本家様 https://www.r-project.org/
言わずもがなの「R」
パッケージとして登録されているのでyumで気軽にインストールできる.
[root@centos7 ~]# yum info R-core
Loaded plugins: fastestmirror
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: ftp.riken.jp
* epel: ftp.riken.jp
* extras: ftp.riken.jp
* updates: ftp.riken.jp
Available Packages
Name : R-core
Arch : x86_64
Version : 3.6.0
Release : 1.el7
Size : 57 M
Repo : epel/x86_64
Summary : The minimal R components necessary for a functional runtime
URL : http://www.r-project.org
License : GPLv2+
Description : A language and environment for statistical computing and graphics.
: R is similar to the award-winning S system, which was developed at
: Bell Laboratories by John Chambers et al. It provides a wide
: variety of statistical and graphical techniques (linear and
: nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis,
: classification, clustering, ...).
:
: R is designed as a true computer language with control-flow
: constructions for iteration and alternation, and it allows users
: to add additional functionality by defining new functions. For
: computationally intensive tasks, C, C++ and Fortran code can be
: linked and called at run time.
[root@centos7 ~]#
(インストールするなら下記を実行する)
yum install epel-release
yum install R-core R-core-devel
だがバージョンが「3.6.0」
より最新の「R」を使いたい場合は自らコンパイルする必要がある
下処理 †
yum groupinstall "Development Tools" "GNOME Desktop"
yum install readline-devel libXt-devel zlib-devel bzip2-devel xz-devel pcre2-devel libcurl-devel java-1.8.0-openjdk-devel libjpeg-turbo-devel libssh2-devel
(ubuntu20.04)
apt install build-essential
apt install gfortran libreadline-dev libz-dev libbz2-dev liblzma-dev libpcre2-dev libcurl4-openssl-dev libxt-dev
コンパイル †
[root@centos7 ~]# cd /apps/src
[root@centos7 src]# curl -O https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.0.tar.gz
[root@centos7 src]# tar cf R-4.1.0.tar.gz && cd R-4.1.0
[root@centos7 R-4.1.0]# ./configure --prefix=/apps/R-4.1.0 --enable-R-shlib
:
:
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: /apps/R-4.1.0
C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran fixed-form compiler: gfortran -g -O2
Default C++ compiler: g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler:
C++17 compiler:
C++20 compiler:
Fortran free-form compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported: X11
External libraries: pcre2, readline, curl
Additional capabilities: NLS
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
[root@centos7 R-4.1.0]#
[root@centos7 R-4.1.0]# make && make check && make install
「make check」で「reg-packages.R」でのエラーが検出される. CentOS7の問題みたい..R-3.6.2(2019-12-12)から出てる様子
一応「R-4.1.0/tests/Makefile.common」から「reg-packages.R」を削除するとすんなり「make check」は通る.
Environment Modules †
RHEL系なら「/etc/modulefiles」あたり、ubuntuなら「/etc/environment-modules/modules」にファイルを作る.
独自の場所「/apps/modulefiles」に置くなら「module use --append /apps/modulefiles」の明記が必要
「/etc/modulefiles/R/4.1.1」
#%Module1.0
set R /apps/R-4.1.1
prepend-path PATH $R/bin
setenv R_HOME_DIR $R
setenv R_LIBS_USER $env(HOME)/R/%V
dplyr †
> install.packages("dplyr")
library(dplyr) でエラー: ‘dplyr’ という名前のパッケージはありません
>
って言われた. dplyrパッケージを入れるにはOS提供のRであるならroot権限化で
> install.packages("dplyr")
RStudio Server †
本家様 https://www.rstudio.com/
ブラウザをインターフェースとしてRStudioを使えるようにします.
個別のwindows/macPCにRとRStudio(RStudio Desktop)を入れなくてもブラウザがあればRStudioが使える代物.
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/に各プラットホームごとにインストール手順が参照できます
ここではCentOS7に入れてみますので、「RedHat/CentOS」を選びます
するとRStudio Serverパッケージのダウンロードとそのインストール方法が記載されています.
っでまず入手.
[root@centos7 ~]# wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm
ダウンロードしたファイルは「rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm」でサイズは63MBでした。
次にそれをインストールします
[root@centos7 ~]# yum localinstall rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm
同時に「postgresql-libs」もインストールされます.
インストールと同時に「RStudio Server」が立ち上がろうとするのですが、起動しませんでした。
どうやら原因は「R」へのPATHが不正確であったため. yumでRをインストールしたら問題なかったのかも..
その際は「/etc/rstudio/rserver.conf」を修正します
[root@centos7 ~]# cat /etc/rstudio/rserver.conf
# Server Configuration File
rsession-which-r=/apps/R-4.1.0
[root@centos7 ~]# systemctl restart rstudio-server.service
っでブラウザでアクセスするのですが、どのポート？調べるには lsof とかを使う
[root@centos7 ~]# lsof -i
:
rserver 15575 rstudio-server 7u IPv4 122556 0t0 TCP *:msgsrvr (LISTEN)
[root@centos7 ~]#
[root@centos7 ~]# grep msgsrvr /etc/services
msgsrvr 8787/tcp # Message Server
msgsrvr 8787/udp # Message Server
[root@centos7 ~]#
とあるので 8787 となるが、firewallで閉じているのなら空ける
[root@centos7 ~]# firewall-cmd --add-port=8787/tcp --zone=public --permanent
[root@centos7 ~]# firewall-cmd --reload
そのアドレスにアクセスすると下記のような画面が表示される
OS内のユーザ(/etc/passwd)でログインしてみると下記のようにブラウザ内で RStudio が使えます
RStudio Desktop †
RStudio Serverの提供元から「RStudio Desktop」が提供されている。ライセンス品は非常に魅力的 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
ここではFree版の「RStudio Desktop」を入手して使ってみます。
単純にパッケージを入手してインストールするだけ. ファイルは「rstudio-1.4.1717-x86_64.rpm」
[root@centos7 ~]# yum localinstall rstudio-1.4.1717-x86_64.rpm
(ubuntu)
wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb
dpkg -i rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb
にて完了
起動は
ただし、、windowsOSからCentOSにインストールした 「RStudio Desktop」を利用するには単にXを飛ばせばいいのですが、場合によっては何も映らない事がある
なら初めからwindowsOS版の「RStudio Desktop」を利用すればいいのだが、X越しに使ってみたい場合
その際は「~/.config/RStudio/desktop.ini」に下記を加える. 「~/.config/RStudio/desktop.ini」は「RStudio Desktop」(rstudio)を起動したときに作られる
[General]
cookies=@Invalid()
desktop.renderingEngine=software
*multi-user.targetではだめみたい. graphical.target で稼働が必要みたい
メモ †
8787ではなく80で使いたい場合
「/etc/rstudio/rserver.conf」に「www-port=80」を追記して「systemctl restart rstudio-server.service」を実施
firewallの再設定も忘れずに
install.packages("devtools",Ncpus=3)とすると３倍速くなる.
「libicui18n.so.58がない」とかでエラーが出る場合は anaconda がロードされているから.
anacondaにある「「libicui18n.so.58」をLD_LIBRARY_PATHとかで通せば行けるかもしれないが、、path環境からanacondaを抜いて作ったほうがいいかも.
export PATH=/apps/R-4.1.1/bin:/usr/bin:/usr/sbin
としてRを起動後「install.packages("devtools",Ncpus=3)」なら行ける
ubuntuでR †
パッケージで済ませるならこんな感じで。
https://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu/を参照しながら
apt update 「apt update -qq」の「-qq」はログの表示を抑えますします
apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
「lsb_release -cs」の値が「focal」(ubuntu20.04の名称)として
add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
「/etc/apt/sources.list」にリポジトリが追加される
リポジトリの削除は「add-apt-repository --remove 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'」
「https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/focal-cran40/」が参照される. ここに「r-base-core_4.2.1」とかがあある
apt search r-base-core
インストールされるRの確認
apt install r-base
っでテスト
illya@ubuntu:~$ R --version
R version 4.2.1 (2022-06-23) -- "Funny-Looking Kid"
Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.
illya@ubuntu:~$
これでインストールは完了.
あとはEnvironment Modulesの設定を行う
root@ubuntu:~# apt install environment-modules
root@ubuntu:~# mkdir /etc/environment-modules/modules/R
root@ubuntu:~# vi /etc/environment-modules/modules/R/4.2.1
#%Module1.0
set R /apps/R-4.2.1
prepend-path PATH $R/bin
setenv R_HOME_DIR $R
setenv R_LIBS_USER $env(HOME)/R/%V
root@ubuntu:~#
っで使ってみる. BioManagerを入れて「Rsubread」を入れてみた
illya@ubuntu:~$ module load R/4.2.1
illya@ubuntu:~$ R
>
> install.packages("BiocManager") <--- BiocManager のインストール
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("BiocManager") :
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes <--- rootではないので自分の場所に置く
Would you like to create a personal library
‘/home/illya/R/4.2.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes <-- R_LIBS_USER環境変数に従い $HOME/R/%V に置かれる
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/BiocManager_1.30.18.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 289602 bytes (282 KB)
==================================================
downloaded 282 KB
* installing *source* package ‘BiocManager’ ...
** package ‘BiocManager’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (BiocManager)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpEb14DH/downloaded_packages’
>
>
> library(BiocManager) <--確認
Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.18), R 4.2.1 (2022-06-23)
>
>
> BiocManager::install("Rsubread")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'?repositories' for details
replacement repositories:
CRAN: https://cloud.r-project.org
Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.18), R 4.2.1 (2022-06-23)
Installing package(s) 'BiocVersion', 'Rsubread'
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.15/bioc/src/contrib/BiocVersion_3.15.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 969 bytes
==================================================
downloaded 969 bytes
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.15/bioc/src/contrib/Rsubread_2.10.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 13423390 bytes (12.8 MB)
==================================================
downloaded 12.8 MB
* installing *source* package ‘BiocVersion’ ...
** using staged installation
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (BiocVersion)
* installing *source* package ‘Rsubread’ ...
** using staged installation
@@@@@ The operating system is Linux.
** libs
:
:
installing to /home/illya/R/4.2.1/00LOCK-Rsubread/00new/Rsubread/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (Rsubread)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpEb14DH/downloaded_packages’
Installation paths not writeable, unable to update packages
path: /usr/lib/R/library
packages:
MASS, spatial
>
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
