Relionの特定のプログラムはGPUに処理を回してより高速に計算することができる。
ただし使えるGPUはnvidiaなカードでcompute capability3.5 以上のもの
一応本家様にリストがあります https://developer.nvidia.com/cuda-gpus
こっちの方が見やすいです https://en.wikipedia.org/wiki/CUDA

ここではRelion同様 Relion-3.1(GPU-acceleration版) を CentOS 8にインストールしてみます.

計算が速くなる計算項目

relion_refine と relion_autopick の2種(mpi版の relion_refine_mpi と relion_autopick_mpi も含みます)
relionのGUI画面からすると、下記計算項目のオレンジでくくった箇所の計算がGPU利用可能な計算項目となる。
2019y02m26d_232611777.png

CUDAライブラリをインストール

nvidiaのカードをマシンに刺して、cudaライブラリをインストールします。ここではcuda10.0を使います
参照 CUDA

コンパイル

インストール場所は「/apps/relion-3.1」とします
*relionの取得、gitの操作はRelionを参照

[root@c ~]# cd /apps/src/relion
 
[root@c relion]# git pull
Already up to date.
 
[root@c relion]# git branch
  master
  v3.0.8
* ver3.1-c
 
[root@c relion]# cd build ; rm -rf ./*
 
[root@c build]# module load mpi
 
[root@c build]# cmake -DCUDA=ON -DCudaTexture=ON -DCUDA_ARCH=52 -DFORCE_OWN_FLTK=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-3.1 ..
(-DCUDA_ARCHはMaxwell系なら5x, 10x0なら61, 20x0なら75)
 
[root@c build]# make && make install

ちょいと確認

[root@c ~]# ldd /apps/relion-3.1/bin/relion_refine_mpi
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffc90b13000)
        libcufft.so.10 => /usr/local/cuda/lib64/libcufft.so.10 (0x00007effda503000)
          :
[root@c ~]#

cudaライブラリは10.0を読んでいることを確認

環境設定

.bashrc/.cshrcへの設定はRelion#jd7585dfと同じで構わない. EnvironmentModules も.


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Last-modified: 2019-12-07 (土) 05:17:41 (43d)