000:09:00.0 was set to 125.00 W from 250.00 W.
Power limit for GPU 00000000:43:00.0 was set to 125.00 W from 250.00 W.
Power limit for GPU 00000000:44:00.0 was set to 125.00 W from 250.00 W.
All done.
[root@xxxxx ~]#

手元にあるRTX A2000(6GB)で調べると

[root@rockylinux9 ~]# nvidia-smi -q
 :
    GPU Power Readings
        Power Draw                        : 24.26 W
        Current Power Limit               : 70.00 W
        Requested Power Limit             : 70.00 W
        Default Power Limit               : 70.00 W
        Min Power Limit                   : 10.00 W
        Max Power Limit                   : 70.00 W
 :
[root@rockylinux9 ~]#

最低値は10Wに定義できるそうな
っで現実的な値「nvidia-smi --power-limit=40」としても再起動すれば元に戻る. これを再起動しても同じ値にるすには？
やっぱりsystemdを立てるのがいいみたい

[root@rockylinux9 ~]# vi /usr/lib/systemd/system/nvidia-powerlimit.service
[Unit]
Description=set cap power usage of GPU
Wants=syslog.target
After=nvidia-persistenced.service
 
[Service]
Type=forking
User=root
Restart=on-abort
ExecStart=/usr/bin/nvidia-smi --power-limit=40
 
[Install]
WantedBy=multi-user.target
 
[root@rockylinux9 ~]#
[root@rockylinux9 ~]# systemctl daemon-reload
[root@rockylinux9 ~]# systemctl enable nvidia-powerlimit.service --now

いちいち「/usr/lib/systemd/system/nvidia-powerlimit.service」を弄るハードコーディングは微妙ですが、単純で明確ならいいのかなと
問題があるなら「systemd-analyze plot > plot.svg」で起動順とか調べてみる

↑

VirtualGL†

VirtualGLを使い場合、nvidiaドライバー由来のopenglファイルが必要のようで

bash /Public/cuda/NVIDIA-Linux-x86_64-525.105.17.run --disable-nouveau           --dkms

と「--no-opengl-files --no-libglx-indirect」を外して入れる必要がります

御品書き
■samba スキーマ拡張
ユーザ登録(1,2)
win参加 RSAT lin参加

ホームディレクトリ
 共有フォルダ(1)
VSS DC追加 GPO SSO
透過的ファイル圧縮
 Server-Side Copy
ルータ超え時刻同期
 ログオンスクリプト
 NAS参加(1) NFS DFS
Mac参加(NFS)
ownCloud
リモートディスクトップ
 ディスクトップ
 smb3マルチチャンネル
 backup
メモ OpenAM
samba/LDAP XP
nisでsmb
admin-tools

■FreeIIPA
サーバ nfs
client ユーザ登録
 パスワードポリシー

■ＬＤＡＰ
構築参照登録接続
 qnap smb 複数smb
smbldap-passwd
バックアップ UpGrade
ldapAccountManager
memberOf ApacheDirectoryStudio
autofs

■windowsServer
ユーザ登録 Lin参加
 nfsサーバ

■windows11
WSLg CUDA
WSL-RockyLinux
■windows10
WSL2

■nis nfs
nis with kerberos

■ＡＰＰＬＥ
 ユーザ管理 LDAP .
X11 VNC ODBC
Fink MacPorts Xcode
TimeMachine GCC uid
仮想化

■電顕
 Relion Frealign
EMAN2 ctffind
MotionCor2 Gctf
Gautomatch
Xmipp Scipion
cisTEM cryoSPARC
ChimeraX IMOD
ResMap em2em
Focus
Appion Leginon
OpenSerialEM
画像変換
 Gwatch silo Eos
CueMol crYOLO
Warp Fiji
CCP-EM
TranSPHIRE
Cinderella
JANNI
Bsoft gP2S
PyTom Dynamo
emClarity
SIDESPLITTER
topaz
ISAC
PyEM
cryoDRGN 3DFSC
EPU_group_AFIS
DeepEMhancer
MiRPv2 servalcat
Deepfinder
reliosparc
SPRING
ModelAngelo

■ジョブ管理
OpenPBS slurm
TORQUE SGE
parallel

■Ｘ線結晶構造解析
 立体視
 ccp4 coot PyMOL
cns Phenix XDS
KAMO
Amber MicroED

■構造式検索
RDKit(Cartridge,DB)
OpenBabel(Cartridge,DB構築,登録)
SciTouchBingo
Depict CDK

■web
dhtmlx wdCalendar CMS SharePoint httpd nginx certbot japan-map pukiwiki

■AERS

■データベース
●FileMaker
●MSSQL (鯖 ,蔵)
●ORACLE

■仮想化
docker VMware
Singularity
QEMU libvirt vm作成
 vmHDD拡張 oVirt
bridge-net

■ストレージ
MegaRAID
AdaptecRAID
LVM soft-RAID(1)
HighAvailability

■ファイルシステム
NFS
Ceph
btrfs,OpenZFS,GFS2
OCFS2,Lustre,
BeeGFS,GlusterFS(2)
xfs CacheFS
LizardFS DRBD
OrangeFS
Gfarm
ACL

■言語
oneAPI
bash
CUDA NVIDIA
Ｒ
 python
Jupyter
Java
php PhpSpreadsheet
gcc devtoolset
OpenMPI

■アプリ管理
EnvironmentModules

■リモートアクセス
NoMachine
vnc noVNC
xrdp Remmina
VirtualGL
Guacamole
WireGuard
OpenVPN
TeamViewer AnyDesk
ssh

■X11
Xming VcXsrv
仮想フレームバッファ

■ファイル転送
lsyncd Aspera
inotify-tools
encryption
progress
rsync

■Bio
Alphafold
localcolabfold
RoseTTAFold
RaptorX-3DModeling
MODELLER
namd gromacs
I-TASSER

■コード管理
Jetty GitBucket

■システム管理
ipmi cacti Zabbix
Nagios Hinemos
IPMIView snmp
Webmin

visudo
ntp
dhcp dnsmasq
Radius

■firewall
iptables router

■(XML系)
xmllint

■(他)
cygwin Browse
全文検索 Top 矩形貼付
 UnixBench wget
pandoc
Remmina
Rocket.Chat
pigz

■OS
RockyLinux9
CentOS8
CentOS(メモ,2,3,4)
CentOS6 yum
ubuntu(zfs)
FreeBSD
kickstart Ansible
proxy リポジトリ
 FreeNAS,NAS4Free

■未分類
リンクサーバ
 MySQL削除
 CalenderServer
ooffice自動 pt2
認証 bind
アプリケーション配置
 地域メッシュコード

DiCE

瑣末なこと
 isoファイル
 不良セクタの直し方
 消えたNIC mail

■バックアップ
 rsnapshot,VTL,LTFS
Bacula

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