本家様 https://openbabel.org/ 寄付をするならhttps://opencollective.com/openbabel
github https://github.com/openbabel/openbabel

Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data.
(deepL先生訳: Open Babelは、化学データの様々な言語を話すように設計された化学ツールボックスである。)

構造式を色々なフォーマットに変換してくれるツールだったのだが、構造最適化とかもできる優れもの. PyMOLなら描画もできて最適化も出来るけど

インストール

githubでopenbabelのソースを取得します。
github側で「pip install openbabel」でできるとあるが、ソースの事前準備とかあるみたいなので、簡単にソースからbuildしてみた

[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx)
 
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel install wxBase3-devel cairo-devel eigen3-devel rapidjson-devel wxGTK3-devel cmake boost-devel
 
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]#
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/openbabel/openbabel
[root@rockylinux9 src]# cd openbabel
 
[root@rockylinux9 openbabel]# mkdir build ; cd build
 
[root@rockylinux9 build]# cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/openbabel-3.1.1 -DENABLE_OPENMP=ON -DBUILD_GUI=ON
 
[root@rockylinux9 build]# make; make test
 :
228/228 Test #228: pytest_RInChI ....................   Passed    0.60 sec
 
100% tests passed, 0 tests failed out of 228
 
Total Test time (real) =  31.01 sec
 
[root@rockylinux9 build]# make install

EnvironmentModules

「/apps/modulefiles/openbabel」

#%Module1.0
set          root            /apps/openbabel-3.1.1
prepend-path PATH            $root/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib64

使う

[illya@rockylinux9 ~]$ module load openbabel
 
[illya@rockylinux9 ~]$ obgui

でGUIが立ち上がります
2024y06m08d_184342951.png

まぁーGUIで操作せずに、コマンドラインでほぼほぼ処理するからいいのでしょうけど。

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Last-modified: 2024-06-08 (土) 18:44:06