本家様 https://openbabel.org/ 寄付をするならhttps://opencollective.com/openbabel
github https://github.com/openbabel/openbabel

Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data.
(deepL先生訳: Open Babelは、化学データの様々な言語を話すように設計された化学ツールボックスである。)

構造式を色々なフォーマットに変換してくれるツールだったのだが、構造最適化とかもできる優れもの. PyMOLなら描画もできて最適化も出来るけど

インストール

githubでopenbabelのソースを取得します。
github側で「pip install openbabel」でできるとあるが、ソースの事前準備とかあるみたいなので、簡単にソースからbuildしてみた

[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx)
 
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel install wxBase3-devel cairo-devel eigen3-devel rapidjson-devel wxGTK3-devel cmake boost-devel
 
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]#
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/openbabel/openbabel
[root@rockylinux9 src]# cd openbabel
 
[root@rockylinux9 openbabel]# mkdir build ; cd build
 
[root@rockylinux9 build]# cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/openbabel-3.1.1 -DENABLE_OPENMP=ON -DBUILD_GUI=ON
 
[root@rockylinux9 build]# make; make test
 :
228/228 Test #228: pytest_RInChI ....................   Passed    0.60 sec
 
100% tests passed, 0 tests failed out of 228
 
Total Test time (real) =  31.01 sec
 
[root@rockylinux9 build]# make install

EnvironmentModules

「/apps/modulefiles/openbabel」

#%Module1.0
set          root            /apps/openbabel-3.1.1
prepend-path PATH            $root/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib64

使う

[illya@rockylinux9 ~]$ module load openbabel
 
[illya@rockylinux9 ~]$ obgui

でGUIが立ち上がります
2024y06m08d_184342951.png

まぁーGUIで操作せずに、コマンドラインでほぼほぼ処理するからいいのでしょうけど。

最新の60件
2024-06-14 2024-06-12 2024-06-11 2024-06-10 2024-06-08
  • OpenBabel
2024-06-07 2024-06-06 2024-06-02 2024-06-01 2024-05-30 2024-05-16 2024-04-26 2024-04-18 2024-04-15 2024-04-11 2024-04-06 2024-04-05 2024-03-30 2024-03-29 2024-03-19 2024-03-17 2024-03-15 2024-03-06 2024-03-05 2024-03-03 2024-02-23 2024-02-22 2024-02-21 2024-02-20 2024-02-19 2024-02-18 2024-02-13 2024-02-12 2024-02-09 2024-02-04 2024-02-03 2024-01-31 2024-01-30 2024-01-29 2024-01-28 2024-01-22 2024-01-16

edit


トップ   編集 差分 履歴 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2024-06-08 (土) 18:44:06