OpenSerialEM

電子顕微鏡に繋がってないPC環境で、作ったOpenSerialEMを起動してみる。
参照先:http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/stableHlp/html/setting_up_serialem.htm

*本来なら繋がっていることが前提かと思いますが、ここでは単に「起動する」、「メニュー項目の確認」が目的なので仮想マシンで作ってます

環境整備

単純に参照先に従って稼働環境を作り、本家リリース版を/DUMMYモードで起動させ、動作確認後に自作したOpenSerialEM版に差し替えるのが正しい方法かと思います。

まず本家リリース版のインストール方法ですが、
参照先に従って「http://bio3d.colorado.edu/ftp/SerialEM/」から「SerialEM_3-x-x.exe」をダウンロードします。
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このファイルはWinRARで作成された自己解凍プログラムのようで、ダブルクリックすると
下図のような画面が表示されて、そのまま「Extract」ボタンを押下します。
2017y08m19d_142100365.png

するとC:\Program Files\SerialEMが新たに作成され、そこにサブフォルダ「SerialEM_3-6-11_32」が置かれる
2017y08m19d_142607429.png

このサブフォルダ内に「install.bat」ファイルがあり、これをダブルクリックします。
するとコマンドプロンプトの画面が現れ
2017y08m19d_143428866.png
「Do you want to install the plugin for accessing an FEI scope remotely? [y/n]」
と問われるが、使わないのでキーボードの「n」を入力して、Enterを押下します。
すると今度は
「Do you want to install the plugin for accessing a Hitachi scope remotely? [y/n]」
と問われる。これも使わないので同じように「n」を押下して、Enterを押下します。

画面に「All Done」と現れインストールが完了します。何かボタンを押下してコマンドプロンプト画面を終了させます。
2017y08m19d_143806552.png

この段階でC:\Program Files\SerialEMは下図のようになります。
2017y08m19d_144103668.png

次に、「Framework File」を用意します
本家のダウンロードサイトの「Frameworks」フォルダにあるGenericFramework.exeを入手します。
入手したGenericFramework.exeは WinZip の自己解凍プログラムで、
ダブルクリックで起動すると下記画面が表示される
2017y08m19d_144618332.png

そのまま「Unzip」ボタンを押下して、8枚のファイルがインストールされます。
2017y08m19d_144755571.png
「OK」ボタンを押下して、元の画面に戻って「Close」ボタンの押下で完了させる

この段階でC:\Program Files\SerialEMは下図のようになります。
2017y08m19d_145215792.png

次に「SerialEMproperties.txt」を修正します
39行目に「# INSERT CAMERA PROPERTIES」とあり、その下40行目の場所に「camera properties file」の中身を差し込みます。
「camera properties file」は本家ダウンロードサイトの「Tools」フォルダに複数用意されて「XXXXproperties.txt」が
それに該当します。(GenericProperties.txtを除く。GenericProperties.txtはテンプレートファイル)

ここでは「FEIcamProperties.txt」を使いました。
具体的には、「FEIcamProperties.txt」の中身を全てコピーして、「SerialEMproperties.txt」の40行目に
差し込みました。
「WinMerge」アプリで表示するとこんな感じ
2017y08m19d_151239712.png

差し込んだテキストの末尾はこんな感じ
2017y08m19d_151518333.png

次に、「magnification table file」の差込を行う。場所は「#MagnificationTable 39」と書かれた場所以降に。
差し込む内容は同じく本家ダウンロードサイトの「Tools」フォルダの「MagTableXXXXX.txt」のようなファイル。
ここでは「MagTable120-GIF.txt」ファイルを使って差込を行った。
同じように「WinMerge」で表示すると
2017y08m19d_152849983.png

末尾は
2017y08m19d_152956021.png

これで環境整備は完了
*これは電子顕微鏡との連携無しでSerialEM.exeを単独起動させるための設定です。連携した本番ではないことに留意してください

起動

コマンドプロンプトを立ち上げて

> "C:\Program Files\SerialEM\SerialEM.exe" /DUMMY

にて起動します。

2017y08m19d_161929307.png
バージョン番号が 3.6.11

作ったOpenSerialEMと差し替える

SerialEMを停止させ、OpenSerialEMのSerialEM.exeと差し替える
オリジナル
2017y08m19d_154635794.png

差し替えた
2017y08m19d_155947756.png

それで、先のように「"C:\Program Files\SerialEM\SerialEM.exe" /DUMMY」と起動すると、
2017y08m19d_160011103.png

と表示されたが、これは「Visual Studio 2013 の Visual C++ 再頒布可能パッケージ」をインストールすれば回避される
https://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=40784

っで起動してみた
2017y08m19d_161748544.png
バージョン番号が 3.7.0 beta である。


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Last-modified: 2017-08-19 (土) 16:21:12 (32d)