本家様 https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php?title=Main_Page
190215に relion-3.0 stable release がでました
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=CCPEM;750e1194.1902
ここではこの relion-3.0を CentOS 7 にインストールしてみます
GPU-acceleration版 Relion/GPU
CPU-acceleration版 Relion/icc
Relion/qsub, Relion/relion_it.py
Relion/macOS, Relion/ubuntu
過去ページ Relion2.180803
Gautomarchの結果をRelionで利用するにはRelion/Gautomatch
日本語訳チュートリアル
九州工業大学 生命情報工学科 情報工学部 安永研究室にて公開されております。
http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/
RELION3チュートリアル
入手方法 †
gitでソースコードは提供されていて、下記から入手可能
https://github.com/3dem/relion
mkdir -p /Appl/src
cd /Appl/src/
git clone https://github.com/3dem/relion
*gitがインストールされていないなら「yum install git」を事前に実行します
コンパイル環境の準備 †
https://github.com/3dem/relionを拝読すると
ubuntuなら
sudo apt install cmake build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev
として追加パッケージをインストールせよとなっているが、ここでは関連アプリも合わせて
下記をインストールします。
[root@c ~]# yum groupinstall "Development Tools"
[root@c ~]# yum install \
cmake \
openmpi-devel \
libX11-devel \
fltk-fluid \
fftw-devel \
libtiff-devel \
texlive-latex-bin \
texlive-cm \
texlive-dvips \
ghostscript \
evince \
qpdfview
[root@c ~]#
*細目
cmake : ビルド自動化に必須。昔の「configure」っぽいもの
openmpi-devel : 並列計算向け
libX11-devel : GUIを利用するなら
fltk-fluid : relion GUIを構成する部品
fftw-devel : fftライブラリ
libtiff-devel : tiffライブラリ
evince : pdf ビューア
qpdfview : pdf ビューア(evinceが使えないなら)
texlive-latex-bin : 出力にlatexを使っているから
texlive-cm : latex向けフォント
texlive-dvips : latexをpsへ
ghostscript : pdfに変換するために
コンパイル †
nvidiaカードを使ったGPU-acceleration版(速くなるのは relion_refine と relion_autopick)
と
CPU-acceleration版(速くなるのは relion_refine のみ)
あとこれらのaccelerationが有効になっていない版が用意可能です。
どちらも全てのコマンドが実行できるが、GPU-acceleration版はnvidiaのカードを利用して
relion_refine と relion_autopick が高速にななる。
一方、CPU-acceleration版はcpuのベクトル演算ユニットを利用して relion_refine をより高速にします。
ここでは単純に「acceleration機能なし版」を用意してみた。
*それぞれのacceleration版はリンク先を参照してください
インストール先は「/Appl/relion-3.0」とします
[root@c ~]# cd /Appl/src/relion
[root@c relion]# mkdir b-190226
[root@c relion]# cd b-190226
[root@c b-190226]# module load mpi <-- openmpi関係の環境変数を読み込みます
[root@c b-190226]# cmake -DCUDA=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Appl/relion-3.0 ..
-- The C compiler identification is GNU 4.8.5
-- The CXX compiler identification is GNU 4.8.5
-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc
-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc -- works
:
-- Setting cpu precision to double
-- Setting accelerated code precision to single
-- Using non-cuda compilation....
:
-- MPI_C_COMPILER : /usr/lib64/openmpi/bin/mpicc
-- MPI_CXX_COMPILER : /usr/lib64/openmpi/bin/mpicxx
-- CMAKE_CXX_COMPILER_ID : GNU
:
-- Found X11: /usr/lib64/libX11.so
-- Found FLTK: /usr/lib64/libfltk_images.so;/usr/lib64/libfltk_forms.so;/usr/lib64/libfltk.so
-- X11 and FLTK were found
:
-- Found FFTW
-- FFTW_PATH: /usr/include
-- FFTW_INCLUDES: /usr/include
-- FFTW_LIBRARIES: /usr/lib64/libfftw3f.so;/usr/lib64/libfftw3.so
:
-- Found TIFF: /usr/lib64/libtiff.so (found version "4.0.3")
:
[root@c b-190226]# make && make install
起動 †
各自の.bashrc/.cshrcにPATH環境変数とLD_LIBRARY_PATH環境変数を加えておきます
またrelionから外部アプリをコールするときがあり、そのパスを登録します
(bash)
export PATH=/Appl/relion-3.0/bin:/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/bin
export RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE=/Appl/MotionCor2/MotionCor2_1.2.1-Cuda92
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE=/Appl/ctffind-4.1.13-linux64-compat/ctffind
export RELION_GCTF_EXECUTABLE=/Appl/Gctf/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE=/Appl/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE=evince
(csh/tcsh)
setenv PATH /Appl/relion-3.0/bin:/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64/openmpi/bin
setenv RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE /Appl/MotionCor2/MotionCor2_1.2.1-Cuda92
setenv RELION_CTFFIND_EXECUTABLE /Appl/ctffind-4.1.13-linux64-compat/ctffind
setenv RELION_GCTF_EXECUTABLE /Appl/Gctf/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
setenv RELION_RESMAP_EXECUTABLE /Appl/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64
setenv RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE evince
そうした上で relion とターミナルに入力させて起動する
外見的には従来と同じですが、計算項目が増えましたね。
もしEnvironment ModulesでPATH環境変数を管理するなら
[root@c b-190226]# cat /etc/modulefiles/relion/3.0.0
#%Module 1.0
set RELION /Appl/relion-3.0
conflict relion
prepend-path PATH $RELION/bin
setenv RELION_QSUB_TEMPLATE $RELION/bin/qsub.sh
setenv RELION_QUEUE_NAME s3
setenv RELION_QUEUE_USE false
setenv RELION_QSUB_COMMAND "qsub -W umask=0022"
setenv RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE /Appl/MotionCor2/MotionCor2_1.2.1-Cuda92
setenv RELION_CTFFIND_EXECUTABLE /Appl/ctffind-4.1.13-linux64-compat/ctffind
setenv RELION_GCTF_EXECUTABLE /Appl/Gctf/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
setenv RELION_RESMAP_EXECUTABLE /Appl/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64
setenv RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE evince
を用意して、.bashrc/.cshrc/.tcshrcに
module load relion/3.0.0
module load mpi
を記載します。
メモ１ †
(削除)
メモ２ †
2D classificationで「-K」の値を大きく取るとmpi当たりのメモリー要求が高くなります。
っで落ちることがあります。
メモ３ †
relionを起動して、何も操作しないと１時間後に自動的に落ちる。
それを避けるには起動時に下記引数を付ける
relion --idle 36000 (10時間)
既定は3600(1時間)。
*「0」が使えないみたい
メモ４ †
粒子データをより高速なストーレジ(scratch)に移して計算することが出来ます。
（計算が速くなる可能性があります）
方法は、Relionの「Copy particles to scratch directory:」欄をその高速なストレージに割り当てます。
例: 「/scratch/<ユーザ名>」 とか
計算が始まると、この指定した場所に粒子データが書き込まれます。(/scratch/<ユーザ名>/relion_volatile/particles.mrcs)
正常終了すれば自動的にこのファイルは削除されます。
ですが、計算が途中でこけると残ったまま。
っで、それを「systemd-tmpfiles-clean」で自動削除するには下記のようにします。
[root@c ~]# cat /etc/tmpfiles.d/scratch.conf
v /scratch 1777 root root 1d
[root@c ~]# reboot
これで再起動後には /scratch が 1777 で用意され、その中のファイル/ディレクトリは
atime(アクセス時間)/mtime(修正時間)/ctime(作成時間)共に 1day 以上空きがあるものが削除されます。
なので途中で止まったrelionで作られた「particles.mrcs」を一日以内に削除されるようになります。
当然計算中のファイルは、atime(アクセス時間)が1dayより短いので削除対象にはなりません。
実際には1day(1d)でなく、30min(30m)でもいいような気がするけど。そうなると
「systemd-tmpfiles-clean.timer」の「OnUnitActiveSec=1d」の値を修正する必要がある。
注意
/scratchのファイルシステムが noatime だとatime(アクセス時間)の更新がされないので注意
メモ５ †
普段既定のopenmpi(/usr/lib64/openmpi/bin/)を使うが、珠にintel ccでコンパイルされた
openmpi(/Appl/local/openmpi-1.10.7_intel-18.0.2/bin/)とかを使う場合、「mpirun」は
絶対指定で行うこと。そうしないと「ORTE_ERROR_LOG」が発生する。
メモ６ †
関連アプリ
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
