PyMOL

本家様 http://pymol.org/
シュレーディンガー社様から販売されております. 一方でそのオープンソース版が存在していてここではそのオープンソース版を作ってみました.
https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

有償版PyMOLはopen source版よりも機能が強化されてます
windowsOS向けopen source版は試してないです..

ver3.1.0になったので改めて作ってみた.
RHEL系はOSに直に作るのは難しいみたい. 直前の3.1.0a0ならいけたけど、今後はcondaの上で作る事にします.
ubuntu22はPyMOLのWorkflowに載っているのですんなり行ける. けどubuntu24.04はテストrunが出来なかった.

Rockylinux10†

condaでコンパイル環境を作って実行したが「__cxa_call_terminate」のundefined symbolで起動しない.
恐らくcondaのコンパイル環境の問題っぽいのでOS上に作ってみた

dnf install epel-release -y
dnf config-manager --enable crb
dnf install xcb-util-wm xcb-util-image xcb-util-keysyms xcb-util-renderutil -y
dnf install https://dl.rockylinux.org/pub/rocky/9/devel/x86_64/os/Packages/g/glm-devel-0.9.9.8-3.el9.noarch.rpm -y
dnf --enablerepo=devel install cmake netcdf-devel glew-devel libpng-devel   libxml2-devel freetype-devel catch2-devel msgpack-devel python3-qt5-devel python3-devel python3-numpy -y
wget -nv https://anaconda.org/schrodinger/collada2gltf/2.1.4/download/linux-64/collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
bzip2 -cd collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2 | tar xf - -C /usr/local
rm -rf collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
git clone --depth 1 https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cp -R mmtf-cpp/include/mmtf* /usr/local/include
rm -rf mmtf-cpp
 
cd /apps/src/
git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
cd pymol-open-source/
python3 setup.py install --prefix=/apps/pymol

修正「/apps/pymol/bin/pymol」

exec "/usr/bin/python3" "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"
 
exec "/usr/bin/python3" "/apps/pymol/lib64/python3.12/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"

/apps/modulefiles/pymol

#%Module1.0
set root /apps/pymol
prepend-path PATH        $root/bin
prepend-path PYTHONPATH  $root/lib64/python3.12/site-packages

↑

Rockylinux9†

既定のpythonは3.9 で gcc は gcc-11.5

(OSパッケージの追加インストールと関連アプリのインストール)
dnf groupinstall "Development Tools" -y
dnf install epel-release -y
dnf install xcb-util-wm xcb-util-image xcb-util-keysyms xcb-util-renderutil -y
dnf --enablerepo=devel install cmake netcdf-devel glew-devel glm-devel libpng-devel libxml2-devel freetype-devel catch2-devel msgpack-devel -y
 
wget -nv https://anaconda.org/schrodinger/collada2gltf/2.1.4/download/linux-64/collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
bzip2 -cd collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2 | tar xf - -C /usr/local
rm -rf collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
 
git clone --depth 1 https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cp -R mmtf-cpp/include/mmtf* /usr/local/include
rm -rf mmtf-cpp/
 
(pyenv-anacondaの敷設)
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0

[root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n pymol-open-source python=3.10 openldap pyqt qt biopython msgpack-python vtk-m=2.3=cuda* -y
[root@rockylinux9 ~]# conda activate pymol-open-source
 
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 src]# cd pymol-open-source/
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 pymol-open-source]#

ここで vtk-m を有効にするためにちょいとソースコードを修正します

diff --git a/layer0/ContourSurf.cpp b/layer0/ContourSurf.cpp
index 143ce83a..380fcf04 100644
--- a/layer0/ContourSurf.cpp
+++ b/layer0/ContourSurf.cpp
@@ -82,7 +82,7 @@ using ::copysign;
 
 #include <vtkm/Version.h>
 #include <vtkm/cont/DataSetBuilderUniform.h>
-#include <vtkm/filter/Contour/Contour.h>
+#include <vtkm/filter/contour/Contour.h>
 
 #include <cassert>
 #include <set>

その上で

(pymol-open-source) [root@rockylinux9 pymol-open-source]#
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 pymol-open-source]# INCFLAGS="-I/apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/pymol-open-source/include/vtkm-2.3" \
     pip install --prefix=/apps/pymol --config-settings use-vtkm=2.3 --config-settings use-openmp=true  .
 
(pymol-open-source) [root@rockylinux9 pymol-open-source]#

EnvironmentModules は下記になる.
「/apps/modulefiles/pymol」

#%Module1.0
set root /apps/pymol
prepend-path PATH        $root/bin
prepend-path PYTHONPATH  $root/lib/python3.10/site-packages

↑

Rockylinux8†

condaで仮想環境を作りpymolをコンパイルします。

(OSパッケージの追加インストールと関連アプリのインストール)
dnf groupinstall "Development Tools" -y
dnf install epel-release -y
dnf install xcb-util-wm xcb-util-image xcb-util-keysyms xcb-util-renderutil gcc-toolset-11 -y
dnf install --enablerepo=epel,devel cmake netcdf-devel glew-devel libpng-devel libxml2-devel  freetype-devel catch-devel mmtf-cpp-devel -y
dnf remove glm-devel -y
dnf install https://dl.rockylinux.org/pub/rocky/9/devel/x86_64/os/Packages/g/glm-devel-0.9.9.8-3.el9.noarch.rpm -y
 
wget -nv https://anaconda.org/schrodinger/collada2gltf/2.1.4/download/linux-64/collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
bzip2 -cd collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2 | tar xf - -C /usr/local
rm -rf collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
 
git clone --depth 1 https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cp -R mmtf-cpp/include/mmtf* /usr/local/include
rm -rf mmtf-cpp/
 
(pyenv-anacondaの敷設)
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0

[root@rockylinux8 ~]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n pymol-open-source python=3.10 openldap pyqt qt biopython msgpack-python vtk-m=2.3=cuda* -y
[root@rockylinux8 ~]# conda activate pymol-open-source
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 ~]# cd /apps/src/
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 src]# git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 src]# cd pymol-open-source/
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 pymol-open-source]#

vtk-m を有効にしたいのですが、ソースコード側でタイポがあるのでちょいと修正

(pymol-open-source) [root@rockylinux8 pymol-open-source]# vi layer0/ContourSurf.cpp
#include <vtkm/filter/Contour/Contour.h>
 ↓
#include <vtkm/filter/contour/Contour.h>

その上で

(pymol-open-source) [root@rockylinux8 pymol-open-source]# source scl_source enable gcc-toolset-11
 
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 pymol-open-source]# INCFLAGS="-I/apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/pymol-open-source/include/vtkm-2.3" \
     pip install --prefix=/apps/pymol --config-settings use-vtkm=2.3 --config-settings use-openmp=true  .
 
(pymol-open-source) [root@rockylinux8 pymol-open-source]# conda deactivate
[root@rockylinux8 pymol-open-source]#

EnvironmentModules は下記のようにします
/apps/modulefiles/pymol

#%Module1.0
prepend-path PATH        /apps/pymol/bin
prepend-path PYTHONPATH  /apps/pymol/lib/python3.10/site-packages

これで「module use /apps/modulefiles」「module load pymol」として「pymol」で起動します

↑

ubuntu24.04†

Python 3.12.3
gcc 13.3.0

(準備)
apt-get update
apt-get install catch2 cmake libfreetype6-dev libglew-dev libglm-dev libmsgpack-dev libnetcdf-dev libpng-dev libxml2-dev  python-is-python3  \
python3-biopython python3-dev python3-setuptools  python3-numpy python3-pip git build-essential python3-qtpy -y
 
wget -nv https://anaconda.org/schrodinger/collada2gltf/2.1.4/download/linux-64/collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
bzip2 -cd collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2 | tar xf - -C /usr/local
 
git clone --depth 1 https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cp -R mmtf-cpp/include/mmtf* /usr/local/include

っで構築

root@ubuntu22:~# mkdir -p /apps/src ; cd /apps/src
root@ubuntu22:/apps/src# git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
root@ubuntu22:/apps/src# cd pymol-open-source/
root@ubuntu22:/apps/src/pymol-open-source# pip install -v --prefix=/apps/PyMOL .

テスト確認を行ってみたが、「catch2/catch.hpp」が存在しないと言われてエラーになる. testing=Trueで求められる項目がコンパイルできないみたい.

rm -rf build/
pip install -v --config-settings testing=True --prefix=/apps/PyMOL '.[dev]'
(途中でコンパイルエラー)
export PATH=/apps/PyMOL/local/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/apps/PyMOL/local/lib/python3.12/dist-packages
pymol -ckqy testing/testing.py --run all

environment-modules
「/apps/modulefiles/PyMOL」

#%Module1.0
prepend-path PATH        /apps/PyMOL/local/bin
prepend-path PYTHONPATH  /apps/PyMOL/local/lib/python3.12/dist-packages

もし「ERROR: Cannot uninstall numpy 1.26.4, RECORD file not found. Hint: The package was installed by debian」と表示されたら、OS提供の python3-numpy が原因でこれを除くといいみたい
ただ、OS提供のパッケージなので影響があるかもしれない.. pyenv/anaconda で conda で用意した方がいいのかも

↑

ubuntu22.04†

Python 3.10.12
gcc 11.4.0

apt-get update
 
apt-get --no-install-recommends install catch2 cmake libfreetype6-dev libglew-dev libglm-dev libmsgpack-dev libnetcdf-dev libpng-dev libxml2-dev  python-is-python3  \
python3-biopython python3-dev python3-setuptools  python3-numpy python3-pip git build-essential python3-qtpy -y
 
wget -nv https://anaconda.org/schrodinger/collada2gltf/2.1.4/download/linux-64/collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2
bzip2 -cd collada2gltf-2.1.4-h6bb024c_0.tar.bz2 | tar xf - -C /usr/local
 
git clone --depth 1 https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.git
cp -R mmtf-cpp/include/mmtf* /usr/local/include
 
pip install --upgrade pip
 
root@ubuntu22:~# mkdir -p /apps/src ; cd /apps/src
root@ubuntu22:/apps/src# git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
root@ubuntu22:/apps/src# cd pymol-open-source/
root@ubuntu22:/apps/src/pymol-open-source# pip install -v --prefix=/apps/PyMOL .
 
 
(テスト確認)
rm -rf build/
pip install -v --config-settings testing=True --prefix=/apps/PyMOL '.[dev]'
export PATH=/apps/PyMOL/local/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/apps/PyMOL/local/lib/python3.10/dist-packages
pymol -ckqy testing/testing.py --run all

environment-modules
「/apps/modulefiles/PyMOL」

#%Module1.0
prepend-path PATH        /apps/PyMOL/local/bin
prepend-path PYTHONPATH  /apps/PyMOL/local/lib/python3.10/dist-packages

御品書き
■samba スキーマ拡張
ユーザ登録(1,2)
NFS DFS VSS GPO SSO
win参加 RSAT lin参加
 透過的ファイル圧縮

ホームディレクトリ
 共有フォルダ(1)
Server-Side Copy
時刻同期

■FreeIIPA
構築ユーザ登録
 nfs client
パスワードポリシー
 samba

■ＬＤＡＰ
構築参照登録接続
 qnap smb 複数smb
smbldap-passwd
バックアップ UpGrade
ldapAccountManager
memberOf ApacheDirectoryStudio
autofs

■windowsServer
ユーザ登録 Lin参加
 nfsサーバ

■windows11
WSL CUDA
WSL-RockyLinux

■nis nfs
nis with kerberos

■ＡＰＰＬＥ
 Homebrew conda
TimeMachine
仮想化

■電顕
 Relion Frealign
EMAN2 ctffind
MotionCor2 Gctf
Gautomatch
Xmipp Scipion
cisTEM cryoSPARC
ChimeraX IMOD
ResMap em2em
Focus
Appion Leginon
OpenSerialEM
画像変換
 Gwatch silo Eos
CueMol crYOLO
Warp Fiji
CCP-EM(Doppio)
TranSPHIRE
Cinderella
JANNI
Bsoft gP2S
PyTom Dynamo
emClarity
SIDESPLITTER
topaz
ISAC
PyEM
cryoDRGN 3DFSC
EPU_group_AFIS
DeepEMhancer
MiRPv2 servalcat
Deepfinder
reliosparc
SPRING
ModelAngelo

■ジョブ管理
OpenPBS slurm
TORQUE SGE
parallel

■Ｘ線結晶構造解析
 立体視
 ccp4 coot PyMOL
cns Phenix XDS
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■構造式検索
RDKit(Cartridge,DB)
OpenBabel(Cartridge,DB構築,登録)
SciTouchBingo
Depict CDK

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dhtmlx wdCalendar CMS SharePoint httpd nginx certbot japan-map pukiwiki

■データベース
●FileMaker
●MSSQL (鯖 ,蔵)
●ORACLE

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Incus
docker VMware
Singularity
QEMU libvirt vm作成
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OCFS2,Lustre,
BeeGFS,GlusterFS(2)
xfs CacheFS
LizardFS DRBD
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Ｒ
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