Phenix

過去記事xray/Phenix200716

本家様 https://www.phenix-online.org/
リリース状況 https://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi

最近だとcryoem系も対応されているみたい.

ここではphenixをCentOS8にインストールしてみた.

入手†

アプリケーションを入手するためにはユーザ登録が必要で、http://www.phenix-online.org/phenix_request/index.cgiからその登録を行う
登録が完了すると登録したメールアドレスにログインユーザ名とパスワードが送られる。

それを使って、ダウンロードページhttps://www.phenix-online.org/download/の
Downloadリンクボタンを押下して認証を進めます。

ダウンロード可能なファイルはLinux, macOS, windows毎に用意されている。

ここでは「phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz」を取得した

↑

展開†

取得したファイルをまずは展開します

[root@centos8 ~]# cd /apps/src/
[root@centos8 src]# tar xzf phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
[root@centos8 src]# cd phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/
 
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#

っで、普通ならinstallコマンドを実行すればそれで終わりなのだが、、、

[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --prefix=/apps
./install: line 15: /usr/bin/python: No such file or directory
 
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#

と無碍なく終わる.
インストールスクリプトの中身を確認すると

[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# cat install
#!/bin/bash
if [ -z "$PYTHON_EXE" ]; then
  PYTHON_EXE='/usr/bin/python'
  if [ -f "/usr/bin/python2.7" ]; then
    PYTHON_EXE='/usr/bin/python2.7'
  elif [ -f "/usr/bin/python2.6" ]; then
    PYTHON_EXE='/usr/bin/python2.6'
  elif [ -f "/usr/bin/python2" ]; then
    PYTHON_EXE='/usr/bin/python2'
  elif [ -f "./conda_base/bin/python" ]; then
    PYTHON_EXE='./conda_base/bin/python'
  fi
fi
unset CONDA_PREFIX
$PYTHON_EXE ./bin/install.py $@
 
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#

とある. 現状まだpython3には対応されていないご様子.
CentOS8のpython2.7環境は標準では用意されていないので、まずはそこから準備します

[root@centos8 ~]# dnf install python2

その上でインストールを試みると

[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --prefix=/apps
 
    ==========================================================================
                          Phenix Installation
 
                          version: 1.18.2-3874
                     machine type: intel-linux-2.6-x86_64
                       OS version: 4.18.0-193.6.3.el8_2.x86_64
                      destination: /apps/phenix-1.18.2-3874
                  # of processors: 4
    =========================================================================
 
/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory
Traceback (most recent call last):
  File "./bin/install.py", line 244, in <module>
    installer(sys.argv[1:]).install()
  File "/apps/src/phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/lib/libtbx/auto_build/install_distribution.py", line 200, in install
    self.install_from_binary()
  File "/apps/src/phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/lib/libtbx/auto_build/install_distribution.py", line 335, in install_from_binary
    subprocess.check_call([unpack_cmd])
  File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 190, in check_call
    raise CalledProcessError(retcode, cmd)
subprocess.CalledProcessError: Command '['./bin/conda-unpack']' returned non-zero exit status 127
 
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#

と言われてしまう...

「/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory」

なので、python は python2 を示すように調整する。使うのは「alternatives」コマンド

[root@centos8 ~]# alternatives --config python
 
There are 3 programs which provide 'python'.
 
  Selection    Command
-----------------------------------------------
*+ 1           /usr/libexec/no-python
   2           /usr/bin/python3
   3           /usr/bin/python2
 
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 3     <--[3]と入力
 
[root@centos8 ~]#
[root@centos8 ~]# python -V
Python 2.7.17
 
[root@centos8 ~]#

このように「python」と打てば python2 が対応するようになる.

再びインストールを試みる

[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# rm -rf /apps/phenix-1.18.2-3874/  <-- 一度削除する
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --prefix=/apps
 :
 :
==========================================================================
 
                      PHENIX installation complete
                      ----------------------------
 
 You can begin using PHENIX now by setting your environment with the
 'source' command:
 
   csh users:
     source /apps/phenix-1.18.2-3874/phenix_env.csh
 
   bash users:
     source /apps/phenix-1.18.2-3874/phenix_env.sh
 
 To use PHENIX, go to a work directory and type:
 
   phenix
 
 You may wish to put the source statement in your .cshrc or .bashrc
 file.
 
 
 
**************************
* Installation complete! *
**************************
 
[root@centos8 phenix-installer-1.18.2-3874-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#

っでうまく行ったみたい.

↑

ubuntu20.04の上にphenix†

とある理由でsingularityの中で作ることになった
っで製作

illya@ubuntu:~$ singularity build --sandbox ubuntu20.04 docker://ubuntu:20.04
illya@ubuntu:~$
illya@ubuntu:~$ singularity shell --writable --fakeroot --bind /Public/:/mnt/ ./ubuntu20.04/
Singularity> id
uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)
Singularity> 
Singularity> pwd
/root
Singularity> apt update
Singularity> apt install xserver-xorg
Singularity> apt install locales
Singularity> apt install vim
 
Singularity> mkdir /apps
 
Singularity> cp /mnt/phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz .
Singularity> tar xf phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
Singularity> cd phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6
Singularity> ./install --prefix=/apps
 
Singularity> vi /etc/locale.gen
 
 (en_GBの全てとen_US.UTF-8を有効にします)
 
Singularity> locale-gen
Generating locales (this might take a while)...
  en_GB.ISO-8859-1... done
  en_GB.ISO-8859-15... done
  en_GB.UTF-8... done
  en_US.UTF-8... done
Generation complete.
Singularity>
Singularity> exit
exit
illya@ubuntu:~$
 
illya@ubuntu:~$ cat ubuntu20.04/apps/phenix-1.20.1-4487/phenix_env.sh >> ubuntu20.04/environment
 
illya@ubuntu:~$ singularity build --fakeroot ubuntu20.04-phenix-1.20.1.sif ubuntu20.04/

使う

illya@ubuntu:~$ singularity exec ./ubuntu20.04-phenix-1.20.1.sif phenix

↑

rockylinux9.2のSingularityでphenix†

[illya@slurm ~]$ vi phenix.def
BootStrap: docker
From: rockylinux:9.2
 
%post
  dnf install libXxf86vm langpacks-en -y
  cd /usr/local
  curl -O http://c/em/phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz  <-- 内部に建てたemリポジトリ
  tar xf phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
  cd ./phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/
  ./install --prefix=../
  cd ..
  rm -rf phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6
  rm -rf phenix-installer-1.20.1-4487-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
 
%environment
  export PHENIX=/usr/local/phenix-1.20.1-4487
  export PHENIX_VERSION=1.20.1-4487
  export PATH=/usr/local/phenix-1.20.1-4487/build/bin:$PATH
 
[illya@slurm ~]$
[illya@slurm ~]$ singularity build --fakeroot phenix.sif phenix.def
[illya@slurm ~]$
[illya@slurm ~]$ singularity exec ./phenix.sif phenix

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