OpenPBS/job

#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -l nodes=2:ppn=8       # 「select=2:ncpus=8」
#PBS -N class2djob
#PBS -j oe
 
cd $PBS_O_WORKDIR
 
source /Appl/.relion/3.0-beta-2.icc
 
date '+%y%m%d %H:%M:%S'
SECONDS=0
mpirun --display-map --bind-to socket --mca plm_rsh_agent rsh --mca btl tcp,self --map-by socket \
--machinefile $PBS_NODEFILE --np 5 `which relion_refine_mpi` \
--i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref \
--iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling 1 \
--healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o gpu/benchmark \
--scratch_dir /scratch/benchmark --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 4
 
printf "%02d:%02d:%02d\n" $(($SECONDS/3600)) $((($SECONDS%3600)/60)) $(($SECONDS%60))
date '+%y%m%d %H:%M:%S'

#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -l nodes=gpu1+gpu2:ncpus=16
#PBS -N class3djob
#PBS -j oe
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