PyMOL

本家様 http://pymol.org/
open sourceでソースコードが提供されてます https://sourceforge.net/projects/pymol/

コンパイルせずに使えるバージョンは、本家様から入手可能で、open source版よりも機能が強化されてますが、有償です。

以前の記事PyMOL/150

コンパイル †

ここではCentOS 7でコンパイルしてみた
https://pymolwiki.org/index.php/Linux_InstallにCentOSで必要となる
パッケージが掲示されている。

# CentOS
yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel \
  freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel

なので事前にこれらはインストールしておく。「python-pmw」はepelで入手可能
あと追加で「msgpack-devel」パッケージもインストールする。コンパイル中でエラーが発生したので

[root@c ~]# yum --enablerepo=epel install msgpack-devel

材料となるネタはsourceforgeから入手可能で現在( 2017.08.20 )のところ pymol-v1.8.6.0.tar.bz2 が最新みたい。
*有償品(Incentive PyMOL)は「v1.8.6.2 bugfix release」となっている

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# bzip2 -cd pymol-v1.8.6.0.tar.bz2 | tar xf - 
[root@c src]# chown -R root:root pymol && cd pymol
[root@c pymol]# python -V
Python 2.7.5
[root@c pymol]#
[root@c pymol]# python setup.py --help
usage: setup.py [-h] [--osx-frameworks] [--jobs JOBS] [--no-libxml]
                [--use-msgpackc {c++11,c,no}] [--no-cxx11] [--help-distutils]
 
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --osx-frameworks      on MacOS use OpenGL and GLUT frameworks instead of
                        shared libraries from XQuartz. Note that the GLUT
                        framework has no mouse wheel support, so this option
                        is generally not desired.
  --jobs JOBS, -j JOBS  for parallel builds (defaults to number of processors)
  --no-libxml           skip libxml2 dependency, disables COLLADA export
  --use-msgpackc {c++11,c,no}
                        c++11: use msgpack-c header-only library; c: link
                        against shared library; no: disable fast MMTF load
                        support
  --no-cxx11            Disable C++11 std library features. Will still require
                        C++11 'auto' keyword support.
  --help-distutils      show help for distutils options and exit
[root@c pymol]#
 
[root@c pymol]# python setup.py build install
 :
 :
running install_egg_info
Writing /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol-1.8.6.0-py2.7.egg-info
creating /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path
copying LICENSE -> /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path
copying data -> /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/data
copying test -> /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/test
copying scripts -> /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/scripts
copying examples -> /usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/examples
 
[root@c pymol]#

実行ファイルは /bin/pymol としてインストールされます。

中身はこんな感じです

[root@c ~]# cat /bin/pymol
#!/bin/sh
export PYMOL_PATH="/usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path"
"/bin/python" "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"
 
[root@c ~]#

↑

windows版 †

VisualStudioCommunity2013のインストールを行う。windows/IDE#p00c5496参照で。
加えて「Microsoft Visual C++ Compiler for Python 2.7」をインストールする
場所はhttps://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=44266
SET VS90COMNTOOLS=%VS120COMNTOOLS%

コンパイル †

windows版 †

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