本家様 http://openbabel.org/wiki/Main_Page

各種分子フォーマットの変換ツールだと思ってたのですが、
構造式検索やら、構造最適化(エネルギー極小化計算)、配座解析な事もできるそうな。
記述子演算も可能で、、まぁーすごいです。

OpenBabel/win32
  このOpenBabelをwindows向けにコンパイルして作る
OpenBabel/win64
  x64の場合

Cartridge
  このOpenBabelを検索エンジンとしてデータベース(MySQL)に組み込んで使ってみる
CartridgeWin
  WindowsOSで使えるCartridgeを作ってみた(失敗)

v230
  旧バージョン

OpenBabel-2.3.1

LinuxでOpenBabelアプリケーションのGUI版を作ってみる。

テスト
ディスクトップ画面でX端末を開き、/opt/openbabel/bin/obguiと入力すると、OpenBabelの画面が立ち上がる。
2014y05m02d_013856626.png
相変わらずの、、、、ちょっとはウィンドウサイズと連動してほしいものなのだが、、、

pybel

pythonからOpenBabelを使用することができます。同様にRubyからも。
ここではpythonからOpenBabelを使用するpybelをインストールします。

pythonの開発環境をインストールして

[root@c3 ~]# yum -y install python-devel

それから

[root@c3 ~]# cd /opt/src/
[root@c3 src]# mkdir openbabel-build-pybel; cd openbabel-build-pybel
 
[root@c3 openbabel-build-pybel]#
[root@c3 openbabel-build-pybel]# cmake ../openbabel-2.3.1 \
                  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/openbabel-pybel-231 \
                  -DPYTHON_BINDINGS=ON \
                  -DEIGEN2_INCLUDE_DIR=/opt/eigen2/include/eigen2 \
                  -DPYTHON_INCLUDE_PATH=/usr/include/python2.6 \
                  -DPYTHON_LIBRARY=/usr/lib64/python2.6
 
(中略)
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /opt/src/openbabel-build-pybel
 
[root@c3 openbabel-build-pybel]# make; make install

configureを再確認したければ、 cmake ../openbabel-2.3.1 -L と入力します
*別にGUI版のcmakeの際に、上記を加えても構わない。ここでは別物として扱っている。

テスト。

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[root@c3 ~]# export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openbabel-pybel-231/lib
[root@c3 ~]# export PYTHONPATH=/opt/openbabel-pybel-231/lib64/python2.6/site-packages
 
[root@c3 ~]# python
Python 2.6.6 (r266:84292, Jan 22 2014, 09:42:36)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
>>> import pybel
>>> import openbabel
>>> mol = pybel.readstring( "smi", "C1CCCCC1C(=O)O")
>>> mol.draw( show=False, filename="cyclohexanecarboxylic_acid.png")
>>> quit()
[root@c3 ~]#

こんな絵が作れます。

2014y05m02d_115057569.png
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Last-modified: 2014-05-02 (金) 11:52:41