本家様 http://pymol.org/
open sourceでソースコードが提供されてます https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

コンパイルせずに使えるバージョンは、本家様から入手可能で、open source版よりも機能が強化されてますが、有償です。

以前の記事PyMOL/150

コンパイル

ここではCentOS 7でコンパイルしてみた
https://pymolwiki.org/index.php/Linux_InstallにCentOSで必要となる
パッケージが掲示されている。

# CentOS
gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel \
  freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel glm-devel

なので事前にこれらはインストールしておく。 「python-pmw」はepelで入手可能
あと追加で「msgpack-devel」パッケージもインストールする。コンパイル中でエラーが発生したので

[root@c ~]# yum --enablerepo=epel install msgpack-devel

Qtライブラリをインストールすれば、アプリの外見がちょいと変更になります。

[root@c ~]# yum install PyQt4-devel PyQt4-webkit-devel

材料となるネタは gitHub から入手可能

[root@c ~]# cd /Appl/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
[root@c src]# cd pymol-open-source/
[root@c pymol-open-source]# python -V
Python 2.7.5
[root@c pymol-open-source]#
[root@c pymol-open-source]# python setup.py --help
usage: setup.py [-h] [--no-glut] [--glut] [--no-osx-frameworks]
                [--osx-frameworks] [--jobs JOBS] [--no-libxml]
                [--use-msgpackc {c++11,c,guess,no}] [--help-distutils]
                [--testing]
 
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --no-glut
  --glut                link with GLUT (legacy GUI)
  --no-osx-frameworks
  --osx-frameworks      on MacOS use OpenGL and GLUT frameworks instead of
                        shared libraries from XQuartz. Note that the GLUT
                        framework has no mouse wheel support, so this option
                        is generally not desired.
  --jobs JOBS, -j JOBS  for parallel builds (defaults to number of processors)
  --no-libxml           skip libxml2 dependency, disables COLLADA export
  --use-msgpackc {c++11,c,guess,no}
                        c++11: use msgpack-c header-only library; c: link
                        against shared library; no: disable fast MMTF load
                        support
  --help-distutils      show help for distutils options and exit
  --testing             Build C-level tests
[root@c pymol-open-source]# python setup.py build
 :
[root@c pymol-open-source]# python setup.py install --prefix=/Appl/pymol
running install
running build
running build_py
running build_ext
running install_lib
creating /Appl/pymol
creating /Appl/pymol/lib64
creating /Appl/pymol/lib64/python2.7
creating /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages
 :
 :
 :
running install_egg_info
Writing /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol-2.4.0a0-py2.7.egg-info
creating /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path
copying LICENSE -> /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path
copying data -> /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/data
copying test -> /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/test
copying scripts -> /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/scripts
copying examples -> /Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path/examples
creating /Appl/pymol/bin
 
[root@c pymol-open-source]#

実行ファイルは /Appl/pymol/bin に pymol としてインストールされます。

中身はこんな感じです

[root@c ~]# cat /Appl/pymol/bin/pymol
#!/bin/sh
export PYMOL_PATH="/Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/pymol_path"
"/bin/python" "/Appl/pymol/lib64/python2.7/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"
[root@c ~]#

実行

[saber@c ~]$ /Appl/pymol/bin/pymol
 PyMOL(TM) Molecular Graphics System, Version 2.4.0a0.
 Copyright (c) Schrodinger, LLC.
 All Rights Reserved.
 
    Created by Warren L. DeLano, Ph.D.
 
    PyMOL is user-supported open-source software.  Although some versions
    are freely available, PyMOL is not in the public domain.
 
    If PyMOL is helpful in your work or study, then please volunteer
    support for our ongoing efforts to create open and affordable scientific
    software by purchasing a PyMOL Maintenance and/or Support subscription.
 
    More information can be found at "http://www.pymol.org".
 
    Enter "help" for a list of commands.
    Enter "help <command-name>" for information on a specific command.
 
 Hit ESC anytime to toggle between text and graphics.
 
 Detected OpenGL version 1.4. Shaders and volumes unavailable.
 OpenGL graphics engine:
  GL_VENDOR:   Intel
  GL_RENDERER: Mobile Intel(R) 4 Series Express Chipset Family
  GL_VERSION:  1.4 (2.1.0 - Build 8.15.10.2302)
 Disabling shaders for Intel Express graphics
 Detected 4 CPU cores.  Enabled multithreaded rendering.

2019y05m04d_194414758.png

メモ
pymol実行時に下記メッセージが表示されるのなら

  1
  2
libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
libGL error: failed to load driver: swrast

環境変数LIBGL_ALWAYS_INDIRECTを有効にします。具体的には

export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1

を実行前に加えます。
備考https://askubuntu.com/questions/541343/problems-with-libgl-fbconfigs-swrast-through-each-update

windows版

VisualStudioCommunity2013のインストールを行う。windows/IDE#p00c5496参照で。
加えて「Microsoft Visual C++ Compiler for Python 2.7」をインストールする
場所はhttps://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=44266
SET VS90COMNTOOLS=%VS120COMNTOOLS%


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Last-modified: 2019-05-04 (土) 19:46:23 (110d)