![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 https://openbabel.org/
寄付をするならhttps://opencollective.com/openbabel
github https://github.com/openbabel/openbabel
Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data.
(deepL先生訳: Open Babelは、化学データの様々な言語を話すように設計された化学ツールボックスである。)
構造式を色々なフォーマットに変換してくれるツールだったのだが、構造最適化とかもできる優れもの. PyMOLなら描画もできて最適化も出来るけど
githubでopenbabelのソースを取得します。
github側で「pip install openbabel」でできるとあるが、ソースの事前準備とかあるみたいなので、簡単にソースからbuildしてみた
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel install wxBase3-devel cairo-devel eigen3-devel rapidjson-devel wxGTK3-devel cmake boost-devel
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]#
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/openbabel/openbabel
[root@rockylinux9 src]# cd openbabel
[root@rockylinux9 openbabel]# mkdir build ; cd build
[root@rockylinux9 build]# cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/openbabel-3.1.1 -DENABLE_OPENMP=ON -DBUILD_GUI=ON
[root@rockylinux9 build]# make; make test
:
228/228 Test #228: pytest_RInChI .................... Passed 0.60 sec
100% tests passed, 0 tests failed out of 228
Total Test time (real) = 31.01 sec
[root@rockylinux9 build]# make install「/apps/modulefiles/openbabel」
#%Module1.0
set root /apps/openbabel-3.1.1
prepend-path PATH $root/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib64[illya@rockylinux9 ~]$ module load openbabel
[illya@rockylinux9 ~]$ obguiでGUIが立ち上がります
まぁーGUIで操作せずに、コマンドラインでほぼほぼ処理するからいいのでしょうけど。
